[日本語] English
万見
- PDB-4rhy: Crystal structures of Mycobacterium tuberculosis 6-oxopurine phos... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rhy
タイトルCrystal structures of Mycobacterium tuberculosis 6-oxopurine phosphoribosyltransferase which is a potential target for drug development against this disease
要素Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
キーワードtransferase/transferase inhibitor / 6-oxopurine phosphoribosyltransferase / Cytoplasmic / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IMP biosynthetic process / purine-containing compound salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / GMP biosynthetic process ...IMP biosynthetic process / purine-containing compound salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / GMP biosynthetic process / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hypoxanthine phosphoribosyl transferase / : / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3QG / Hypoxanthine phosphoribosyltransferase / Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3196 Å
データ登録者Eng, W.S. / Hockova, D. / Spacek, P. / West, N.P. / Woods, K. / Naesens, L.M.J. / Keough, D.T. / Guddat, L.W.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: First Crystal Structures of Mycobacterium tuberculosis 6-Oxopurine Phosphoribosyltransferase: Complexes with GMP and Pyrophosphate and with Acyclic Nucleoside Phosphonates Whose ...タイトル: First Crystal Structures of Mycobacterium tuberculosis 6-Oxopurine Phosphoribosyltransferase: Complexes with GMP and Pyrophosphate and with Acyclic Nucleoside Phosphonates Whose Prodrugs Have Antituberculosis Activity.
著者: Eng, W.S. / Hockova, D. / Spacek, P. / Janeba, Z. / West, N.P. / Woods, K. / Naesens, L.M. / Keough, D.T. / Guddat, L.W.
履歴
登録2014年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月24日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
C: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
D: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,94316
ポリマ－88,5644
非ポリマー2,38012
水4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4728
ポリマ－44,2822
非ポリマー1,1906
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area15450 Å2
手法PISA
3
C: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
D: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4728
ポリマ－44,2822
非ポリマー1,1906
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area15410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.179, 85.525, 152.727
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase


分子量: 22140.918 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in Mycobacterium tuberculosis
由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A5U8U8, UniProt: P9WHQ9*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-3QG / [2-({2-[bis(2-phosphonoethyl)amino]ethyl}[2-(6-oxo-3,6-dihydro-9H-purin-9-yl)ethyl]amino)ethyl]phosphonic acid


分子量: 546.346 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H29N6O10P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG8000, 0.1 M Tris-HCl pH8.5, 0.2 M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月25日
放射モノクロメーター: None / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3196→46.366 Å / Num. all: 32001 / Num. obs: 32001 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3196→46.366 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.94 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2473 1997 6.25 %Random
Rwork0.1898 ---
all0.1927 31931 --
obs0.1935 31931 99.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3196→46.366 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5491 0 144 237 5872
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075765
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.777791
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0042087
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029907
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004977
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3196-2.37760.34411330.27751981X-RAY DIFFRACTION94
2.3776-2.44180.35731400.2552106X-RAY DIFFRACTION100
2.4418-2.51370.31691420.2342130X-RAY DIFFRACTION100
2.5137-2.59480.27651410.23362103X-RAY DIFFRACTION100
2.5948-2.68750.31851420.23652126X-RAY DIFFRACTION100
2.6875-2.79510.34111420.24282121X-RAY DIFFRACTION100
2.7951-2.92230.32921420.22232130X-RAY DIFFRACTION100
2.9223-3.07640.28091430.21572137X-RAY DIFFRACTION100
3.0764-3.26910.25791430.20362132X-RAY DIFFRACTION100
3.2691-3.52140.22521410.17892145X-RAY DIFFRACTION100
3.5214-3.87560.23011440.16692161X-RAY DIFFRACTION100
3.8756-4.4360.18261440.1522157X-RAY DIFFRACTION100
4.436-5.58740.22231480.14342220X-RAY DIFFRACTION100
5.5874-46.37560.211520.18442285X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.04811.8566-2.09424.0409-1.18842.9963-0.11371.0142-0.7724-0.9287-0.00561.3562-0.123-0.47190.05740.3611-0.0688-0.21370.4835-0.01860.6588-42.06349.5941-38.2202
