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- PDB-4rif: Landomycin Glycosyltransferase LanGT2, carbasugar substrate complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rif
タイトルLandomycin Glycosyltransferase LanGT2, carbasugar substrate complex
要素Glycosyl transferase homolog
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / GT fold / glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glycosyltransferase activity / hexosyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
: / Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, N-terminal domain / Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, central / Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, C-terminal domain / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / Glycogen Phosphorylase B; / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3R2 / Glycosyl transferase homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces cyanogenus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Tam, H.K. / Gerhardt, S. / Breit, B. / Bechthold, A. / Einsle, O.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Structural Characterization of O- and C-Glycosylating Variants of the Landomycin Glycosyltransferase LanGT2.
著者: Tam, H.K. / Harle, J. / Gerhardt, S. / Rohr, J. / Wang, G. / Thorson, J.S. / Bigot, A. / Lutterbeck, M. / Seiche, W. / Breit, B. / Bechthold, A. / Einsle, O.
履歴
登録2014年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl transferase homolog
B: Glycosyl transferase homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8734
ポリマ－80,8122
非ポリマー1,0612
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area28310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.970, 59.710, 71.990
Angle α, β, γ (deg.)87.30, 73.97, 64.92
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Glycosyl transferase homolog


分子量: 40406.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces cyanogenus (バクテリア)
株: S136 / 遺伝子: lanGT2 / プラスミド: pET21::langt2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9ZGC0
#2: 化合物 ChemComp-3R2 / 2'-deoxy-5'-O-[(R)-{[(R)-{[(1S,3R,4R,5S)-3,4-dihydroxy-5-methylcyclohexyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-3,4-dihydrothymidine


分子量: 530.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H28N2O13P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.8
詳細: 1.3 M sodium citrate 0.1 M HEPES/NaOH, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月27日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50.36 Å / Num. all: 71527 / Num. obs: 62872 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2.5 / Biso Wilson estimate: 19.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 7.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: unliganded structure

解像度: 1.85→50.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9436 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9271 / SU R Cruickshank DPI: 0.131 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1982 3198 5.09 %RANDOM
Rwork0.1758 ---
all0.1769 71527 --
obs0.1769 62865 87.91 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4908 Å21.2448 Å25.0073 Å2
2--2.1497 Å2-0.1843 Å2
3----0.6589 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.201 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→50.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5603 0 68 208 5879
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015811HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.987952HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2599SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes126HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes865HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5811HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.64
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion764SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6791SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2367 228 4.96 %
Rwork0.1931 4372 -
all0.1951 4600 -
obs--87.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.36820.0430.23080.46350.08460.51340.0309-0.0791-0.07240.0915-0.0237-0.0430.01590-0.0072-0.0094-0.016-0.0212-0.05510.0327-0.0032-0.16690.35490.3292
20.3822-0.04140.12550.5529-0.19990.0833-0.01760.00740.0495-0.12770.02710.1071-0.0001-0.0011-0.00950.0025-0.0055-0.0357-0.06790.00840.0092-14.77919.2459-23.8565
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 379
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A401
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 379
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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