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- PDB-4w9f: pVHL:EloB:EloC in complex with (2S,4R)-1-(3,3-dimethylbutanoyl)-4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w9f
タイトルpVHL:EloB:EloC in complex with (2S,4R)-1-(3,3-dimethylbutanoyl)-4-hydroxy-N-(4-(4-methylthiazol-5-yl)benzyl)pyrrolidine-2-carboxamide (ligand 5)
要素
  • Transcription elongation factor B polypeptide 1
  • Transcription elongation factor B polypeptide 2
  • Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードLIGASE / protein complex / ubiquitin ligase / hypoxia inducible factor / transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / negative regulation of signal transduction / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / transcription corepressor binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of cell differentiation / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / cell morphogenesis / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / Replication of the SARS-CoV-2 genome / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / protein stabilization / protein ubiquitination / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin B / Elongin-C / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3JU / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者van Molle, I. / Hewitt, S. / Galdeano, C. / Gadd, M.S. / Ciulli, A.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
European Research CouncilERC-2012-StG-311460
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBBSRC BB/G023123/1 英国
Marie Sklodowska-Curie ActionsEC PIEF-GA-2012-328030
Marie Sklodowska-Curie ActionsEC PIEF-GA-2010-275683
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure-Guided Design and Optimization of Small Molecules Targeting the Protein-Protein Interaction between the von Hippel-Lindau (VHL) E3 Ubiquitin Ligase and the Hypoxia Inducible ...タイトル: Structure-Guided Design and Optimization of Small Molecules Targeting the Protein-Protein Interaction between the von Hippel-Lindau (VHL) E3 Ubiquitin Ligase and the Hypoxia Inducible Factor (HIF) Alpha Subunit with in Vitro Nanomolar Affinities.
著者: Galdeano, C. / Gadd, M.S. / Soares, P. / Scaffidi, S. / Van Molle, I. / Birced, I. / Hewitt, S. / Dias, D.M. / Ciulli, A.
履歴
登録2014年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月5日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription elongation factor B polypeptide 2
B: Transcription elongation factor B polypeptide 1
C: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
D: Transcription elongation factor B polypeptide 2
E: Transcription elongation factor B polypeptide 1
F: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
G: Transcription elongation factor B polypeptide 2
H: Transcription elongation factor B polypeptide 1
I: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
J: Transcription elongation factor B polypeptide 2
K: Transcription elongation factor B polypeptide 1
L: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,61116
ポリマ－166,94912
非ポリマー1,6624
水10,809600
1
A: Transcription elongation factor B polypeptide 2
B: Transcription elongation factor B polypeptide 1
C: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1534
ポリマ－41,7373
非ポリマー4161
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area15700 Å2
手法PISA
2
D: Transcription elongation factor B polypeptide 2
E: Transcription elongation factor B polypeptide 1
F: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1534
ポリマ－41,7373
非ポリマー4161
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area15490 Å2
手法PISA
3
G: Transcription elongation factor B polypeptide 2
H: Transcription elongation factor B polypeptide 1
I: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1534
ポリマ－41,7373
非ポリマー4161
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area15970 Å2
手法PISA
4
J: Transcription elongation factor B polypeptide 2
K: Transcription elongation factor B polypeptide 1
L: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1534
ポリマ－41,7373
非ポリマー4161
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area15640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.680, 92.680, 364.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
31G
41J
12B
22E
32H
42K
13C
23F
33I
43L
14C
24F
34I
15C
25F
35I
45L

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 999
2114D1 - 999
3114G1 - 999
4114J1 - 999
1124B1 - 999
2124E1 - 999
3124H1 - 999
4124K1 - 999
1134C1 - 169
2134F1 - 169
3134I1 - 169
4134L1 - 169
1144C170 - 186
2144F170 - 186
3144I170 - 186
1154C186 - 999
2154F186 - 999
3154I186 - 999
4154L186 - 999

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
詳細The biological unit is a trimer. There are four biological units in the asymmetric unit (chains A, B & C, chains D, E & F, chains G, H & I and chains J, K &L).

