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万見
- PDB-4use: Human STK10 (LOK) with SB-633825 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4use
タイトルHuman STK10 (LOK) with SB-633825
要素SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 10
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


lymphocyte aggregation / regulation of lymphocyte migration / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / specific granule membrane / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / protein serine kinase activity ...lymphocyte aggregation / regulation of lymphocyte migration / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / specific granule membrane / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase 10, catalytic domain / Polo kinase kinase / : / Polo kinase kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Serine/threonine-protein kinase 10, catalytic domain / Polo kinase kinase / : / Polo kinase kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R09 / Serine/threonine-protein kinase 10
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Elkins, J.M. / Salah, E. / Szklarz, M. / von Delft, F. / Canning, P. / Raynor, J. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Knapp, S.
引用ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2016
タイトル: Comprehensive Characterization of the Published Kinase Inhibitor Set.
著者: Elkins, J.M. / Fedele, V. / Szklarz, M. / Abdul Azeez, K.R. / Salah, E. / Mikolajczyk, J. / Romanov, S. / Sepetov, N. / Huang, X.P. / Roth, B.L. / Al Haj Zen, A. / Fourches, D. / Muratov, E. ...著者: Elkins, J.M. / Fedele, V. / Szklarz, M. / Abdul Azeez, K.R. / Salah, E. / Mikolajczyk, J. / Romanov, S. / Sepetov, N. / Huang, X.P. / Roth, B.L. / Al Haj Zen, A. / Fourches, D. / Muratov, E. / Tropsha, A. / Morris, J. / Teicher, B.A. / Kunkel, M. / Polley, E. / Lackey, K.E. / Atkinson, F.L. / Overington, J.P. / Bamborough, P. / Moller, S. / Price, D.J. / Willson, T.M. / Drewry, D.H. / Knapp, S. / Zuercher, W.J.
履歴
登録2014年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月4日Group: Database references
改定 1.22016年1月20日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 10
B: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5644
ポリマ－68,5972
非ポリマー9672
水28816
1
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7822
ポリマ－34,2991
非ポリマー4841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7822
ポリマ－34,2991
非ポリマー4841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)62.040, 50.250, 133.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 10 / LYMPHOCYTE-ORIENTED KINASE / STK10


分子量: 34298.605 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 18-317 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O94804, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-R09 / 4-{5-(6-methoxynaphthalen-2-yl)-1-methyl-2-[2-methyl-4-(methylsulfonyl)phenyl]-1H-imidazol-4-yl}pyridine / SB-633825


分子量: 483.581 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H25N3O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 50% (V/V) PEG 300, 0.1M CACODYLATE PH 6.5, 0.2M MGCL2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→65.59 Å / Num. obs: 23790 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.65→131.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 33.069 / SU ML: 0.306 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.591 / ESU R Free: 0.304 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25145 1192 5.1 %RANDOM
Rwork0.22454 ---
obs0.22598 22179 97.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 72.105 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.08 Å20 Å22.79 Å2
2---3.11 Å20 Å2
3----1.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→131.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4284 0 70 16 4370
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0194461
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024241
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2681.9956087
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8263.0039737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0965560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.83724.85167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.47715726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.631516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2706
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214944
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02916
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6243.5042252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6193.5042251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8535.2522805
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1353.7312209
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 83 -
Rwork0.374 1486 -
obs--89.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.76042.1195-1.99772.23771.07171.85620.0169-0.3354-0.54610.4527-0.51160.4720.236-0.62080.49470.45780.08270.08960.72510.13370.4108-6.82040.7536-55.1176
22.6056-1.45451.39957.14591.5864.6006-0.0806-0.07830.04850.2436-0.06290.50620.00830.03870.14350.1247-0.02630.03050.0142-0.01680.049913.48320.0822-55.1678
30.8461.73212.75954.84948.773816.6370.47230.09970.22921.3504-0.32260.02742.5002-1.179-0.14970.9614-0.2339-0.08040.6291-0.0460.417510.63117.0807-40.4548
41.91770.5370.63995.26831.75545.0611-0.0375-0.2040.08420.48510.1182-0.43160.00790.6369-0.08070.1110.0063-0.02570.1253-0.0180.051922.2036-0.0683-47.9762
50.62121.54151.23516.57765.04275.2812-0.14640.36330.602-0.9192-0.36191.0555-0.6749-0.71750.50831.10320.04010.13871.26290.35641.1729-13.5477-20.579-18.3488
64.29271.2028-1.96235.56380.06315.22590.00520.3779-0.0394-0.0433-0.06130.65050.0522-0.33940.05610.59520.03980.12230.0464-0.01460.11231.4957-21.7311-9.7021
72.3232-2.9505-3.45986.38448.757112.40660.4535-0.1627-0.2636-1.238-0.5990.1371-1.6489-1.08640.14560.86140.18410.16160.626-0.09710.38118.7996-27.4314-23.6715
82.4121-0.8729-1.72224.99721.76754.9168-0.0723-0.1675-0.1083-0.04040.1564-0.5706-0.00560.7741-0.08410.4597-0.00470.07220.1305-0.00740.092215.3369-20.6843-12.7668
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A30 - 112
2X-RAY DIFFRACTION2A113 - 188
3X-RAY DIFFRACTION3A189 - 216
4X-RAY DIFFRACTION4A217 - 316
5X-RAY DIFFRACTION5B34 - 89
6X-RAY DIFFRACTION6B90 - 188
7X-RAY DIFFRACTION7B189 - 217
8X-RAY DIFFRACTION8B218 - 316

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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