+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xpa | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | X-ray structure of Drosophila dopamine transporter bound to 3,4dichlorophenethylamine | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | transport protein/inhibitor / integral membrane protein / all-alpha helical antidepressant complex / transport protein-inhibitor complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Dopamine clearance from the synaptic cleft / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / circadian sleep/wake cycle / cocaine binding / response to odorant / dopamine:sodium symporter activity / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / norepinephrine transport / dopamine transport / sleep ...Dopamine clearance from the synaptic cleft / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / circadian sleep/wake cycle / cocaine binding / response to odorant / dopamine:sodium symporter activity / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / norepinephrine transport / dopamine transport / sleep / dopamine uptake involved in synaptic transmission / amino acid transport / neuronal cell body membrane / sodium ion transmembrane transport / adult locomotory behavior / presynaptic membrane / axon / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Aravind, P. / Wang, K. / Gouaux, E. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Neurotransmitter and psychostimulant recognition by the dopamine transporter. 著者: Wang, K.H. / Penmatsa, A. / Gouaux, E. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 207.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 159.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-抗体 , 2種, 2分子 LH
#2: 抗体 | 分子量: 25840.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#3: 抗体 | 分子量: 25921.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 61147.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DAT, Dmel_CG8380 / 細胞株 (発現宿主): GnTI-HEK293s / 発現宿主: ![]() |
---|---|
#4: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-maltose |
-非ポリマー , 5種, 19分子 ![](data/chem/img/CLR.gif)
![](data/chem/img/42J.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/42J.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-42J / | #7: 化合物 | ChemComp-CL / | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.4 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 400 (38%), Tris 0.1M / PH範囲: pH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月28日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 44915 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 83.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.95→3.06 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.823 / % possible all: 88.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4M48 解像度: 2.95→48.17 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.79 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 79.73 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.95→48.17 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|