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要素

#1: タンパク質
Transcription elongation factor B polypeptide 2 / Elongin 18 kDa subunit / Elongin-B / EloB / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18


分子量: 11852.389 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCEB2 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質
Transcription elongation factor B polypeptide 1 / Elongin 15 kDa subunit / Elongin-C / EloC / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15


分子量: 11078.599 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCEB1 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質
Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18806.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / プラスミド: pHAT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#4: 化合物
ChemComp-3JU / (4R)-1-(3,3-dimethylbutanoyl)-4-hydroxy-N-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)benzyl]-L-prolinamide


分子量: 415.549 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H29N3O3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 600 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: PEG 3350, MgOAc, Sodium cacodylate, DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→92.68 Å / Num. obs: 93841
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.1-2.1513.40.851.3032.6691870685668561.355100
2.15-2.210.9151.0413.585385663766371.084100
2.21-2.280.9340.8464.3488429647764760.879100
2.28-2.350.9570.6725.485382629762970.698100
2.35-2.420.9730.5596.3181039610661060.581100
2.42-2.510.980.4497.6176521591959190.467100
2.51-2.60.990.3479.4777051569856970.361100
2.6-2.710.9920.27211.5470980551155110.283100
2.71-2.830.9950.20714.671743531453140.215100
2.83-2.970.9970.14519.3468429508350830.151100
2.97-3.130.9980.11223.2762315483248320.116100
3.13-3.320.9990.08828.3760586460846070.091100
3.32-3.550.9980.07133.5355435434343420.074100
3.55-3.830.9990.05837.7951226404540450.061100
3.83-4.20.9990.05142.7647314374337420.054100
4.2-4.70.9970.04845.0640439342134200.05100
4.7-5.420.9990.04744.6536353303830380.049100
5.42-6.6410.0540.9330987261526150.052100
6.64-9.390.9970.04344.1823139208020760.04599.8
9.390.9990.03845.5512868124412280.0498.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1VBC

