PDB-4wlb: Crystal structure of RORc in complex with a partial inverse agoni...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wlb

タイトル

Crystal structure of RORc in complex with a partial inverse agonist compound

要素

Nuclear receptor ROR-gamma
SRC-1 peptide

キーワード

TRANSCRIPTION / NUCLEAR RECEPTOR LIGAND BINDING DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-activated transcription factor activity / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / T-helper cell differentiation / oxysterol binding / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / negative regulation of thymocyte apoptotic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.702 Å

データ登録者

Boenig, G. / Hymowitz, S.G. / Kiefer, J.R.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: A reversed sulfonamide series of selective RORc inverse agonists.
著者: van Niel, M.B. / Fauber, B.P. / Cartwright, M. / Gaines, S. / Killen, J.C. / Rene, O. / Ward, S.I. / de Leon Boenig, G. / Deng, Y. / Eidenschenk, C. / Everett, C. / Gancia, E. / Ganguli, A. / ...

履歴

登録	2014年10月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月17日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wlb.cif.gz	234.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wlb.ent.gz	187 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wlb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4wlb_validation.pdf.gz	954.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wlb_full_validation.pdf.gz	959.8 KB	表示
XML形式データ	4wlb_validation.xml.gz	25.5 KB	表示
CIF形式データ	4wlb_validation.cif.gz	36.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/4wlb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/4wlb	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6x3o-d 3kg9-d 5l84-1 1uaz-d 2px8-d 5cuq-d 5tz6-d 6yjp-1 3cbi-d 6ddn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nuclear receptor ROR-gamma

B: Nuclear receptor ROR-gamma

D: SRC-1 peptide

E: SRC-1 peptide

ヘテロ分子

64.9 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Nuclear receptor ROR-gamma

D: SRC-1 peptide

ヘテロ分子

B: Nuclear receptor ROR-gamma

E: SRC-1 peptide

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
64.9 kDa, 4 ポリマー
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2

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

3

A: Nuclear receptor ROR-gamma

D: SRC-1 peptide

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
32.6 kDa, 2 ポリマー
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4

B: Nuclear receptor ROR-gamma

E: SRC-1 peptide

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
32.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	66.787, 86.258, 91.854
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan ...Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan receptor C / Retinoid-related orphan receptor-gamma 分子量: 30853.502 Da / 分子数: 2 / 断片: ROR-gamma ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51449
#2: タンパク質・ペプチド	SRC-1 peptide 分子量: 931.172 Da / 分子数: 2 / 断片: SRC-1 peptide / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-3QQ / N-(4-fluorobenzyl)-N-(2-methylpropyl)-6-{[1-(methylsulfonyl)piperidin-4-yl]amino}pyridine-3-sulfonamide 分子量: 498.634 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₃₁FN₄O₄S₂
#4: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.74 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 3350, Sodium formate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 193 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→45 Å / Num. obs: 62573 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 15.93 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.097 / Χ²: 1.037 / Net I/av σ(I): 14.67 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 248553

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.65-1.68	2.4	0.766	2592	0.397	0.566	0.959	0.476	82.3
1.68-1.71	2.6	0.715	2755	0.467	0.503	0.882	0.488	87.2
1.71-1.74	2.8	0.663	2923	0.542	0.448	0.807	0.56	92.4
1.74-1.78	3.1	0.611	3092	0.612	0.393	0.732	0.553	96.8
1.78-1.82	3.7	0.553	3146	0.72	0.321	0.643	0.594	99.5
1.82-1.86	4.3	0.532	3182	0.759	0.288	0.606	0.593	99.8
1.86-1.9	3.8	0.504	3139	0.925	0.287	0.582	0.756	98.6
1.9-1.96	3.9	0.379	3139	0.815	0.209	0.435	1.5	98.7
1.96-2.01	4.4	0.284	3166	0.922	0.152	0.324	0.814	99.7
2.01-2.08	4.2	0.266	3154	0.915	0.144	0.304	1.29	99.5
2.08-2.15	4.3	0.18	3216	0.972	0.097	0.205	0.821	99.7
2.15-2.24	4.1	0.149	3119	0.981	0.081	0.17	0.953	98.4
2.24-2.34	4	0.154	3127	0.96	0.086	0.177	1.596	97.1
2.34-2.46	4.5	0.096	3212	0.993	0.05	0.109	0.88	99.9
2.46-2.62	4.4	0.09	3208	0.991	0.048	0.103	1.003	99.8
2.62-2.82	4.5	0.073	3204	0.994	0.039	0.083	1.02	99.6
2.82-3.11	4.5	0.055	3247	0.997	0.029	0.063	1.019	99.9
3.11-3.55	4.5	0.054	3239	0.996	0.028	0.062	1.663	99.3
3.55-4.48	4.3	0.044	3268	0.997	0.023	0.05	1.823	99.1
4.48-45	4.4	0.033	3445	0.998	0.017	0.037	1.146	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.702→39.04 Å / FOM work R set: 0.8462 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2263	5427	10.08 %
R_work	0.1777	48387	-
obs	0.1825	53814	91.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.39 Å² / B_iso mean: 21.63 Å² / B_iso min: 3.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.702→39.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4148	0	86	425	4659
B_iso mean	-	-	24.74	27.9	-
残基数	-	-	-	-	512

