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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wnp | ||||||
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タイトル | Structure of ULK1 bound to a potent inhibitor | ||||||
要素 | Serine/threonine-protein kinase ULK1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase / autophagy / inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 omegasome membrane / neuron projection regeneration / regulation of protein lipidation / negative regulation of collateral sprouting / Atg1/ULK1 kinase complex / positive regulation of autophagosome assembly / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway ...omegasome membrane / neuron projection regeneration / regulation of protein lipidation / negative regulation of collateral sprouting / Atg1/ULK1 kinase complex / positive regulation of autophagosome assembly / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / axon extension / phagophore assembly site / TBC/RABGAPs / reticulophagy / Receptor Mediated Mitophagy / Macroautophagy / response to starvation / autophagosome membrane / autophagosome assembly / autophagosome / cellular response to nutrient levels / regulation of macroautophagy / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of autophagy / macroautophagy / Regulation of TNFR1 signaling / peptidyl-threonine phosphorylation / recycling endosome / small GTPase binding / autophagy / neuron projection development / protein localization / GTPase binding / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / mitochondrial outer membrane / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / negative regulation of cell population proliferation / axon / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / signal transduction / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å | ||||||
データ登録者 | Lazarus, M.B. / Novotny, C.J. / Shokat, K.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015 タイトル: Structure of the Human Autophagy Initiating Kinase ULK1 in Complex with Potent Inhibitors. 著者: Lazarus, M.B. / Novotny, C.J. / Shokat, K.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4wnp.cif.gz | 461.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4wnp.ent.gz | 383.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4wnp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4wnp_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4wnp_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4wnp_validation.xml.gz | 43.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4wnp_validation.cif.gz | 59 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/4wnp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/4wnp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32320.262 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-283 / 変異: E37A K38A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ULK1, KIAA0722 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O75385, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-3RJ / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.68 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1.55 M sodium malonate pH 7.0, 0.35 M sodium malonate pH 5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99995 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月30日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.99995 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.88→46.02 Å / Num. obs: 94168 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 396367 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→46.018 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.59 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 112.46 Å2 / Biso mean: 43.4051 Å2 / Biso min: 14.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.88→46.018 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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