[日本語] English
万見
- PDB-4wnp: Structure of ULK1 bound to a potent inhibitor -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wnp
タイトルStructure of ULK1 bound to a potent inhibitor
要素Serine/threonine-protein kinase ULK1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase / autophagy / inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


neuron projection regeneration / omegasome membrane / negative regulation of collateral sprouting / Atg1/ULK1 kinase complex / positive regulation of autophagosome assembly / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / phagophore assembly site ...neuron projection regeneration / omegasome membrane / negative regulation of collateral sprouting / Atg1/ULK1 kinase complex / positive regulation of autophagosome assembly / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / phagophore assembly site / axon extension / TBC/RABGAPs / reticulophagy / response to starvation / cellular response to stress / Macroautophagy / Receptor Mediated Mitophagy / autophagosome membrane / autophagosome assembly / regulation of macroautophagy / cellular response to nutrient levels / negative regulation of protein-containing complex assembly / mitophagy / positive regulation of autophagy / autophagosome / macroautophagy / Regulation of TNFR1 signaling / peptidyl-serine phosphorylation / recycling endosome / autophagy / small GTPase binding / regulation of autophagy / neuron projection development / intracellular protein localization / protein autophosphorylation / GTPase binding / mitochondrial outer membrane / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / axon / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / signal transduction / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase, Ulk1/Ulk2 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like, tMIT domain / : / Atg1-like, MIT domain 1 / ATG1-like, MIT domain 2 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...Serine/threonine-protein kinase, Ulk1/Ulk2 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like, tMIT domain / : / Atg1-like, MIT domain 1 / ATG1-like, MIT domain 2 / Serine/threonine-protein kinase Atg1-like / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3RJ / Serine/threonine-protein kinase ULK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Lazarus, M.B. / Novotny, C.J. / Shokat, K.M.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure of the Human Autophagy Initiating Kinase ULK1 in Complex with Potent Inhibitors.
著者: Lazarus, M.B. / Novotny, C.J. / Shokat, K.M.
履歴
登録2014年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _software.name / _struct_keywords.text
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase ULK1
B: Serine/threonine-protein kinase ULK1
C: Serine/threonine-protein kinase ULK1
D: Serine/threonine-protein kinase ULK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,05110
ポリマ－129,2814
非ポリマー1,7706
水4,378243
1
A: Serine/threonine-protein kinase ULK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9014
ポリマ－32,3201
非ポリマー5813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase ULK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7172
ポリマ－32,3201
非ポリマー3961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Serine/threonine-protein kinase ULK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7172
ポリマ－32,3201
非ポリマー3961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Serine/threonine-protein kinase ULK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7172
ポリマ－32,3201
非ポリマー3961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.410, 113.800, 100.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

-
要素

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase ULK1 / Autophagy-related protein 1 homolog / hATG1 / Unc-51-like kinase 1


分子量: 32320.262 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-283 / 変異: E37A K38A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ULK1, KIAA0722 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O75385, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-3RJ / N~2~-(1H-benzimidazol-6-yl)-N~4~-(5-cyclobutyl-1H-pyrazol-3-yl)quinazoline-2,4-diamine