25.94451.47575.95294.56070.96716.47750.06961.23730.1597-0.59360.0666-0.6914-0.48370.9186-0.14290.5123-0.02770.11410.32020.01380.2634-18.623511.6826-39.8682
36.6688-1.91713.49334.92211.3946.92810.12060.0259-0.2853-0.28150.2353-0.3897-0.05290.1081-0.26280.2474-0.03580.02860.1312-0.02120.3079-17.91615.4726-29.7538
45.08190.416-4.1821.2642-0.01857.9578-0.2125-0.311-0.18950.3204-0.0589-0.1769-0.0699-0.01850.25810.4159-0.0049-0.05940.3006-0.06310.3648-18.18475.5049-18.9704
55.3809-0.90272.69573.3327-1.54793.838-0.0452-0.47970.24110.20370.2095-0.2267-0.3856-0.0241-0.17960.3634-0.0366-0.03040.1869-0.03970.2938-20.241617.4566-24.1853
67.74911.5081-2.21893.9054-1.01157.07330.251-0.0187-0.19730.4152-0.12850.4619-0.3969-0.7328-0.09770.36630.0307-0.07410.24020.03860.352-37.023610.7489-30.8442
76.14985.4674-6.3038.7525-5.30466.54570.3563-0.50650.89090.43520.68081.6414-1.8396-0.9347-0.9940.54050.12520.07710.59980.10310.4967-44.993314.1512-31.786
81.41051.53342.28975.40112.53363.68920.10241.04620.0148-0.61760.8029-1.9566-0.33721.3552-0.56680.359-0.04270.28410.4914-0.12810.6684-9.3465-8.5782-39.4777
98.179-2.06-6.60672.44040.3846.3883-0.19650.7205-0.7492-0.8499-0.05550.78310.2716-0.66280.35490.5674-0.0141-0.15090.2699-0.07960.3354-33.1659-11.0984-39.6213
108.19570.34714.91156.7902-0.49019.9459-0.0030.50930.5605-0.049-0.01631.1444-0.0621-0.15210.04620.2854-0.0597-0.01690.25210.06290.4998-39.1301-5.8068-26.9505
113.49160.62590.54781.34351.26995.065-0.0063-0.321-0.21930.14340.08550.3659-0.13240.0476-0.06260.35150.06130.01190.16390.02040.4093-30.7012-5.194-22.2173
126.2814-0.4469-1.98482.19651.04894.44840.1428-0.5561-0.50240.3587-0.09990.50510.41580.136-0.03510.4293-0.0631-0.00170.20570.01030.3939-30.5631-17.114-24.329
139.44591.82920.60367.68420.44458.71710.317-0.4818-0.23110.3376-0.3003-0.79580.80060.3436-0.02570.26230.02230.0130.3102-0.09690.3252-13.9689-11.0437-30.6324
144.72912.46671.60031.31711.23755.92320.29640.6328-0.0027-0.27430.3211-2.12440.60871.1896-0.35570.35790.01230.07980.473-0.23680.8634-8.6635-11.42-34.8086
156.4243-2.6713-1.08426.13520.51084.25640.0046-1.1401-0.39170.36070.0352-0.1692-0.01140.1731-0.04660.2342-0.080.00550.53660.08350.398-31.8632-6.703916.1031
160.89291.2532-1.33185.2671.49895.9535-0.117-0.2183-0.3247-0.354-0.042-0.0519-0.10780.00350.05890.19520.0619-0.00820.35180.04090.3863-27.1889-7.91913.146
173.2659-0.1742-1.25393.48131.342.842-0.0416-0.025-0.40280.0634-0.22330.67470.0865-0.530.25030.23980.0289-0.02320.42330.02140.4689-39.1859-5.31318.1637
185.593-2.91891.44098.3155-2.1183.3026-0.4161-1.22690.22141.37130.0999-0.4911-0.31530.10070.20090.3805-0.0109-0.08050.6517-0.0140.3446-14.46093.710819.9713
198.1881-2.4906-1.42337.95092.20694.78430.3661-0.44840.2863-0.2843-0.12670.1658-0.3512-0.3273-0.21460.2669-0.027-0.02840.34150.02120.3405-24.52259.35858.6811
206.6191-4.6865-4.85783.51724.34858.8806-0.10330.18070.33990.19920.2102-0.3432-0.11240.1728-0.06970.3665-0.0288-0.05120.30190.00430.32-20.76938.8067-4.9913
216.1686-1.43921.93883.7429-1.26935.5224-0.072-0.13470.9446-0.1149-0.0147-0.7894-0.6320.74790.12480.31-0.0727-0.02330.3722-0.04370.4934-12.571313.10264.821
223.2071-0.23360.9993.70571.55243.062-0.4374-0.2426-0.29230.14060.5164-0.5355-0.04780.2797-0.06110.28070.0914-0.08650.49010.12180.6183-8.2437-5.997712.481
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 17 through 29 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 48 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 49 through 78 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 79 through 116 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 117 through 169 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 170 through 192 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 193 through 201 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 17 through 29 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 30 through 48 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 49 through 64 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 65 through 116 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 117 through 169 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 170 through 189 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 190 through 201 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 17 through 68 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 69 through 116 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 117 through 202 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 18 through 48 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 49 through 92 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 93 through 116 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 117 through 167 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 168 through 202 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る