PDB-4wxr: X-ray crystal structure of NS3 Helicase from HCV with a bound inh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wxr

タイトル

X-ray crystal structure of NS3 Helicase from HCV with a bound inhibitor at 2.42 A resolution

要素

NS3

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Helicase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

: / symbiont-mediated transformation of host cell / serine-type peptidase activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Hepatitis C virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.42 Å

データ登録者

Davies, D.R. / Kim, H. / Lorimer, D.

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: crystal structure of NS3 Helicase from HCV with a bound inhibitor
著者: Buckman, B.O. / Kossen, K. / Misialek, S. / Stevens, S. / Rajagopalan, R. / Ruhmund, D. / Hooi, L. / Snarskaya, N. / Serebryany, V. / Wang, G. / Stoycheva, A. / Nicholas, J.B. / Davies, D.R. ...

履歴

登録	2014年11月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wxr.cif.gz	333.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wxr.ent.gz	271.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wxr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wxr_validation.pdf.gz	962 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wxr_full_validation.pdf.gz	974.2 KB	表示
XML形式データ	4wxr_validation.xml.gz	34.3 KB	表示
CIF形式データ	4wxr_validation.cif.gz	48.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/4wxr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/4wxr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1heiS 4wxp S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	8ohm-d 4wxp-d 2zjo-d 4cbi-3 3rvb-d 2f55-2 6wnj-d 6wp0-4 6wp0-1 4fyu-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: NS3

B: NS3

ヘテロ分子

97.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NS3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: NS3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.074, 112.776, 99.592
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 126.52, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	NS3 分子量: 48300.793 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 180-630 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1Z092
#2: 化合物	ChemComp-3VZ / {6-(3,5-diaminophenyl)-1-[4-(propan-2-yl)benzyl]-1H-indol-3-yl}acetic acid 分子量: 413.511 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₇N₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.56 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 2.0 M NA/K PHOSPHATE (PH 10.5), 186 MM LI2SO4, 100 MM CAPS PH 10.5, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 289K PH範囲: 10.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.42→29.7 Å / Num. obs: 38561 / % possible obs: 92.15 % / 冗長度: 2.4 % / Net I/σ(I): 15.12

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HEI

1hei

解像度: 2.42→29.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.867 / SU B: 25.823 / SU ML: 0.273 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.508 / ESU R Free: 0.337 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.31	1931	5 %	RANDOM
R_work	0.239	-	-	-
obs	0.243	38561	91.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.25 Å²	0 Å²	0.06 Å²
2-	-	-0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.42→29.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6511	0	62	179	6752

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	6733
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.474	1.975	9203
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.065	5	858
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.294	23.56	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.075	15	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.219	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	5090
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.618	1.5	4308
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.139	2	6990
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.678	3	2425
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.7	4.5	2213
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.42→2.49 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.383	145	-
R_work	0.303	2616	-
obs	-	-	91.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3201	-0.34	0.0865	1.3956	0.3132	0.8783	0.0299	0.0701	0.0202	-0.0928	0.0231	-0.0362	-0.0395	0.0134	-0.0529	0.0851	0.0283	0.0104	0.1249	-0.0171	0.0275	-20.2817	3.0019	10.6775
2	0.2171	-0.0527	-0.3998	0.7812	-0.2142	0.8607	0.0499	0.0205	-0.0158	-0.0055	-0.0441	0.0489	-0.0195	-0.0439	-0.0057	0.0745	0.0313	-0.015	0.1254	-0.0164	0.0622	-18.0634	-5.6549	16.3281
3	2.6921	-0.4769	-0.9227	2.5163	0.9246	0.4553	0.0667	-0.1453	0.3194	-0.2762	0.0787	-0.3486	-0.1175	0.0662	-0.1453	0.051	-0.0192	0.0418	0.0169	-0.0023	0.1802	14.2412	10.9393	25.2031
4	1.9164	0.4607	-1.1272	0.5195	0.1006	0.8344	-0.0745	0.0596	0.0265	-0.1105	0.0858	-0.0427	-0.0015	-0.0061	-0.0113	0.0793	0.0585	-0.0107	0.0823	-0.0068	0.1247	4.6144	0.4611	25.6004
5	0.4048	0.0604	0.2968	0.4675	0.669	1.7305	0.1258	-0.0355	0.0044	0.0535	-0.0006	-0.0599	0.1459	0.0146	-0.1253	0.0644	0.0009	0.0095	0.0894	0.0061	0.0681	-14.6844	-3.3761	43.1515
6	0.059	0.4465	-0.0204	2.1511	-0.4127	2.0718	-0.0554	0.0381	0.0346	-0.1203	0.0126	0.0822	0.1138	-0.0016	0.0428	0.072	0.0282	-0.0233	0.1501	0.0336	0.0286	18.1479	-26.2864	5.7183
7	0.4926	-0.4415	-0.1578	1.4156	0.2272	0.7435	-0.0402	-0.0139	-0.0107	-0.0756	-0.0234	-0.0556	-0.0208	0.13	0.0637	0.0479	0.0318	0.0118	0.1245	0.0324	0.0557	22.6103	-26.0803	14.8168
8	1.4883	0.3763	0.6173	0.7767	0.1386	0.4727	-0.0633	0.0071	-0.1619	-0.0569	0.0263	0.1532	-0.001	-0.0102	0.037	0.0508	0.0348	0.0176	0.0582	0	0.1277	-7.5459	-32.7469	25.7541
9	0.3395	0.2137	-0.3357	0.5309	-0.5121	1.6108	0.0549	0.0143	-0.0382	0.0596	-0.0542	0.0032	-0.0576	0.0001	-0.0007	0.0631	0.0251	-0.0328	0.078	-0.0088	0.0753	17.6046	-24.0821	39.4959
10	1.807	1.8299	-2.5134	2.6442	-0.6734	6.0169	0.2942	-0.2179	0.0682	0.1339	-0.2463	0.2412	-0.8046	0.0444	-0.0479	0.1598	0.0366	-0.0014	0.0869	0.0235	0.0823	14.7338	-15.2474	49.3469

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	190 - 276
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	277 - 330
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	331 - 405
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	406 - 487
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	488 - 627
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	186 - 246
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	249 - 328
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	329 - 480
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	481 - 601
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	602 - 629

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)