1vbc


解像度: 2.1→92.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.2277 / WRfactor Rwork: 0.204 / FOM work R set: 0.8094 / SU B: 10.383 / SU ML: 0.14 / SU R Cruickshank DPI: 0.2146 / SU Rfree: 0.1715 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2291 4704 5 %RANDOM
Rwork0.2047 89136 --
obs0.206 89136 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 147.78 Å2 / Biso mean: 43.74 Å2 / Biso min: 25.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.41 Å2-0 Å2
3----0.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→92.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10174 0 116 603 10893
Biso mean--37.29 47.5 -
残基数----1317
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01910579
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2121.99514425
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7453.00422978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.95451305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.06323.115427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.669151639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6661574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.21676
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02111762
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022352
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9131.8535279
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9141.8535278
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1534.1466564
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1362MEDIUM POSITIONAL0.320.5
12D1362MEDIUM POSITIONAL0.430.5
13G1362MEDIUM POSITIONAL0.320.5
14J1362MEDIUM POSITIONAL0.380.5
11A1362MEDIUM THERMAL5.412
12D1362MEDIUM THERMAL5.952
13G1362MEDIUM THERMAL7.612
14J1362MEDIUM THERMAL6.622
21B1226MEDIUM POSITIONAL0.460.5
22E1226MEDIUM POSITIONAL0.530.5
23H1226MEDIUM POSITIONAL0.570.5
24K1226MEDIUM POSITIONAL0.470.5
21B1226MEDIUM THERMAL3.622
22E1226MEDIUM THERMAL4.012
23H1226MEDIUM THERMAL3.852
24K1226MEDIUM THERMAL5.812
31C1579MEDIUM POSITIONAL0.320.5
32F1579MEDIUM POSITIONAL0.370.5
33I1579MEDIUM POSITIONAL0.370.5
34L1579MEDIUM POSITIONAL0.350.5
31C1579MEDIUM THERMAL3.092
32F1579MEDIUM THERMAL2.742
33I1579MEDIUM THERMAL3.152
34L1579MEDIUM THERMAL4.52
41C218MEDIUM POSITIONAL0.320.5
42F218MEDIUM POSITIONAL0.230.5
43I218MEDIUM POSITIONAL0.330.5
41C218MEDIUM THERMAL4.012
42F218MEDIUM THERMAL2.752
43I218MEDIUM THERMAL3.852
51C207MEDIUM POSITIONAL0.680.5
52F207MEDIUM POSITIONAL0.460.5
53I207MEDIUM POSITIONAL0.380.5
54L207MEDIUM POSITIONAL0.40.5
51C207MEDIUM THERMAL8.952
52F207MEDIUM THERMAL6.162
53I207MEDIUM THERMAL5.442
54L207MEDIUM THERMAL9.252
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 344 -
Rwork0.269 6510 -
all-6854 -
obs--99.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1281-0.7389-0.86650.61180.82431.2568-0.0484-0.091-0.01330.0534-0.00280.01920.1180.0150.05120.149-0.01790.05920.10440.02670.2148-18.25592.454843.3937
20.198-0.1406-0.46840.50070.25971.22630.02170.0517-0.0624-0.0487-0.0837-0.0167-0.027-0.06560.06190.18680.01110.03610.0596-0.01140.2452-14.2408-1.559325.9024
30.4887-0.5650.23641.7927-1.03920.6532-0.01830.0983-0.05230.0434-0.03530.03240.0251-0.00670.05360.2143-0.04290.05590.0613-0.00420.1947-7.96819.93689.1306
40.6511-0.6259-0.76620.78571.20872.28020.0229-0.08260.11490.1479-0.042-0.01960.571-0.27470.01910.316-0.1690.03360.150.00410.158228.3941-1.020843.4492
50.3336-0.596-0.2941.18040.32242.5092-0.02180.0343-0.00240.1757-0.0084-0.00090.3269-0.1970.03020.3183-0.0321-0.01130.06110.01550.195332.4762-5.777426.1417
60.49-0.53950.34211.845-0.47890.47540.02310.0784-0.05170.0357-0.0342-0.02080.013-0.04040.01110.1749-0.03070.03270.0645-0.00490.211638.499315.18889.2733
70.4854-0.483-0.69690.74040.25512.0941-0.11590.0130.04450.16520.03680.01620.1024-0.1140.07910.2235-0.020.03430.07110.01040.190833.427843.318443.4626
80.0507-0.0561-0.23550.81960.39281.135-0.01750.0264-0.0101-0.1925-0.06880.0120.0933-0.13370.08630.273-0.0192-0.00670.04770.02330.198435.185540.15326.0148
90.4244-0.41990.03750.9315-0.1050.3957-0.0368-0.03360.0179-0.1843-0.03690.02620.0939-0.01280.07360.3784-0.007-0.00870.0186-0.00060.166839.349460.85178.9182
100.8749-0.6143-0.36690.6339-0.01260.9161-0.017-0.0740.07580.0057-0.01360.01340.1107-0.00040.03060.1435-0.04630.03340.097-0.00960.2159-14.462547.563743.3858
110.0985-0.21-0.18021.1525-0.31941.1780.02530.0216-0.0013-0.2505-0.07740.04580.1894-0.08240.05210.2362-0.0230.02250.06680.00740.2127-12.219744.613125.6862
120.5178-0.3301-0.03151.0769-1.03851.6953-0.0154-0.03510.0428-0.1829-0.06530.02320.2215-0.03990.08070.25640.00060.02040.0755-0.0310.2044-8.357767.48378.5035
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 103
2X-RAY DIFFRACTION2B17 - 112
3X-RAY DIFFRACTION3C62 - 202
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 102
5X-RAY DIFFRACTION5E17 - 112
6X-RAY DIFFRACTION6F63 - 203
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 103
8X-RAY DIFFRACTION8H17 - 110
9X-RAY DIFFRACTION9I62 - 204
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 103
11X-RAY DIFFRACTION11K16 - 112
12X-RAY DIFFRACTION12L62 - 204

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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