PDB-4rkx: Identification and characterization of a small molecule inhibitor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rkx

タイトル

Identification and characterization of a small molecule inhibitor of S. pyogenes SpeB.

要素

Streptopain

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PAPAIN FOLD / CYSTEINE PROTEASE / SECRETED / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

streptopain / cysteine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Wang, A.Y. / Gonzalez-Paez, G.E. / Wolan, D.W.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Identification and Co-complex Structure of a New S. pyogenes SpeB Small Molecule Inhibitor.
著者: Wang, A.Y. / Gonzalez-Paez, G.E. / Wolan, D.W.

履歴

登録	2014年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月26日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rkx.cif.gz	115.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rkx.ent.gz	88.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rkx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rkx_validation.pdf.gz	432.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rkx_full_validation.pdf.gz	433 KB	表示
XML形式データ	4rkx_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	4rkx_validation.cif.gz	19 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/4rkx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/4rkx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4d8bS 4d8e 4d8i S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4d8i-d 6zqt-2 1ywk-5 4d8e-d 4fs3-d 6uqd-2 1ywk-3 5ek9-d 4dqu-d 5ueu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptopain

ヘテロ分子

28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.564, 50.357, 37.406
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-796- HOH
2	1	A-797- HOH
3	1	A-798- HOH

#1: タンパク質	Streptopain 分子量: 28681.693 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 146-398 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 株: ATCC 10782 / 遺伝子: speB / プラスミド: PET23B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): plasmid 参照: UniProt: E0PTS8, UniProt: A0A0M3KKW7*PLUS, streptopain
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 化合物	ChemComp-3S9 / benzyl (cyanomethyl)carbamate / (シアノメチル)カルバミン酸ベンジル分子量: 190.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₀N₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.61 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.15 M SODIUM NITRATE, 26% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月22日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→50 Å / Num. all: 26926 / Num. obs: 26926 / % possible obs: 89.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 13.87 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.59→1.64 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 3.65 / Num. unique all: 2327 / R_sym value: 0.26 / % possible all: 86.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4D8B

4d8b

解像度: 1.59→31.32 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1884	1333	4.97 %	Random
R_work	0.161	-	-	-
obs	0.1624	26810	89.53 %	-
all	-	26810	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

Refine analyze

Luzzati sigma a obs: 0.14 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→31.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1941	0	18	206	2165

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2023
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.932	2747
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.046	721
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	281
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	369

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.59-1.6468	0.2588	128	0.2027	2426	X-RAY DIFFRACTION	87
1.6468-1.7128	0.2483	124	0.1976	2572	X-RAY DIFFRACTION	91
1.7128-1.7907	0.2082	139	0.1786	2592	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7907-1.8851	0.1965	138	0.1668	2566	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8851-2.0032	0.2103	125	0.1587	2600	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0032-2.1578	0.1771	132	0.156	2562	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1578-2.3749	0.1927	137	0.1578	2554	X-RAY DIFFRACTION	90
2.3749-2.7184	0.2104	138	0.1639	2550	X-RAY DIFFRACTION	89
2.7184-3.4242	0.1837	147	0.16	2510	X-RAY DIFFRACTION	87
3.4242-31.3257	0.1497	125	0.1472	2545	X-RAY DIFFRACTION	83

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7194	0.6965	0.3611	3.3641	1.8882	1.5956	-0.0711	0.0399	0.0236	-0.0676	0.0576	0.0748	-0.0294	0.0437	0.0197	0.0927	0.0021	0.0039	0.1322	0.0322	0.1197	21.8032	-13.2603	-16.2893
2	0.5942	1.1691	0.9677	3.3995	1.7366	2.1335	-0.1173	0.0076	0.0062	-0.0498	0.195	-0.0392	0.0014	0.0933	-0.1047	0.0747	0.0117	0.0131	0.1056	0.022	0.0823	18.5183	-14.94	-14.8219
3	2.4291	1.5438	-0.2061	2.8955	1.1896	1.8714	0.0134	-0.3909	-0.2465	0.3853	-0.0563	0.314	0.2934	-0.1114	0.068	0.1742	0.0608	0.0446	0.1528	0.0709	0.209	6.8058	-17.4194	-5.8004
4	0.985	-0.2155	-0.6755	2.2113	2.8105	3.8344	-0.1655	0.0679	-0.1226	-0.0252	0.0712	0.3295	0.0076	0.1966	0.1651	0.1491	-0.0127	-0.0116	0.1417	0.0518	0.2284	8.4089	-26.6269	-19.8672
5	2.7452	0.0809	0.8882	1.0874	-0.0808	0.9964	-0.0262	-0.2762	-0.2483	0.1542	0.0807	0.0653	0.0701	-0.0515	-0.0474	0.1436	0.0292	0.0369	0.1189	0.0356	0.1194	20.4747	-17.9714	-5.404
6	1.2184	-0.9943	-0.3343	2.0292	0.32	0.216	-0.0269	-0.0812	-0.0606	0.0093	0.0426	0.2511	0.0025	0.0008	-0.0109	0.0843	-0.0011	0.0059	0.1049	0.0334	0.1173	5.9859	-7.881	-14.9935
7	1.993	-0.377	0.8902	3.2666	0.282	2.7817	0.003	0.04	0.2385	0.0362	0.1008	-0.0492	-0.1965	-0.0529	-0.1107	0.0755	0.0069	0.0337	0.0994	0.0212	0.129	12.0028	4.4822	-15.9498
8	2.6551	-0.0516	-0.6895	1.7224	-0.4887	2.8053	-0.0456	0.1124	0.0618	-0.1197	0.0111	-0.1352	-0.0225	0.1353	0.0221	0.0982	-0.0003	0.0037	0.0727	0.0083	0.0963	19.3057	0.6924	-20.3824

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 146 through 181 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 182 through 204 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 205 through 217 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 218 through 237 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 238 through 272 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 273 through 311 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 312 through 337 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 338 through 399 )

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