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万見
- PDB-4x1i: Discovery of cytotoxic Dolastatin 10 analogs with N-terminal modi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x1i
タイトルDiscovery of cytotoxic Dolastatin 10 analogs with N-terminal modifications
要素
  • Stathmin-4
  • Tubulin alpha chain
  • Tubulin beta chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/INHIBITOR / Binding Sites / Competitive / Cattle / Tumor / Colchicine / Humans / Microtubules / Protein Binding / Protein Conformation / Protein Multimerization / Tubulin / Tubulin Modulators / STRUCTURAL PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


axonemal microtubule / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis / neuron projection arborization / cerebellar cortex morphogenesis / dentate gyrus development / pyramidal neuron differentiation / centrosome cycle / motor behavior ...axonemal microtubule / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis / neuron projection arborization / cerebellar cortex morphogenesis / dentate gyrus development / pyramidal neuron differentiation / centrosome cycle / motor behavior / microtubule depolymerization / response to L-glutamate / smoothened signaling pathway / regulation of synapse organization / startle response / locomotory exploration behavior / microtubule polymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / response to tumor necrosis factor / response to mechanical stimulus / condensed chromosome / homeostasis of number of cells within a tissue / cellular response to calcium ion / tubulin binding / adult locomotory behavior / intracellular protein transport / synapse organization / neuron migration / visual learning / neuromuscular junction / recycling endosome / structural constituent of cytoskeleton / memory / cerebral cortex development / microtubule cytoskeleton organization / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron projection development / mitotic cell cycle / gene expression / growth cone / neuron apoptotic process / microtubule / hydrolase activity / neuron projection / protein heterodimerization activity / GTPase activity / protein-containing complex binding / GTP binding / Golgi apparatus / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Helix non-globular / Special / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-methyl-L-alanyl-N-[(3R,4S,5S)-3-methoxy-1-{(2S)-2-[(1R,2R)-1-methoxy-2-methyl-3-oxo-3-{[(1S)-2-phenyl-1-(1,3-thiazol-2-yl)ethyl]amino}propyl]pyrrolidin-1-yl}-5-methyl-1-oxoheptan-4-yl]-N-methyl-L-valinamide / Chem-3WD / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-LOC / Tubulin beta chain / Tubulin alpha chain / Stathmin-4
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Parris, K.D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Discovery of cytotoxic dolastatin 10 analogues with N-terminal modifications.
著者: Maderna, A. / Doroski, M. / Subramanyam, C. / Porte, A. / Leverett, C.A. / Vetelino, B.C. / Chen, Z. / Risley, H. / Parris, K. / Pandit, J. / Varghese, A.H. / Shanker, S. / Song, C. / Sukuru, ...著者: Maderna, A. / Doroski, M. / Subramanyam, C. / Porte, A. / Leverett, C.A. / Vetelino, B.C. / Chen, Z. / Risley, H. / Parris, K. / Pandit, J. / Varghese, A.H. / Shanker, S. / Song, C. / Sukuru, S.C. / Farley, K.A. / Wagenaar, M.M. / Shapiro, M.J. / Musto, S. / Lam, M.H. / Loganzo, F. / O'Donnell, C.J.
履歴
登録2014年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Non-polymer description
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / entity_src_nat ...entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha chain
B: Tubulin beta chain
C: Tubulin alpha chain
D: Tubulin beta chain
E: Stathmin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,30315
ポリマ－217,0365
非ポリマー4,26610
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18090 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area66130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.140, 128.210, 255.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 3種, 5分子 ACBDE

#1: タンパク質 Tubulin alpha chain


分子量: 50188.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: D0VWZ0
#2: タンパク質 Tubulin beta chain


分子量: 49969.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: D0VWY9
#3: タンパク質 Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 16719.938 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 49-189 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043

-
非ポリマー , 5種, 10分子

#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-LOC / N-[(7S)-1,2,3,10-tetramethoxy-9-oxo-6,7-dihydro-5H-benzo[d]heptalen-7-yl]ethanamide / COLCHICINE / コルヒチン