分子量: 396.448 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H20N8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.55 M sodium malonate pH 7.0, 0.35 M sodium malonate pH 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99995 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月30日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99995 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→46.02 Å / Num. obs: 94168 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 396367
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.88-1.984.30.801258064136150.5760.448100
5.95-46.024.10.03125.81317531830.9990.01699.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→46.018 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2264 4721 5.02 %Random Selection
Rwork0.1922 89404 --
obs0.1939 94125 99.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.46 Å2 / Biso mean: 43.4051 Å2 / Biso min: 14.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.88→46.018 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8723 0 228 243 9194
Biso mean--39.18 35.78 -
残基数----1092
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089188
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04812406
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441345
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041582
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8063476
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.88-1.90140.34291630.291829783141100
1.9014-1.92370.31711630.278529243087100
1.9237-1.94720.30361640.272629263090100
1.9472-1.97180.33161520.258429893141100
1.9718-1.99780.27551230.251429723095100
1.9978-2.02520.28621650.249329383103100
2.0252-2.05410.28031660.23229373103100
2.0541-2.08480.27581570.231629393096100
2.0848-2.11730.24041270.213430023129100
2.1173-2.1520.25071510.215429303081100
2.152-2.18910.23531480.207430003148100
2.1891-2.2290.2681550.210929493104100
2.229-2.27180.24971570.211829523109100
2.2718-2.31820.22441720.206429303102100
2.3182-2.36860.2561630.203329693132100
2.3686-2.42370.24541460.207129603106100
2.4237-2.48430.2671360.204129903126100
2.4843-2.55150.25591550.193829683123100
2.5515-2.62650.24281500.20630013151100
2.6265-2.71130.2421670.207230013168100
2.7113-2.80820.24861680.211429373105100
2.8082-2.92060.25271470.202230103157100
2.9206-3.05350.22531500.187929763126100
3.0535-3.21450.23311930.187429633156100
3.2145-3.41580.23211550.194129893144100
3.4158-3.67940.21231610.183430273188100
3.6794-4.04950.20461780.163330053183100
4.0495-4.6350.18131580.14833002316099
4.635-5.83780.17011640.16493072323699
5.8378-46.03150.19411670.17883168333598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0259-0.89130.77944.52711.62172.0343-0.0775-0.05850.32230.28360.06050.4874-0.5832-0.01240.03210.3840.00680.01830.29240.03610.298592.456850.126511.4297
22.94231.29172.73519.11322.29297.41730.0077-0.06070.17710.4552-0.01170.6244-0.0163-0.3037-0.00410.22310.01360.09230.21520.01820.204296.029347.55311.0579
31.6565-0.2085-0.44867.67242.45135.64870.0319-0.09140.3414-0.244-0.04180.0419-0.32960.08620.03580.1686-0.0074-0.00240.19810.01190.1662109.411550.99628.3347
40.3414-0.68320.61244.5533-3.65374.0291-0.0007-0.03720.09260.0611-0.07930.0307-0.06540.08840.08520.2211-0.00180.02920.16620.010.1432102.281246.322410.2201
52.97480.3452-2.98212.0213-0.77393.0828-0.0234-0.3756-0.30821.1960.1814-0.40660.06140.2418-0.16360.30960.0096-0.00170.23150.01760.1514107.226232.528330.5619
61.40891.0663-0.8864.0237-2.34112.6372-0.0223-0.0083-0.139-0.1281-0.1702-0.19740.31740.24540.23490.24070.02230.02820.16480.01750.1276115.644335.597815.012
73.4528-0.6741-4.20860.9811-0.99219.0114-0.6212-0.1837-0.94110.1568-0.0817-0.41261.22610.34110.54530.8864-0.03440.14920.4813-0.02430.507898.928224.441717.0481
84.89854.5615-1.38979.8541-7.83858.3177-0.05860.0649-0.3323-0.0304-0.0461-0.12320.515-0.06050.09430.17330.02010.08370.14230.00690.153109.000636.764512.9823
90.45060.57450.02694.3219-1.8552.4240.0155-0.00590.00150.2372-0.1075-0.1424-0.10810.25270.05730.14470.02040.00040.21520.04330.1498124.375246.070117.9185
107.20771.65864.96772.8777-0.11154.08960.7547-0.53510.38821.8523-0.74310.6127-0.3246-0.742-0.05810.47660.02030.12060.3204-0.04210.2592120.782540.478532.8828
118.64-1.85220.35899.48532.05678.9888-0.0343-0.40540.47461.18730.0322-0.4147-1.01960.55790.12460.5692-0.0722-0.04180.35760.01880.2706128.153449.65732.6388
120.85970.26070.44145.5193-0.91235.29510.01530.1433-0.0047-0.2886-0.038-0.31420.32770.4654-0.01540.22470.11460.04260.27020.06570.2462127.869631.383421.5747
