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- PDB-4qkx: Structure of beta2 adrenoceptor bound to a covalent agonist and a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qkx
タイトルStructure of beta2 adrenoceptor bound to a covalent agonist and an engineered nanobody
要素
  • Beta-2 adrenergic receptor
  • R9 protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / 7-transmembrane helices / Signal transduction / G proteins / Membrane / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / beta2-adrenergic receptor activity / negative regulation of smooth muscle contraction / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of autophagosome maturation / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / heat generation / norepinephrine binding / Adrenoceptors / positive regulation of lipophagy ...positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / beta2-adrenergic receptor activity / negative regulation of smooth muscle contraction / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of autophagosome maturation / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / heat generation / norepinephrine binding / Adrenoceptors / positive regulation of lipophagy / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of multicellular organism growth / endosome to lysosome transport / adrenergic receptor signaling pathway / response to psychosocial stress / diet induced thermogenesis / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / adenylate cyclase binding / smooth muscle contraction / bone resorption / positive regulation of bone mineralization / potassium channel regulator activity / neuronal dense core vesicle / brown fat cell differentiation / viral release from host cell by cytolysis / intercellular bridge / regulation of sodium ion transport / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / peptidoglycan catabolic process / receptor-mediated endocytosis / response to cold / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to amyloid-beta / cell wall macromolecule catabolic process / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / mitotic spindle / lysozyme / lysozyme activity / Clathrin-mediated endocytosis / amyloid-beta binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / microtubule cytoskeleton / G alpha (s) signalling events / transcription by RNA polymerase II / host cell cytoplasm / early endosome / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / lysosome / receptor complex / Ub-specific processing proteases / endosome / positive regulation of MAPK cascade / defense response to bacterium / ciliary basal body / cilium / apical plasma membrane / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme ...Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-35V / Endolysin / Endolysin / Beta-2 adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Weichert, D. / Kruse, A.C. / Manglik, A. / Hiller, C. / Zhang, C. / Huebner, H. / Kobilka, B.K. / Gmeiner, P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Covalent agonists for studying G protein-coupled receptor activation.
著者: Weichert, D. / Kruse, A.C. / Manglik, A. / Hiller, C. / Zhang, C. / Hubner, H. / Kobilka, B.K. / Gmeiner, P.
履歴
登録2014年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月20日Group: Database references
改定 1.22017年6月28日Group: Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-2 adrenergic receptor
B: R9 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8115
ポリマ－66,3852
非ポリマー4253
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area27790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.558, 67.211, 301.269
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-2 adrenergic receptor / Beta-2 adrenoreceptor / Beta-2 adrenoceptor


分子量: 53436.035 Da / 分子数: 1
変異: C919T, C962A, H1093C, M1096T, M1098T, N1187E, C1265A
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: e, T4Tp126, ADRB2, ADRB2R, B2AR / プラスミド: PVL1392
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9
参照: UniProt: D9IEF7, UniProt: P07550, UniProt: P00720*PLUS, lysozyme
#2: 抗体 R9 protein


分子量: 12949.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 遺伝子: r9 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-35V / 4-[(1R)-1-hydroxy-2-({2-[3-methoxy-4-(2-sulfanylethoxy)phenyl]ethyl}amino)ethyl]benzene-1,2-diol


分子量: 379.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H25NO5S
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.8
詳細: 24-27 % PEG400, 100 mM Tris pH 7.8 to pH 8.4, 5-10 mM Sodium formate, lipidic cubic phase, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 78 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月9日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→33.3 Å / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 67.29 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_1241精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.3→33.26 Å / FOM work R set: 0.7753 / SU ML: 0.52 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2795 2298 10.03 %
Rwork0.2356 20610 -
obs0.2401 22908 78.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 198.6 Å2 / Biso mean: 101.1 Å2 / Biso min: 57.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→33.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4434 0 28 0 4462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054579
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6346220
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042719
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003777
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.2541563
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.3-3.37170.4041120.34451049116165
3.3717-3.45010.40211310.3231121125269
3.4501-3.53630.36041420.321226136873
3.5363-3.63180.35961240.30271209133374
3.6318-3.73850.35931440.29991202134674
3.7385-3.8590.32531390.2781227136674
3.859-3.99670.28181300.25511225135575
3.9967-4.15640.26961600.23891379153983
4.1564-4.34520.24341530.22321276142981
4.3452-4.57370.27041600.21051370153083
4.5737-4.85950.23671430.20891366150984
4.8595-5.23340.24821520.20641383153583
5.2334-5.75760.27061440.22341362150684
5.7576-6.58510.27961490.23691391154084
6.5851-8.27530.25481540.20171428158286
8.2753-33.26160.23491610.18571396155786
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.99363.5925-0.55863.3508-0.78921.7250.14720.3235-0.37930.12550.0374-0.47450.02790.0863-0.16980.80960.022-0.05990.40960.04470.938416.2789-4.4824-76.8296
21.80310.0588-0.06061.53361.04295.97890.0622-0.26150.0796-0.04410.00840.0116-0.11840.3954-0.04280.7167-0.0443-0.02340.90780.04970.57734.0735-20.5815-38.8384
34.12131.7466-2.61475.0597-3.9293.49180.5618-0.88530.41710.80730.1327-0.0167-1.19720.144-0.77451.0378-0.03820.11061.4228-0.0750.73841.2139-11.19353.961
42.7039-1.41534.51359.4235-2.87787.55740.6471-1.3592-0.47830.7407-0.12550.35270.08761.0877-0.37040.73250.0108-0.0321.2008-0.09620.69181.7449-18.9883-0.7522
53.1353-3.8962.70777.3385-1.36933.9344-0.5914-0.3112-0.28660.60720.0291-0.1180.9604-1.43780.49421.026-0.23790.11031.73010.08140.62631.5307-23.5042-0.6267
62.66421.2231-3.17816.2136-0.33934.0123-0.1421-0.8735-0.80531.4674-0.51330.391-0.1809-0.37750.71081.022-0.2037-0.00411.45370.07120.6413-8.2465-22.8324-0.5262
75.96350.6781-0.98366.36072.6792.0612-0.0681-0.78151.0379-0.92230.2150.0592-0.5796-0.604-0.29621.0395-0.008-0.06031.18880.12150.5784-7.2976-10.45950.5332
86.8276-5.12680.86535.152-0.50352.30370.0564-0.0637-0.47570.20270.56470.5523-0.7473-1.0569-0.6430.9529-0.01210.03781.05420.18810.6885-3.6585-20.57199.3977
95.7172-4.13073.86358.8667-6.90875.5001-0.2659-0.7285-0.16930.25560.7260.1783-0.56770.173-0.57780.7261-0.0773-0.08061.4471-0.11890.74324.4522-17.0315-0.7249
103.9954-3.6862-3.43623.58834.20148.60410.2308-0.18020.6409-0.06930.13440.30930.8707-0.1701-0.25710.7204-0.17270.14240.71360.02790.96013.4011-14.0206-18.3432
114.8033.1108-3.31469.6472-7.29399.2756-0.3141-0.2421-0.10250.9926-0.9925-0.9966-0.88620.44841.37130.80180.1465-0.08712.2145-0.15990.85116.7184-17.36863.8632
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 858 through 1027 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1028 through 1342 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 3 through 33 )B0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 34 through 42 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 43 through 54 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 55 through 68 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 69 through 78 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 79 through 92 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 93 through 101 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 102 through 108 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 109 through 122 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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