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Yorodumi- PDB-4res: Crystal structure of the Na,K-ATPase E2P-bufalin complex with bou... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4res | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of the Na,K-ATPase E2P-bufalin complex with bound potassium | ||||||||||||
Components |
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Keywords | MEMBRANE PROTEIN / HYDROLASE/INHIBITOR / alpha-helical transmembrane protein / ATPase / sodium ion transport / potassium ion transport / ATP binding / sodium binding / potassium binding / receptor for cardiotonic steroids / phosphorylation / glycosylation / plasma membrane / multisubunit complex / trimeric complex / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information Basigin interactions / Ion homeostasis / positive regulation of P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / Na+/K+-exchanging ATPase / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / Ion transport by P-type ATPases / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / membrane repolarization / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium ion binding ...Basigin interactions / Ion homeostasis / positive regulation of P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / Na+/K+-exchanging ATPase / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / Ion transport by P-type ATPases / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / membrane repolarization / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium ion binding / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / sodium ion export across plasma membrane / intracellular potassium ion homeostasis / intracellular sodium ion homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion binding / ATPase activator activity / sodium channel regulator activity / regulation of sodium ion transport / proton transmembrane transport / sarcolemma / transmembrane transport / melanosome / protein-macromolecule adaptor activity / ATPase binding / basolateral plasma membrane / cell adhesion / apical plasma membrane / axon / innate immune response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Sus scrofa (pig) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.408 Å | ||||||||||||
Authors | Laursen, M. / Yatime, L. / Gregersen, J.L. / Nissen, P. / Fedosova, N.U. | ||||||||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2015 Title: Structures and characterization of digoxin- and bufalin-bound Na+,K+-ATPase compared with the ouabain-bound complex. Authors: Laursen, M. / Gregersen, J.L. / Yatime, L. / Nissen, P. / Fedosova, N.U. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4res.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4res.ent.gz | 896.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4res.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4res_validation.pdf.gz | 2.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4res_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | |
Data in XML | 4res_validation.xml.gz | 97.7 KB | Display | |
Data in CIF | 4res_validation.cif.gz | 128.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/4res ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/4res | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4retC 4hytS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
-Sodium/potassium-transporting ATPase subunit ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 112877.562 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Sus scrofa (pig) / References: UniProt: P05024, EC: 3.6.3.9 #2: Protein | Mass: 35204.402 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Sus scrofa (pig) / References: UniProt: P05027 |
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-Protein , 1 types, 2 molecules GE
#3: Protein | Mass: 7094.115 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Sus scrofa (pig) / References: UniProt: Q58K79 |
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-Sugars , 3 types, 4 molecules
#4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||
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#5: Polysaccharide | #10: Sugar | ChemComp-NAG / | |
-Non-polymers , 5 types, 13 molecules
#6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-K / #9: Chemical | #11: Chemical | ChemComp-17F / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.81 Å3/Da / Density % sol: 67.69 % Description: Rmeas = 0.133 (0.866 for highest resolution shell), CC-1/2 = 99.9 (75.0 for highest resolution shell) |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.2 Details: 17% PEG2000 MME, 10% glycerol, 220 mM magnesium chloride, 100 mM potassium chloride, 100 mM MES-KOH, pH 6.2, 5% MPD, 6% Jeffamine M-600, 0.02% beta-DDM, 2 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 12, 2009 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.408→55 Å / Num. all: 63228 / Num. obs: 31754 / % possible obs: 50.2 % / Observed criterion σ(F): 2.24 / Observed criterion σ(I): 2.24 / Redundancy: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 80.97 Å2 / Net I/σ(I): 10.4 |
Reflection shell | Resolution: 3.408→3.5 Å / Redundancy: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / % possible all: 1.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4HYT Resolution: 3.408→49.903 Å / SU ML: 0.57 / σ(F): 2 / Phase error: 34.36 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.408→49.903 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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