130.14290.35780.3771.25820.5631.4046-0.07780.2612-0.0421-0.12460.1385-0.6065-0.19170.41090.01950.4723-0.00210.06030.77170.41311.6523162.130349.6554-7.8444
141.345-0.7853-0.10570.91120.62750.74050.13780.4430.2948-0.516-0.2795-0.7772-0.07920.469-0.01810.48990.18940.36380.78190.52381.1587154.298249.3871-12.386
150.5861.1246-0.58327.0881-1.41182.37850.18670.3980.6250.0811-0.07940.0118-0.2784-0.0877-0.13990.26210.09280.11920.36920.14470.5393142.724944.4359-3.6088
160.17651.0507-0.09336.2899-0.26681.3890.10520.20780.3255-0.16920.0979-0.2845-0.26030.0137-0.13720.38570.04110.10870.47540.37121.0626151.980653.9981-3.5726
171.1233-0.2485-0.16750.07460.0590.05110.0110.297-0.0079-0.2822-0.2386-0.27810.10940.01450.05170.48380.35240.32540.62410.24660.6281150.445237.5918-14.2132
180.740.9493-1.02121.9331-0.14423.30260.16750.21130.1732-0.16290.1046-0.2532-0.20770.1987-0.18641.0080.66350.21251.18530.06080.5831143.130426.6391-25.3846
191.7546-0.4791-0.64280.30470.41880.87310.25520.5188-0.0574-0.4853-0.4218-0.34730.4720.15570.17470.41190.20470.18970.40160.10730.3075138.412934.8486-10.8974
200.6904-0.0140.79221.4647-0.10561.1203-0.4407-0.0485-0.0903-0.45810.2663-0.69380.13660.39740.11380.81350.17620.14290.8935-0.27490.9663154.714223.9757-14.8857
210.9291-0.42950.0381.0979-0.37721.16780.35690.5190.0383-0.5748-0.3409-0.21720.14880.0777-0.06220.42510.17940.09350.47760.0920.2915131.003742.298-16.1088
221.00860.52510.16913.2934-0.20153.63790.00050.27210.2619-0.69080.1205-0.0193-0.68160.2061-0.02421.06960.282-0.01031.22840.10650.4162125.134643.9705-31.4363
230.30240.822-0.19482.2871-1.05244.9080.28520.1725-0.1414-1.2535-0.0492-0.14590.64820.1336-0.15060.93450.2225-0.13780.9054-0.25010.5213126.614624.6309-25.8498
242.0322-0.5192-1.67087.86590.20529.11480.1170.1469-0.1137-0.1425-0.490.49050.9303-0.40180.29750.50090.0631-0.01080.4558-0.0790.3504124.565930.5594-14.1015
252.78540.7224-0.81174.94830.6425.874-0.14760.1972-0.2302-0.83630.3335-0.43580.30860.5618-0.11050.74270.090.1610.58030.05530.498985.00947.5254-34.6663
262.0736-0.92710.62976.2354-1.02627.137-0.01390.49330.3695-0.67110.4065-0.8252-0.20360.6037-0.120.4195-0.0050.2610.42230.05470.605487.865710.7235-29.4009
271.2891-0.014-0.35147.739-0.15954.04560.3419-0.00780.24260.04650.2676-0.36980.17690.1231-0.46260.40790.05180.08740.25040.01850.480184.58595.4467-16.5844
280.4640.32340.36030.4040.02860.55620.25350.06130.3184-0.21890.204-0.0357-0.13890.06480.12620.36130.07120.3530.23360.01460.510985.872412.2545-22.6959
290.6911-0.208-0.75661.86031.01831.40170.0867-0.17570.0652-0.0287-0.0325-0.1814-0.17680.2165-0.14590.6766-0.2730.63670.4099-0.130.7731103.619129.1687-14.7662
300.0523-0.0580.0510.7383-0.11930.05640.31450.06460.49550.18350.13740.1086-0.596-0.0209-0.15750.46880.03820.64120.2505-0.09650.636388.809720.6443-9.4326
312.15041.51010.61011.59280.79651.92240.13450.20640.55360.8034-0.260.01220.5415-0.54990.08811.24970.29380.54420.73160.29171.045892.643633.3721-27.7564
321.22670.74530.16192.6209-1.77772.05510.46230.06860.4796-0.15120.0809-0.0709-0.63040.1627-0.23950.313-0.00750.23380.1993-00.444986.498912.0257-5.8667
330.86521.7568-0.64884.1672-1.80351.16060.4312-0.44720.15310.0943-0.0589-0.316-0.48680.9296-0.19420.4841-0.19220.21580.5047-0.21260.46598.916915.1735-2.4182
342.8293-1.2621.48526.6882.85.8057-0.57060.14230.0482-0.81420.5005-0.97630.4610.93910.11610.6046-0.13350.17341.0739-0.11780.5772109.13277.2573-1.8227
350.4349-0.0101-0.24012.06480.12010.14160.1459-0.54610.00980.42690.0705-0.335-0.21190.4702-0.06930.6902-0.31690.09250.7772-0.17030.5293106.742922.43943.2059
360.87350.00010.50011.3235-0.9191.22770.1528-0.31480.17210.7201-0.1680.5257-0.2809-0.19210.12490.7903-0.31640.41730.5796-0.31060.795293.638424.55183.7002
373.49771.6251-0.89966.2025-0.33743.81570.1364-0.443-0.20711.1126-0.13590.33281.205-0.3508-0.0090.862-0.1567-0.01830.37280.00970.3425167.63216.685635.1277
382.68580.2824-0.11494.28092.4365.1410.1618-0.432-0.13851.0216-0.04360.21230.2164-0.2838-0.09680.5277-0.07540.02870.29510.02590.2281165.50239.357930.1591
391.55930.6663-0.03238.323-0.84264.80050.12940.0426-0.1212-0.13880.14740.15740.4709-0.0592-0.24170.2009-0.0088-0.01650.2016-0.02470.1736168.40176.615417.1179
402.3327-0.96270.16412.0707-3.24926.0490.109-0.2015-0.34980.4717-0.03470.10980.1417-0.2621-0.11080.2943-0.07820.00370.26550.0060.2494172.65383.55124.7286
