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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 4qew
タイトル
Crystal structure of BRD2(BD2) mutant with ligand ET bound (METHYL (2R)- 2-[(4S)-6-(4-CHLOROPHENYL)-8-METHOXY-1-METHYL-4H-[1,2,4]TRIAZOLO[4,3-A][1, 4]BENZODIAZEPIN-4-YL]BUTANOATE)
解像度: 1.7→35.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 3.527 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.20984
681
5 %
RANDOM
Rwork
0.1766
-
-
-
obs
0.17817
13008
99.88 %
-
all
-
0
-
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータ
Biso mean: 13.082 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
0.41 Å2
0 Å2
0 Å2
2-
-
-0.04 Å2
0 Å2
3-
-
-
-0.37 Å2
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 1.7→35.54 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
921
0
61
66
1048
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
Dev ideal target
数
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_refined_d
0.01
0.019
1035
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_other_d
0.002
0.02
975
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_refined_deg
1.525
2.009
1394
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_other_deg
0.837
3.007
2256
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_1_deg
4.674
5
119
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_2_deg
31.642
23.333
51
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_3_deg
12.271
15
176
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_4_deg
22.872
15
7
X-RAY DIFFRACTION
r_chiral_restr
0.076
0.2
135
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_refined
0.006
0.021
1138
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_other
0.001
0.02
246
LS精密化 シェル
解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor
反射数
%反射
Rfree
0.312
64
-
Rwork
0.243
910
-
obs
-
-
99.08 %
精密化 TLS
手法: refined / Origin x: 62.1465 Å / Origin y: 3.1396 Å / Origin z: 64.4564 Å