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万見
- PDB-4r06: Crystal Structure of SR2067 bound to PPARgamma -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r06
タイトルCrystal Structure of SR2067 bound to PPARgamma
要素Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードTRANSCRIPTION / nuclear receptor / ligand binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding ...prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / DNA binding domain binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / lipoprotein transport / positive regulation of fatty acid metabolic process / WW domain binding / STAT family protein binding / response to lipid / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / LBD domain binding / negative regulation of cholesterol storage / negative regulation of SMAD protein signal transduction / lipid homeostasis / E-box binding / alpha-actinin binding / R-SMAD binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / monocyte differentiation / white fat cell differentiation / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of BMP signaling pathway / cell fate commitment / negative regulation of mitochondrial fission / negative regulation of osteoblast differentiation / long-chain fatty acid transport / BMP signaling pathway / positive regulation of fat cell differentiation / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / cell maturation / negative regulation of MAPK cascade / intracellular receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / epithelial cell differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / response to nutrient / peptide binding / negative regulation of miRNA transcription / negative regulation of angiogenesis / placenta development / Regulation of PTEN gene transcription / transcription coregulator binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / mRNA transcription by RNA polymerase II / PPARA activates gene expression / fatty acid metabolic process / regulation of circadian rhythm / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of miRNA transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / lipid metabolic process / negative regulation of inflammatory response / regulation of blood pressure / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / cellular response to insulin stimulus / rhythmic process / glucose homeostasis / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / double-stranded DNA binding / cellular response to hypoxia / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / innate immune response / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type ...Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3E7 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Marrewijk, L. / Kamenecka, T. / Griffin, P.R. / Bruning, J.B.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: SR2067 Reveals a Unique Kinetic and Structural Signature for PPAR gamma Partial Agonism.
著者: van Marrewijk, L.M. / Polyak, S.W. / Hijnen, M. / Kuruvilla, D. / Chang, M.R. / Shin, Y. / Kamenecka, T.M. / Griffin, P.R. / Bruning, J.B.
履歴
登録2014年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9814
ポリマ－62,4162
非ポリマー5652
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.790, 62.600, 118.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.930, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 31208.236 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 233-505 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1C3, PPARG, PPARG_HUMAN / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37231
#2: 化合物 ChemComp-3E7 / 1-(naphthalen-1-ylsulfonyl)-N-[(1S)-1-phenylpropyl]-1H-indole-5-carboxamide


分子量: 468.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H24N2O3S
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.43 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein ligand complex at 10mg/mL in 20mM Tris 8.0, 10mM NaCl, 1mM TCEP mixed with equal volume of well solution of 2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal, asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.6 % / 数: 108199 / Rmerge(I) obs: 0.075 / D res high: 2.22 Å / D res low: 39.98 Å / Num. obs: 30423 / % possible obs: 92.3 / Rejects: 16
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsRedundancy
2.222.2911.0853.6
8.8839.9810.0243.8
反射解像度: 2.22→39.98 Å / Num. obs: 30423 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 46.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 9.9 / Scaling rejects: 16
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.011 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
2.22-2.293.61.310134285495.5
8.88-39.983.877.2170345481

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.22 Å39.98 Å
Translation2.22 Å39.98 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.2.8データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Q6R

