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- PDB-4qta: Structure of human ERK2 in complex with SCH772984 revealing a nov... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qta
タイトルStructure of human ERK2 in complex with SCH772984 revealing a novel inhibitor-induced binding pocket
要素Mitogen-activated protein kinase 1
キーワードTransferase/transferase inhibitor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / TRANSFERASE / kinase / MAPK / signalling / inhibitor / allosteric / Structural Genomics Consortium (SGC) / Transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Signaling by Activin / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / ERKs are inactivated / cytosine metabolic process ...phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Signaling by Activin / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / ERKs are inactivated / cytosine metabolic process / response to epidermal growth factor / Signaling by MAP2K mutants / Signaling by NODAL / RSK activation / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / positive regulation of macrophage proliferation / Regulation of the apoptosome activity / outer ear morphogenesis / regulation of cellular pH / regulation of Golgi inheritance / ERBB signaling pathway / labyrinthine layer blood vessel development / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / IFNG signaling activates MAPKs / Frs2-mediated activation / positive regulation of macrophage chemotaxis / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / lung morphogenesis / response to exogenous dsRNA / regulation of cytoskeleton organization / face development / Activation of the AP-1 family of transcription factors / ERK/MAPK targets / progesterone receptor signaling pathway / androgen receptor signaling pathway / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / pseudopodium / Recycling pathway of L1 / MAPK1 (ERK2) activation / Bergmann glial cell differentiation / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of telomere capping / thyroid gland development / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / steroid hormone receptor signaling pathway / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / MAP kinase activity / regulation of ossification / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / phosphatase binding / mitogen-activated protein kinase / Signal attenuation / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Schwann cell development / Growth hormone receptor signaling / stress-activated MAPK cascade / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / : / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / cellular response to cadmium ion / NPAS4 regulates expression of target genes / ERK1 and ERK2 cascade / myelination / cellular response to amino acid starvation / NCAM signaling for neurite out-growth / phosphotyrosine residue binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / ESR-mediated signaling / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thymus development / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / Regulation of PTEN gene transcription / Signal transduction by L1 / caveola / Negative regulation of FGFR3 signaling / long-term synaptic potentiation / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / FCERI mediated MAPK activation / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / FCGR3A-mediated phagocytosis / Negative regulation of FGFR1 signaling / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / peptidyl-threonine phosphorylation / B cell receptor signaling pathway / Spry regulation of FGF signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / response to nicotine / MAP2K and MAPK activation / regulation of protein stability / Oncogene Induced Senescence / mitotic spindle / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-38Z / Mitogen-activated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Savitsky, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: A unique inhibitor binding site in ERK1/2 is associated with slow binding kinetics.
著者: Chaikuad, A. / M C Tacconi, E. / Zimmer, J. / Liang, Y. / Gray, N.S. / Tarsounas, M. / Knapp, S.
履歴
登録2014年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,80812
ポリマ－41,5321
非ポリマー1,27611
水7,368409
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.820, 75.540, 103.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 1 / MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform ...MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAP kinase 2 / MAPK 2


分子量: 41531.730 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERK2, MAPK1, PRKM1, PRKM2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-R3-pRARE2 / 参照: UniProt: P28482, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-38Z / (3R)-1-(2-oxo-2-{4-[4-(pyrimidin-2-yl)phenyl]piperazin-1-yl}ethyl)-N-[3-(pyridin-4-yl)-2H-indazol-5-yl]pyrrolidine-3-carboxamide / SCH-772984


分子量: 587.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H33N9O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.02 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG4000 and 0.2 M ammonium sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月2日 / 詳細: Kirkpatrick Baez bimorph mirror pair
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→33 Å / Num. all: 60441 / Num. obs: 60366 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 11.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 8701 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1ERK

1erk
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.45→61.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.381 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19147 3046 5 %RANDOM
Rwork0.15839 ---
obs0.16008 57320 99.93 %-
all-60366 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.194 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.69 Å2-0 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3---0.6 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.163 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→61.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2715 0 86 409 3210
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192971
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022885
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6981.9754031
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85336649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3185363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.04424.113141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.9315525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0691519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213482
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02689
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9940.9531368
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9930.9521367
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5921.4231715
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5921.4231715
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.81.2121603
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.81.2121603
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7451.7212302
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.88710.1293786
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.88910.1253784
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 214 -
Rwork0.255 4169 -
obs--99.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0451-0.5799-0.19061.67650.62041.5445-0.001-0.04230.02510.11270.0120.0512-0.102-0.1351-0.0110.04440.01080.00760.02690.0150.021931.80457.51544.425
20.6845-0.23350.94650.6126-0.8951.9849-0.04-0.04420.01660.05930.07680.0327-0.0745-0.1399-0.03680.02650.00570.00580.02340.01050.033230.50561.15228.604
34.3421-3.1225-3.44458.7384.45118.4501-0.237-0.0036-0.84180.12460.05190.01951.2956-0.04380.18510.2743-0.02590.00830.07250.00450.414623.31247.20914.298
42.14690.12210.02450.9886-0.18180.9201-0.00620.2285-0.3169-0.10740.01790.05160.1595-0.0692-0.01170.0566-0.0177-0.01090.0619-0.01260.080420.27656.98310.777
52.43891.34090.15848.54871.78552.61270.0060.1652-0.0141-0.35990.0454-0.3171-0.12160.1447-0.05130.02540.00760.01820.03930.00790.033246.23349.24135.541
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 66
2X-RAY DIFFRACTION2A67 - 190
3X-RAY DIFFRACTION3A191 - 205
4X-RAY DIFFRACTION4A206 - 334
5X-RAY DIFFRACTION5A335 - 358

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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