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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4u4l | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the metallo-beta-lactamase NDM-1 in complex with a bisthiazolidine inhibitor | ||||||
要素 | Beta-lactamase NDM-1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Kosmopoulou, M. / Hinchliffe, P. / Spencer, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase NDM-1 in complex with a bisthiazolidine inhibitor 著者: Kosmopoulou, M. / Hinchliffe, P. / Spencer, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4u4l.cif.gz | 362.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4u4l.ent.gz | 294.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4u4l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4u4l_validation.pdf.gz | 490.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4u4l_full_validation.pdf.gz | 498.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4u4l_validation.xml.gz | 41 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4u4l_validation.cif.gz | 58.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/4u4l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/4u4l | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3spuS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26014.301 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / プラスミド: pOPINF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: C7C422, beta-lactamase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-3C7 / ( #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.19 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 25 %(w/v) PEG 2000 monomethyl ether |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→28.47 Å / Num. obs: 62122 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 17.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.195 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 91 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3SPU 解像度: 1.9→27.881 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 17.82 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.881 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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