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4396
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.034	5945
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	652
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	752
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.804	1633

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7015-1.7209	0.3548	69	0.2567	472	541	28
1.7209-1.7411	0.302	72	0.2338	691	763	40
1.7411-1.7623	0.3085	111	0.2263	954	1065	54
1.7623-1.7846	0.263	129	0.2154	1169	1298	68
1.7846-1.8081	0.266	177	0.2163	1438	1615	83
1.8081-1.8329	0.2496	181	0.2336	1652	1833	95
1.8329-1.8591	0.2769	213	0.254	1667	1880	97
1.8591-1.8868	0.3142	182	0.2638	1697	1879	98
1.8868-1.9163	0.41	202	0.3488	1654	1856	94
1.9163-1.9477	0.3707	166	0.291	1684	1850	96
1.9477-1.9813	0.2891	232	0.2029	1674	1906	99
1.9813-2.0173	0.2303	196	0.1839	1764	1960	100
2.0173-2.0561	0.2393	194	0.1934	1726	1920	100
2.0561-2.0981	0.2609	186	0.2087	1781	1967	99
2.0981-2.1437	0.2247	180	0.178	1747	1927	100
2.1437-2.1936	0.2189	200	0.1717	1751	1951	100
2.1936-2.2484	0.2763	186	0.2111	1710	1896	97
2.2484-2.3092	0.2964	170	0.1977	1688	1858	96
2.3092-2.3772	0.1795	199	0.1497	1772	1971	100
2.3772-2.4539	0.2154	199	0.1444	1742	1941	100
2.4539-2.5416	0.2163	179	0.1567	1787	1966	100
2.5416-2.6433	0.2118	200	0.1581	1771	1971	100
2.6433-2.7636	0.2209	202	0.1663	1737	1939	100
2.7636-2.9092	0.2152	197	0.1647	1791	1988	100
2.9092-3.0914	0.2167	213	0.1724	1758	1971	100
3.0914-3.33	0.195	217	0.1632	1771	1988	100
3.33-3.6649	0.1859	184	0.1546	1789	1973	99
3.6649-4.1947	0.1872	173	0.1371	1836	2009	99
4.1947-5.2828	0.1482	200	0.1318	1800	2000	99
5.2828-39.05	0.2273	218	0.1821	1914	2132	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0247	0.2257	-0.1123	4.347	0.219	0.3823	-0.0522	0.112	0.381	-0.5062	0.0953	-0.4134	-0.1479	-0.0064	-0.0195	0.1363	-0.0127	0.0318	0.1187	0.0239	0.1271	-13.1377	30.2731	-20.4084
2	0.618	-0.3122	0.316	1.0145	-0.0998	0.7969	-0.0235	0.0039	-0.0496	-0.1681	0.024	0.1936	0.1925	-0.1072	0.0047	0.1098	-0.0285	-0.0008	0.1077	-0.0265	0.0836	-23.8856	2.619	-12.2264
3	2.0124	0.2756	0.6557	1.685	0.3291	0.9799	-0.0587	0.1374	-0.0759	0.0226	0.0393	-0.316	-0.0137	0.0886	0.0505	0.049	-0.0155	-0.0157	0.075	0.009	0.0884	-10.2832	17.2138	-9.8263
4	1.0686	0.0148	0.0156	1.3654	0.3095	0.9534	-0.0546	0.0222	-0.022	-0.0082	0.0069	0.1798	0.1288	-0.2078	0.0473	0.0888	-0.0318	0.0221	0.1159	-0.0318	0.0859	-30.1536	7.3783	-4.3917
5	2.034	-0.3761	0.4328	1.4143	-0.1722	0.6217	-0.1095	-0.0113	0.286	0.0805	0.0251	-0.1479	-0.0419	-0.0174	0.0658	0.0895	-0.0063	-0.0364	0.073	0.0142	0.1019	-14.3171	27.6877	-9.7864
6	1.7062	-1.1133	1.351	2.9251	-1.9281	4.0707	-0.1013	-0.2243	0.2429	0.3198	0.1749	0.2813	0.0662	-0.1929	0.0612	0.0953	0.0125	-0.0234	0.116	0.0214	0.1921	-26.6799	29.4416	-6.3582
7	0.2785	-0.5215	-0.1548	2.063	0.4031	1.0538	-0.1128	-0.0101	0.0778	0.5564	0.1447	-0.636	0.3625	0.0307	0.0655	0.1919	0.041	-0.0589	0.1361	0.0162	-0.0233	-12.4548	2.4449	0.8923
8	1.2527	-0.7594	0.4436	4.7332	-0.4132	1.0319	0.1716	-0.0813	-0.2358	0.6789	-0.0181	0.093	0.1794	0.0382	-0.2437	0.2266	-0.0101	-0.0367	0.1032	0.026	0.1159	-18.5609	-36.7651	-4.9148
