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- PDB-4thi: THIAMINASE I FROM BACILLUS THIAMINOLYTICUS WITH COVALENTLY BOUND ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4thi
タイトルTHIAMINASE I FROM BACILLUS THIAMINOLYTICUS WITH COVALENTLY BOUND 4-AMINO-2,5-DIMETHYLPYRIMIDINE
要素PROTEIN (THIAMINASE I)
キーワードTRANSFERASE / THIAMIN DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine pyridinylase / thiamine pyridinylase activity / thiamine catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thiaminase-1 / : / Thiaminase-1 domain / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,5-DIMETHYL-PYRIMIDIN-4-YLAMINE / Thiaminase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Campobasso, N. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of thiaminase-I from Bacillus thiaminolyticus at 2.0 A resolution.
著者: Campobasso, N. / Costello, C.A. / Kinsland, C. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Thiaminase I from Bacillus Thiaminolyticus: Space Group Change Upon Freezing of Crystals
著者: Campobasso, N. / Begun, J. / Costello, C.A. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
履歴
登録1998年10月5日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (THIAMINASE I)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7383
ポリマ－40,5191
非ポリマー2192
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.700, 119.300, 37.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-372-

SO4

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (THIAMINASE I)


分子量: 40518.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 細胞内の位置: PERIPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45741, thiamine pyridinylase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PYD / 2,5-DIMETHYL-PYRIMIDIN-4-YLAMINE / 2,5-ジメチルピリミジン-4-アミン


分子量: 123.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H9N3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細SULFATE ION ON CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD SG OF CYS IS COVALENTLY BOUND TO THE C6 ATOM OF 4-AMINO- ...SULFATE ION ON CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD SG OF CYS IS COVALENTLY BOUND TO THE C6 ATOM OF 4-AMINO-2,5-DIMETHYLPYRIMIDINE
配列の詳細THE SWISS-PROT SEQUENCE CONTAINS A SIGNAL SEQUENCE THAT GETS PROCESSED AT THREE DIFFERENT SITES. ...THE SWISS-PROT SEQUENCE CONTAINS A SIGNAL SEQUENCE THAT GETS PROCESSED AT THREE DIFFERENT SITES. THE NUMBERING OF RESIDUES IN THIS PDB FILE IS CONSISTENT WITH THE PAPER: COSTELLO, ETAL. (1996). JBC, VOL. 271, NO. 7, PP. 3445 - 3452

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.60
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
128 %PEG60001reservoir
20.2 Msodium acetate trihydrate1reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9104
検出器タイプ: PRINCETON / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9104 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 23969 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 31.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.5 % / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Rsym value: 0.15 / % possible all: 54
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.046
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 54 % / Rmerge(I) obs: 0.15

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.842精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: RM TEMP STRUCTURE 2THI

2thi


解像度: 2→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 -5 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 23256 89.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2859 0 12 129 3000
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.35
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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