414.205-1.1181.81571.2746-0.7473.2695-0.0551-0.2849-0.10.52680.19810.2351-0.0727-0.7458-0.02750.40440.02890.13460.3973-0.01730.2508159.85419.409723.9821
421.6056-0.08890.45184.9914-0.81682.64670.165-0.30030.32550.3429-0.12220.6271-0.4982-0.7886-0.17320.44620.16230.20220.5141-0.15650.4191149.413628.331716.9823
431.0465-0.6142-0.3265.10391.41173.55740.0906-0.13570.2820.0362-0.04770.2557-0.305-0.2058-0.15920.14430.00670.07290.2083-0.02730.1952163.878120.103710.8472
441.07440.381-0.06252.8962.8993.09030.4276-0.4083-0.32191.3537-0.11711.0689-0.3251-0.728-0.24950.9490.01440.33060.94120.00050.7518160.488932.100227.8864
450.7646-0.86760.17863.52961.06232.06130.16260.0629-0.0255-0.0617-0.10670.2761-0.1162-0.3037-0.03220.13540.00320.06510.19310.00550.182159.794712.59574.4995
462.6428-1.15821.31295.44325.21977.45540.9434-0.17290.2541.3755-0.57791.36010.5461-1.7572-0.38950.4869-0.02910.18010.60350.04740.5813144.209416.78486.4227
470.76551.2487-0.82096.9497-2.92195.55630.1644-0.0956-0.0923-0.332-0.00281.15090.4437-0.6558-0.18530.3015-0.0387-0.03310.6137-0.05540.6375144.50549.479-2.2424
482.1590.03890.1815.194-0.04683.92930.07770.12110.1421-0.3928-0.0623-0.2059-0.3166-0.10420.03120.28040.11150.06010.26970.05070.2663155.972626.5755-0.5548
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 8:24)A8 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 25:49)A25 - 49
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 50:75)A50 - 75
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 76:103)A76 - 103
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 104:108)A104 - 108
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 109:147)A109 - 147
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 148:157)A148 - 157
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 158:166)A158 - 166
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 167:217)A167 - 217
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 218:223)A218 - 223
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 224:237)A224 - 237
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 238:280)A238 - 280
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 8:19)B8 - 19
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 20:59)B20 - 59
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 60:77)B60 - 77
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 78:89)B78 - 89
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 90:103)B90 - 103
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 104:112)B104 - 112
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 113:150)B113 - 150
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 151:157)B151 - 157
21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 158:220)B158 - 220
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 221:237)B221 - 237
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resid 238:251)B238 - 251
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 252:280)B252 - 280
25X-RAY DIFFRACTION25(chain C and resid 8:20)C8 - 20
26X-RAY DIFFRACTION26(chain C and resid 21:48)C21 - 48
27X-RAY DIFFRACTION27(chain C and resid 49:73)C49 - 73
28X-RAY DIFFRACTION28(chain C and resid 74:103)C74 - 103
29X-RAY DIFFRACTION29(chain C and resid 104:113)C104 - 113
30X-RAY DIFFRACTION30(chain C and resid 114:147)C114 - 147
31X-RAY DIFFRACTION31(chain C and resid 148:156)C148 - 156
32X-RAY DIFFRACTION32(chain C and resid 157:182)C157 - 182
33X-RAY DIFFRACTION33(chain C and resid 183:221)C183 - 221
34X-RAY DIFFRACTION34(chain C and resid 222:231)C222 - 231
35X-RAY DIFFRACTION35(chain C and resid 232:251)C232 - 251
36X-RAY DIFFRACTION36(chain C and resid 252:279)C252 - 280
37X-RAY DIFFRACTION37(chain D and resid 8:21)D8 - 21
38X-RAY DIFFRACTION38(chain D and resid 22:49)D22 - 49
39X-RAY DIFFRACTION39(chain D and resid 50:76)D50 - 76
40X-RAY DIFFRACTION40(chain D and resid 77:91)D77 - 91
41X-RAY DIFFRACTION41(chain D and resid 92:103)D92 - 103
42X-RAY DIFFRACTION42(chain D and resid 104:113)D104 - 113
43X-RAY DIFFRACTION43(chain D and resid 114:147)D114 - 147
44X-RAY DIFFRACTION44(chain D and resid 148:158)D148 - 158
45X-RAY DIFFRACTION45(chain D and resid 159:217)D159 - 217
46X-RAY DIFFRACTION46(chain D and resid 218:223)D218 - 223
47X-RAY DIFFRACTION47(chain D and resid 224:239)D224 - 239
48X-RAY DIFFRACTION48(chain D and resid 240:280)D240 - 280

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る