9	1.0605	0.0439	0.7501	1.9558	-0.4988	0.8682	-0.1752	0.0497	0.0335	0.0837	0.3347	0.6323	-0.0425	-0.3133	-0.0639	0.1095	0.0114	0.0445	0.1787	0.061	0.2547	-28.5601	-7.7739	-20.9207
10	0.8936	0.4437	0.2676	3.215	-1.0842	1.1012	0.0071	-0.0535	0.0469	0.307	0.0057	-0.0536	-0.0523	-0.0739	-0.0682	0.1008	-0.0091	-0.01	0.0938	-0.0163	0.0514	-14.5526	-10.5586	-13.6
11	2.335	0.3767	-0.0427	1.5235	-0.0322	0.5987	0.0982	0.1038	-0.7561	0.3193	-0.1023	-0.5963	0.1128	0.1371	-0.1235	0.1341	-0.0002	-0.1347	0.0223	0.0993	0.2889	-9.8059	-24.0624	-11.2264
12	1.3148	0.399	0.3841	1.7116	-0.1776	0.2556	-0.0642	0.1733	0.0329	-0.3593	0.1351	0.2432	0.0142	0.0108	-0.0494	0.1397	-0.0169	-0.0324	0.126	0.0096	0.091	-22.2991	-13.9276	-27.6464
13	3.2965	0.7459	0.1273	2.3048	-0.0215	1.1918	-0.2137	0.0146	-0.2818	-0.2809	0.2439	-0.8925	0.0068	0.1392	-0.2514	-0.1155	-0.0189	-0.0716	0.0887	0.0039	0.3293	-12.7441	-30.2357	-14.9412
14	1.8603	-0.1852	0.652	1.6421	-0.213	1.5261	-0.0603	-0.1019	-0.0468	0.0849	-0.0124	-0.7882	0.2691	0.055	-0.3527	0.0987	0.012	-0.0681	0.0651	0.0309	0.3652	-13.2326	-39.3696	-12.1073
15	3.0187	2.2504	-1.2953	3.1123	-1.0505	2.1354	0.3226	0.1534	-0.2381	-0.4146	0.0287	-0.3473	-0.1654	0.1373	0.0719	0.1879	-0.008	0.0414	0.1095	-0.0142	0.1707	-19.8279	-36.1496	-24.2931
16	0.5645	-0.2849	-0.2975	1.7555	-0.011	1.4037	-0.0925	0.0667	-0.0914	-0.09	0.1649	-0.591	-0.0699	0.202	-0.0275	0.0934	-0.0345	0.0466	0.1649	-0.0226	0.1208	-5.052	-9.1493	-21.2433
17	3.4258	-1.0959	2.0324	4.4708	0.3198	2.8816	0.3257	0.1248	0.366	-0.2382	-0.1304	-0.6216	-0.1059	0.1879	0.0114	0.1852	-0.0235	0.0581	0.1722	-0.0431	0.2542	-0.0979	9.4259	-12.911
18	3.864	-0.1081	-1.0028	4.5281	-0.9648	3.4746	0.169	-0.3174	-0.0255	0.4586	-0.0048	-0.6497	0.4154	0.0945	0.0758	0.3648	-0.0226	-0.1375	0.2319	0.0082	0.2088	-3.7953	-16.1074	-2.8942

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 239 through 263 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 264 through 316 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 317 through 347 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 348 through 389 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 390 through 435 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 436 through 449 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 450 through 486 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 239 through 263 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 264 through 291 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 292 through 316 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 317 through 347 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 348 through 389 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 390 through 414 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 415 through 435 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 436 through 449 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 450 through 486 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 8 through 15 )	D
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 8 through 15 )	E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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