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Yorodumi- PDB-4rhu: Crystal structures of Mycobacterium tuberculosis 6-oxopurine phos... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4rhu | ||||||
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Title | Crystal structures of Mycobacterium tuberculosis 6-oxopurine phosphoribosyltransferase which is a potential target for drug development against this disease | ||||||
Components | Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase Hpt | ||||||
Keywords | transferase/transferase inhibitor / 6-oxopurine phosphoribosyltransferase / purine salvage pathway / hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase / acyclic nucleoside phosphonate inhibitor / transferase-transferase inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information IMP biosynthetic process / purine-containing compound salvage / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / GMP biosynthetic process ...IMP biosynthetic process / purine-containing compound salvage / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / GMP biosynthetic process / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / magnesium ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.573 Å | ||||||
Authors | Eng, W.S. / Hockova, D. / Spacek, P. / West, N.P. / Woods, K. / Naesens, L.M.J. / Keough, D.T. / Guddat, L.W. | ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2015 Title: First Crystal Structures of Mycobacterium tuberculosis 6-Oxopurine Phosphoribosyltransferase: Complexes with GMP and Pyrophosphate and with Acyclic Nucleoside Phosphonates Whose Prodrugs Have ...Title: First Crystal Structures of Mycobacterium tuberculosis 6-Oxopurine Phosphoribosyltransferase: Complexes with GMP and Pyrophosphate and with Acyclic Nucleoside Phosphonates Whose Prodrugs Have Antituberculosis Activity. Authors: Eng, W.S. / Hockova, D. / Spacek, P. / Janeba, Z. / West, N.P. / Woods, K. / Naesens, L.M. / Keough, D.T. / Guddat, L.W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4rhu.cif.gz | 432.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4rhu.ent.gz | 358.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4rhu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4rhu_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4rhu_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | |
Data in XML | 4rhu_validation.xml.gz | 41.7 KB | Display | |
Data in CIF | 4rhu_validation.cif.gz | 52.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/4rhu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/4rhu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4rhtC 4rhxSC 4rhyC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22140.918 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (bacteria) / Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: P425_03767, RVBD_3624c / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: I6YCM5, UniProt: P9WHQ9*PLUS #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-45T / {[( #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.27 Å3/Da / Density % sol: 62.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 0.1 M potassium sodium tartrate, 0.1 M imidazole pH 8.0, 0.7 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.95369 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Feb 25, 2014 |
Radiation | Monochromator: None / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95369 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.57→47.35 Å / Num. all: 53699 / Num. obs: 53590 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
Reflection shell | Resolution: 2.57→2.65 Å / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.772 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.421 / % possible all: 98.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4RHX Resolution: 2.573→47.346 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.38 / Phase error: 31.71 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.573→47.346 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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