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- PDB-4wk7: Crystal structure of human ADAMTS-4 in complex with inhibitor (co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wk7
タイトルCrystal structure of human ADAMTS-4 in complex with inhibitor (compound 1, 2-(4-chlorophenoxy)-N-{[(4R)-4-methyl-2,5-dioxoimidazolidin-4-yl]methyl} acetamide)
要素A disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs 4
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / Metalloprotease / Osteoarthritis / Inhibitor / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ADAMTS-4 endopeptidase / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / extracellular matrix disassembly / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / extracellular matrix / skeletal system development / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity ...ADAMTS-4 endopeptidase / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / extracellular matrix disassembly / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / extracellular matrix / skeletal system development / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / peptidase activity / protease binding / collagen-containing extracellular matrix / nuclear speck / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
ADAMTS/ADAMTS-like, Spacer 1 / ADAMTS/ADAMTS-like / ADAMTS, cysteine-rich domain 2 / ADAMTS/ADAMTS-like, cysteine-rich domain 3 / : / ADAM-TS Spacer 1 / ADAMTS cysteine-rich domain 2 / ADAMTS cysteine-rich domain / ADAM, cysteine-rich domain / ADAM Cysteine-Rich Domain ...ADAMTS/ADAMTS-like, Spacer 1 / ADAMTS/ADAMTS-like / ADAMTS, cysteine-rich domain 2 / ADAMTS/ADAMTS-like, cysteine-rich domain 3 / : / ADAM-TS Spacer 1 / ADAMTS cysteine-rich domain 2 / ADAMTS cysteine-rich domain / ADAM, cysteine-rich domain / ADAM Cysteine-Rich Domain / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3PQ / A disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.24 Å
データ登録者Durbin, J.D. / Stout, S.L.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Identification of potent and selective hydantoin inhibitors of aggrecanase-1 and aggrecanase-2 that are efficacious in both chemical and surgical models of osteoarthritis.
著者: Durham, T.B. / Klimkowski, V.J. / Rito, C.J. / Marimuthu, J. / Toth, J.L. / Liu, C. / Durbin, J.D. / Stout, S.L. / Adams, L. / Swearingen, C. / Lin, C. / Chambers, M.G. / Thirunavukkarasu, K. / Wiley, M.R.
履歴
登録2014年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22015年1月14日Group: Database references
改定 1.32015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.42017年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / diffrn_detector ...citation / diffrn_detector / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.62024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9826
ポリマ－25,4851
非ポリマー4975
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.506, 67.923, 74.581
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 A disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs 4 / ADAMTS-4 / ADMP-1 / Aggrecanase-1


分子量: 25484.881 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 213-439 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADAMTS4, KIAA0688, UNQ769/PRO1563 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75173, ADAMTS-4 endopeptidase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-3PQ / 2-(4-chlorophenoxy)-N-{[(4R)-4-methyl-2,5-dioxoimidazolidin-4-yl]methyl}acetamide


分子量: 311.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H14ClN3O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 3350, Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.17→13.72 Å / Num. obs: 66843 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 6.2 % / Net I/σ(I): 8.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.24→13.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 0.808 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2132 2932 5.1 %RANDOM
Rwork0.1956 54310 --
obs0.1965 54310 96.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 51.7 Å2 / Biso mean: 17.538 Å2 / Biso min: 9.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.85 Å20 Å20 Å2
2---0.57 Å20 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.24→13.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1575 0 25 219 1819
Biso mean--16.25 29.24 -
残基数----209
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0191672
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021553
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1211.9742288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74933582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2055216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.04123.38268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.12515255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.781511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211910
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02369
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6621.634846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6611.633845
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1822.4441056
LS精密化 シェル解像度: 1.24→1.272 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 211 -
Rwork0.273 3850 -
all-4061 -
obs--95.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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