分子量: 399.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25NO6 / コメント: 薬剤, 抗炎症剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-3WD / 2-methyl-L-alanyl-N-[(3R,4S,5S)-3-methoxy-1-{(2S)-2-[(1R,2R)-1-methoxy-2-methyl-3-oxo-3-{[(1S)-2-phenyl-1-(1,3-thiazol-2-yl)ethyl]amino}propyl]pyrrolidin-1-yl}-5-methyl-1-oxoheptan-4-yl]-N-methyl-L-valinamide


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 743.011 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H62N6O6S
参照: 2-methyl-L-alanyl-N-[(3R,4S,5S)-3-methoxy-1-{(2S)-2-[(1R,2R)-1-methoxy-2-methyl-3-oxo-3-{[(1S)-2-phenyl-1-(1,3-thiazol-2-yl)ethyl]amino}propyl]pyrrolidin-1-yl}-5-methyl-1-oxoheptan-4-yl]-N-methyl-L-valinamide

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.87 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 5% PEG 400, 0.1M LiSO4, 5-7% PEG 20K, 50 mM K-PIPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 40139 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 91.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Χ2: 1.036 / Net I/av σ(I): 16.219 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 258475
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2% possible allRmerge(I) obs
3.1-3.156.319970.79999.7
3.15-3.216.419460.806100
3.21-3.276.419940.79100
3.27-3.346.419770.7961000.853
3.34-3.416.619530.80799.90.742
3.41-3.496.519900.8291000.581
3.49-3.586.619620.8261000.452
3.58-3.686.519990.8891000.366
3.68-3.786.519660.8521000.305
3.78-3.916.120030.9091000.268
3.91-4.046.119740.921000.195
4.04-4.216.619890.9911000.155
4.21-4.46.220261.0741000.118
4.4-4.636.519911.1891000.096
4.63-4.926.920041.2271000.089
4.92-5.36.820151.1441000.087
5.3-5.836.720401.1441000.088
5.83-6.676.420571.1851000.074
6.67-8.4620761.4551000.052
8.4-506.221801.99598.80.042

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HKB

3hkb


解像度: 3.11→45.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9277 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8835 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.467
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2529 1998 5 %RANDOM
Rwork0.1908 ---
obs0.194 39936 99.92 %-
原子変位パラメータBiso mean: 119.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--44.3366 Å20 Å20 Å2
2--18.2857 Å20 Å2
3---26.0509 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.785 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.11→45.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14448 0 284 0 14732
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00915018HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0920372HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5234SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes401HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2298HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15018HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd67SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.25
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.74
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1950SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact17571SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.11→3.19 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3502 141 4.85 %
Rwork0.257 2767 -
all0.2614 2908 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3157-0.3697-0.08543.63250.81331.659-0.29490.1246-0.03060.02880.5456-0.43980.49390.1413-0.25070.5811-0.02170.2167-0.3677-0.2895-0.387210.767533.47875.0083
21.0569-0.82610.22643.98980.68650.9679-0.18470.19960.0921-0.03150.3315-0.48860.22380.141-0.14680.2630.1039-0.0188-0.183-0.1665-0.34674.675771.008492.05
31.6554-1.1599-0.2593.7411.41971.4960.06560.03410.1794-0.17290.2015-0.33280.17770.3643-0.26710.02540.0924-0.0255-0.1652-0.1361-0.2534-9.1418110.48106.033
42.3809-0.7140.24782.80390.69962.2090.06520.19140.34-0.2676-0.17480.10290.13320.05680.1096-0.2444-0.02890.0102-0.1116-0.0725-0.0065-30.4437144.381119.136
50.2529-0.6985-0.45881.96780.94810.4663-0.0646-0.07490.0128-0.11670.0470.13510.2-0.26530.01760.2837-0.1278-0.0769-0.1866-0.247-0.055-24.590378.979189.0305
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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