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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4thi | ||||||
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タイトル | THIAMINASE I FROM BACILLUS THIAMINOLYTICUS WITH COVALENTLY BOUND 4-AMINO-2,5-DIMETHYLPYRIMIDINE | ||||||
![]() | PROTEIN (THIAMINASE I) | ||||||
![]() | TRANSFERASE / THIAMIN DEGRADATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() thiamine pyridinylase / thiamine pyridinylase activity / thiamine catabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Campobasso, N. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of thiaminase-I from Bacillus thiaminolyticus at 2.0 A resolution. 著者: Campobasso, N. / Costello, C.A. / Kinsland, C. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Thiaminase I from Bacillus Thiaminolyticus: Space Group Change Upon Freezing of Crystals 著者: Campobasso, N. / Begun, J. / Costello, C.A. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 87.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 64.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40518.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-PYD / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | SULFATE ION ON CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD SG OF CYS IS COVALENTLY BOUND TO THE C6 ATOM OF 4-AMINO- ...SULFATE ION ON CRYSTALLOG |
配列の詳細 | THE SWISS-PROT SEQUENCE CONTAINS A SIGNAL SEQUENCE THAT GETS PROCESSED AT THREE DIFFERENT SITES. ...THE SWISS-PROT SEQUENCE CONTAINS A SIGNAL SEQUENCE THAT GETS PROCESSED AT THREE DIFFERENT SITES. THE NUMBERING OF RESIDUES IN THIS PDB FILE IS CONSISTENT |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.6 / 詳細: pH 4.60 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PRINCETON / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9104 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 23969 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 31.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.5 % / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Rsym value: 0.15 / % possible all: 54 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.046 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 54 % / Rmerge(I) obs: 0.15 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: RM TEMP STRUCTURE 2THI 解像度: 2→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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