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万見
- PDB-4req: Methylmalonyl-COA Mutase substrate complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4req
タイトルMethylmalonyl-COA Mutase substrate complex
要素(METHYLMALONYL-COA ...) x 2
キーワードISOMERASE / MUTASE / INTRAMOLECULAR TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


lactate fermentation to propionate and acetate / propionate metabolic process, methylmalonyl pathway / methylmalonyl-CoA mutase / methylmalonyl-CoA mutase activity / cobalamin binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methylmalonyl-CoA mutase small subunit, N-terminal / Methylmalonyl-CoA mutase, beta chain / Methylmalonyl-CoA mutase signature. / Methylmalonyl-CoA mutase / Methylmalonyl-CoA mutase, alpha chain, catalytic / Methylmalonyl-CoA mutase, alpha/beta chain, catalytic / Methylmalonyl-CoA mutase / Methylmalonyl-CoA mutase, C-terminal / Cobalamin-binding domain / Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzyme, catalytic ...Methylmalonyl-CoA mutase small subunit, N-terminal / Methylmalonyl-CoA mutase, beta chain / Methylmalonyl-CoA mutase signature. / Methylmalonyl-CoA mutase / Methylmalonyl-CoA mutase, alpha chain, catalytic / Methylmalonyl-CoA mutase, alpha/beta chain, catalytic / Methylmalonyl-CoA mutase / Methylmalonyl-CoA mutase, C-terminal / Cobalamin-binding domain / Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzyme, catalytic / B12 binding domain / Cobalamin-binding domain superfamily / B12-binding domain profile. / Cobalamin (vitamin B12)-binding domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXYADENOSINE / COBALAMIN / METHYLMALONYL-COENZYME A / SUCCINYL-COENZYME A / Methylmalonyl-CoA mutase small subunit / Methylmalonyl-CoA mutase large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Evans, P.R. / Mancia, F.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Conformational changes on substrate binding to methylmalonyl CoA mutase and new insights into the free radical mechanism.
著者: Mancia, F. / Evans, P.R.
#1: ジャーナル: Vitamin B12 and B12-Proteins : Lectures Presented at the 4Th European Symposium on Vitamin B12 and B12-Proteins
年: 1998
タイトル: Insights on the Reaction Mechanism of Methylmalonyl-Coa Mutase from the Crystal Structure
著者: Evans, P.R. / Mancia, F.
履歴
登録1998年6月17日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32012年10月24日Group: Non-polymer description
改定 1.42023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METHYLMALONYL-COA MUTASE
B: METHYLMALONYL-COA MUTASE
C: METHYLMALONYL-COA MUTASE
D: METHYLMALONYL-COA MUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)306,13816
ポリマ－299,1364
非ポリマー7,00212
水23,1671286
1
A: METHYLMALONYL-COA MUTASE
B: METHYLMALONYL-COA MUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,0698
ポリマ－149,5682
非ポリマー3,5016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14270 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area45480 Å2
手法PISA
2
C: METHYLMALONYL-COA MUTASE
D: METHYLMALONYL-COA MUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,0698
ポリマ－149,5682
非ポリマー3,5016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14280 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area45350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.130, 160.900, 88.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.462866, -0.001054, 0.886428), (-0.000176, -0.999999, -0.001281), (0.886428, -0.000749, 0.462865)
ベクター: 17.227, 161.68442, -9.96059)
詳細THE ASYMMETRIC UNIT OF THE CRYSTAL CONTAINS TWO HETERODIMERIC MOLECULES, EACH WITH AN ALPHA CHAIN (CHAINS A AND C, CORRESPONDING TO GENE MUTB) AND A BETA CHAIN (CHAINS B AND D, CORRESPONDING TO GENE MUTA). MOLECULE 1 CONSISTS OF CHAINS A (ALPHA), B (BETA), WITH GLYCEROL CHAIN G AND WATERS X. MOLECULE 2 CONSISTS OF CHAINS C (ALPHA), D (BETA), WITH GLYCEROL CHAIN H AND WATERS Y. CHAINS A AND C INCLUDE COENZYME B12 (RESIDUE 800), A 1:1 MIXTURE OF SUBSTRATE AND PRODUCT, SUCCINYL-COA (RESIDUE 801), METHYLMALONYL-COA (RESIDUE 802), AND A HALF-OCCUPIED 5'-DEOXYADENOSINE INTERMEDIATE.

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要素

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METHYLMALONYL-COA ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 METHYLMALONYL-COA MUTASE


分子量: 80137.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: THE 2 GENES MUTA (BETA CHAIN) AND MUTB (ALPHA CHAIN) ARE COEXPRESSED FROM THE SAME PLASMID
由来: (天然) Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii (バクテリア)
プラスミド: PMEX1 / 生物種: Propionibacterium freudenreichii / 株: NCIB 9885 / 参照: UniProt: P11653, methylmalonyl-CoA mutase
#2: タンパク質 METHYLMALONYL-COA MUTASE


分子量: 69430.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: THE 2 GENES MUTA (BETA CHAIN) AND MUTB (ALPHA CHAIN) ARE COEXPRESSED FROM THE SAME PLASMID
由来: (天然) Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii (バクテリア)
プラスミド: PMEX1 / 生物種: Propionibacterium freudenreichii / 株: NCIB 9885 / 参照: UniProt: P11652, methylmalonyl-CoA mutase

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非ポリマー , 6種, 1298分子

#3: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#4: 化合物 ChemComp-SCA / SUCCINYL-COENZYME A / スクシニルCoA


分子量: 867.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H40N7O19P3S
#5: 化合物 ChemComp-MCA / METHYLMALONYL-COENZYME A / (R)-メチルマロニルCoA


分子量: 867.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H40N7O19P3S
#6: 化合物 ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン


分子量: 251.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O3
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細THE COBALAMIN HAS BEEN MODELLED AS THE 5-COORDINATES REDUCED COB(II)ALAMIN (B12R), SINCE THERE IS ...THE COBALAMIN HAS BEEN MODELLED AS THE 5-COORDINATES REDUCED COB(II)ALAMIN (B12R), SINCE THERE IS NO ELECTRON DENSITY FOR AN ADENOSYL GROUP LINKED TO THE COBALT ATOM. HOWEVER, A HALF-OCCUPIED 5'-DEOXYADENOSINE HAS BEEN BUILT INTO ELECTRON DENSITY IN THE ACTIVE SITE (RESIDUES A803 AND AND C803). RESIDUES A801 AND A802 (AND C801, C802) REPRESENT AN EQUIMOLAR MIXTURE OF SUBSTRATE AND PRODUCT, SUCCINYL- AND METHYLMALONYL-COENZYME A.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.24
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1995年9月1日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 164181 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3.5 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.379 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1REQ

1req


解像度: 2.2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 7570 5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.232 164053 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20586 0 462 1286 22334
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0430.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0490.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.23
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.25
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.34
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.56
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0040.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1470.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1290.15
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1780.15
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1250.15
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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