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- PDB-4re8: Crystal Structure of TR3 LBD in complex with Molecule 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4re8
タイトルCrystal Structure of TR3 LBD in complex with Molecule 5
要素Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
キーワードTRANSCRIPTION / LBD
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotransmitter secretion involved in regulation of skeletal muscle contraction / regulation of type B pancreatic cell proliferation / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / AKT phosphorylates targets in the nucleus / endothelial cell chemotaxis / nuclear glucocorticoid receptor binding / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cell migration involved in sprouting angiogenesis ...neurotransmitter secretion involved in regulation of skeletal muscle contraction / regulation of type B pancreatic cell proliferation / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / AKT phosphorylates targets in the nucleus / endothelial cell chemotaxis / nuclear glucocorticoid receptor binding / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cell migration involved in sprouting angiogenesis / fat cell differentiation / skeletal muscle cell differentiation / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / negative regulation of cell cycle / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / response to electrical stimulus / positive regulation of endothelial cell proliferation / response to amphetamine / lipopolysaccharide binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / presynapse / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / nuclear membrane / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / apoptotic process / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Orphan nuclear receptor, HMR type / Orphan nuclear receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Orphan nuclear receptor, HMR type / Orphan nuclear receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1-(3,4,5-trihydroxyphenyl)dodecan-1-one / Nuclear receptor subfamily 4immunitygroup A member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Li, F.W. / Cai, Q.X. / Li, A.Z. / Tian, X.Y. / Weijia, W. / Yuan, W. / Hou, P.P. / Wu, Q. / Lin, T.W.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Induction of Autophagic Death in Cancer Cells by Agonizing TR3 and Attenuating Akt2 Activity
著者: Wang, W.J. / Wang, Y. / Hou, P.P. / Li, F.W. / Zhou, B. / Chen, H.Z. / Bian, X.L. / Cai, Q.X. / Xing, Y.Z. / He, J.P. / Zhang, H. / Huang, P.Q. / Lin, T. / Wu, Q.
履歴
登録2014年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
A: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9057
ポリマ－57,2282
非ポリマー6775
水2,846158
1
B: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7062
ポリマ－28,6141
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1995
ポリマ－28,6141
非ポリマー5854
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area21830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.635, 76.524, 128.627
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 31 - 267 / Label seq-ID: 12 - 248

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BA
2AB

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1 / Early response protein NAK1 / Nuclear hormone receptor NUR/77 / Nur77 / Orphan nuclear receptor HMR ...Early response protein NAK1 / Nuclear hormone receptor NUR/77 / Nur77 / Orphan nuclear receptor HMR / Orphan nuclear receptor TR3 / ST-59 / Testicular receptor 3


分子量: 28614.113 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 351-598 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GFRP1, HMR, NAK1, NR4A1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22736
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-3MJ / 1-(3,4,5-trihydroxyphenyl)dodecan-1-one


分子量: 308.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H28O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.2
詳細: PEG4000, Sodium citrate, Glycerol, pH 4.2, vapor diffusion, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 1747 / Num. obs: 27893 / % possible obs: 70.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.15-2.192.50.515166.1
2.19-2.232.50.467167
2.23-2.272.60.396167
2.27-2.322.70.335167.6
2.32-2.372.70.298167.4
2.37-2.422.80.26166.3
2.42-2.482.80.225166.7
2.48-2.552.90.201167.6
2.55-2.622.80.155167
2.62-2.712.90.136167
2.71-2.812.90.114167.5
2.81-2.922.90.1168.2
2.92-3.052.90.083169.1
3.05-3.212.90.07168.8
3.21-3.412.80.057170.7
3.41-3.682.70.044175.2
3.68-4.052.60.041178
4.05-4.632.60.034176.5
4.63-5.832.70.034180.3
5.83-502.70.036176.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.16→33.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 5.318 / SU ML: 0.138 / SU R Cruickshank DPI: 0.3017 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26862 1282 4.6 %RANDOM
Rwork0.20826 ---
obs0.21098 26577 69.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.336 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.62 Å20 Å20 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3----1.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→33.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3607 0 46 158 3811
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0193712
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.023691
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5932.0075020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.27938497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1855455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.88123.203153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.02215648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0611528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2582
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214062
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02812
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8774.4231835
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8734.4221834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.2056.592285
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4644.8011877
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 12765 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.19 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1B
2A
LS精密化 シェル解像度: 2.163→2.219 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 62 -
Rwork0.278 1687 -
obs--59.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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