2q6r


解像度: 2.22→39.98 Å / FOM work R set: 0.7788 / SU ML: 0.31 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 29.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1534 5.05 %random
Rwork0.186 ---
all0.1888 ---
obs0.1888 30388 91.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 441.7 Å2 / Biso mean: 67.15 Å2 / Biso min: 26.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→39.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4015 0 39 178 4232
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084206
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1275694
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077662
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005718
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0161605
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.22-2.29170.33351310.29432665279695
2.2917-2.37360.37591410.28862712285395
2.3736-2.46860.32051570.2692646280394
2.4686-2.58090.32891310.25352476260786
2.5809-2.7170.32971500.23652684283495
2.717-2.88710.28511290.21132712284195
2.8871-3.110.31621270.20782579270689
3.11-3.42280.26521300.18162587271792
3.4228-3.91770.20081270.15242706283393
3.9177-4.93450.19541410.1412570271190
4.9345-39.980.19761700.17562517268786
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1514-0.10120.11770.21030.230.3935-0.14560.0124-0.0328-0.06790.26120.2261-0.2194-0.3896-0.0070.32150.05230.0370.47090.08070.3995-0.124416.28415.0081
22.5741-0.9144-0.12791.50980.05780.00730.2660.814-0.4851-0.0353-0.14390.2636-0.68640.29070.14140.5642-0.22620.02460.5789-0.03190.126114.889832.0212-3.3064
30.20840.4599-0.10270.6296-0.1350.7465-0.24250.0578-0.18130.0430.1125-0.0411-0.2950.3064-0.00220.38070.0438-0.05960.55210.03850.31814.819627.433816.6983
40.02540.00030.02040.0534-0.04460.0453-0.3314-0.1515-0.3645-0.16270.102-0.31090.34431.1997-0.00070.36470.1188-0.00040.6884-0.04510.514520.878416.254410.8104
51.16420.90360.55441.36150.17580.7352-0.4175-0.2466-0.560.17520.5504-0.28560.32960.19470.06420.33260.30840.01060.30870.1840.40356.91710.792124.2822
60.21430.07120.08140.48190.12130.092-0.11930.2473-0.15280.34620.4938-0.44060.13230.78870.09550.52390.3147-0.12110.5447-0.00910.601822.852619.174121.457
70.0704-0.03830.00650.11440.0131-0.01790.4367-0.5750.7280.8232-0.3036-0.0547-0.07730.17440.0010.73210.0197-0.02030.6707-0.01270.555520.920736.922524.7699
80.30260.0227-0.01820.0971-0.17540.19160.0164-0.2327-0.46470.0506-0.0031-0.21570.2579-0.2546-0.00030.55030.06140.02220.37830.03560.482123.0605-12.421133.4221
90.17320.2199-0.08680.1852-0.00510.0581-0.0794-0.5366-0.209-0.0725-0.0901-0.112-0.06130.3995-0.13580.6951-0.00150.07051.08090.05370.467942.57990.175852.0387
100.0957-0.1147-0.02580.11530.00460.08110.301-0.2522-0.36080.3567-0.28590.03140.3940.0520.00010.40630.11270.03090.49980.0730.395639.6859-1.946334.3449
110.41360.2212-0.05290.2223-0.0147-0.00640.08660.1571-0.08210.0202-0.0313-0.11160.0017-0.22590.00020.40920.14110.02910.298-0.00580.390532.0523-2.685222.919
120.0574-0.03430.08090.0423-0.02470.08410.42-0.8506-0.13410.2985-0.44640.1328-0.0610.0437-0.00010.76440.12870.01920.6802-0.0210.520332.57772.348148.2369
130.0320.001-0.01370.02490.04230.0484-0.062-0.07480.0153-0.15530.3103-0.1772-0.50850.1508-0.00051.1167-0.23750.08440.701-0.07180.590339.043215.266143.6867
140.01820.0276-0.01050.01980.00880.02490.2128-0.22850.0898-0.1439-0.25350.1922-0.8431-0.233700.63140.0730.09960.5079-0.00590.520524.32157.599339.8969
150.7109-0.26750.31940.443-0.42480.31240.250.1672-0.1226-0.1091-0.04330.2369-0.286-0.3252-0.00010.34250.1246-0.01190.33660.01920.416819.3246-4.08524.0474
160.00830.00440.06270.0277-0.19610.28410.2791-0.11480.2246-0.04420.05790.1656-0.95580.06840.01110.42380.02070.04210.36650.00970.52927.85619.601629.7703
170.0178-0.01350.0020.00570.00270.0325-0.16640.0963-0.2239-0.2477-0.5372-0.0240.24380.3854-0.00120.87160.12610.04180.5812-0.10360.849651.02045.821831.3848
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 206 through 237 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 238 through 276 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 277 through 364 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 365 through 377 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 378 through 430 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 431 through 459 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 460 through 475 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 207 through 238 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 239 through 277 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 278 through 302 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 303 through 333 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 334 through 353 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 354 through 364 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 365 through 377 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 378 through 430 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 431 through 458 )B0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 459 through 475 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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