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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4pjt | ||||||
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タイトル | Structure of PARP1 catalytic domain bound to inhibitor BMN 673 | ||||||
要素 | Poly [ADP-ribose] polymerase 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PARP1 / Inhibitor / Complex / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NAD+-histone H2BS6 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H3S10 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H2BE35 glutamate ADP-ribosyltransferase activity / regulation of base-excision repair / positive regulation of myofibroblast differentiation / negative regulation of ATP biosynthetic process / NAD+-protein-tyrosine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-histidine ADP-ribosyltransferase activity / carbohydrate biosynthetic process / positive regulation of single strand break repair ...NAD+-histone H2BS6 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H3S10 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H2BE35 glutamate ADP-ribosyltransferase activity / regulation of base-excision repair / positive regulation of myofibroblast differentiation / negative regulation of ATP biosynthetic process / NAD+-protein-tyrosine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-histidine ADP-ribosyltransferase activity / carbohydrate biosynthetic process / positive regulation of single strand break repair / regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / vRNA Synthesis / negative regulation of adipose tissue development / NAD+-protein-serine ADP-ribosyltransferase activity / regulation of catalytic activity / NAD DNA ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / DNA ADP-ribosylation / mitochondrial DNA metabolic process / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / signal transduction involved in regulation of gene expression / positive regulation of necroptotic process / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / replication fork reversal / transcription regulator activator activity / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / R-SMAD binding / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / NAD+ ADP-ribosyltransferase / cellular response to zinc ion / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / response to aldosterone / mitochondrial DNA repair / positive regulation of mitochondrial depolarization / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / protein poly-ADP-ribosylation / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / nuclear replication fork / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / site of DNA damage / positive regulation of SMAD protein signal transduction / macrophage differentiation / protein autoprocessing / decidualization / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / nucleosome binding / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / protein localization to chromatin / negative regulation of innate immune response / nucleotidyltransferase activity / telomere maintenance / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cellular response to nerve growth factor stimulus / mitochondrion organization / nuclear estrogen receptor binding / protein-DNA complex / response to gamma radiation / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / DNA Damage Recognition in GG-NER / protein modification process / cellular response to insulin stimulus / Dual Incision in GG-NER / histone deacetylase binding / Formation of Incision Complex in GG-NER / positive regulation of protein localization to nucleus / cellular response to amyloid-beta / nuclear envelope / NAD binding / regulation of protein localization / cellular response to UV / double-strand break repair / site of double-strand break / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to oxidative stress / chromosome, telomeric region / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / damaged DNA binding / nuclear body / DNA repair / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / chromatin / nucleolus / protein kinase binding / apoptotic process / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Aoyagi-Scharber, M. / Gardberg, A.S. / Arakaki, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014 タイトル: Structural basis for the inhibition of poly(ADP-ribose) polymerases 1 and 2 by BMN 673, a potent inhibitor derived from dihydropyridophthalazinone. 著者: Aoyagi-Scharber, M. / Gardberg, A.S. / Yip, B.K. / Wang, B. / Shen, Y. / Fitzpatrick, P.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4pjt.cif.gz | 526.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4pjt.ent.gz | 431.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4pjt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/4pjt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/4pjt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41412.336 Da / 分子数: 4 断片: PARP1 HELICAL AND CATALYTIC DOMAINS (UNP residues 662-1011) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP1, ADPRT, PPOL / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09874, NAD+ ADP-ribosyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-2YQ / ( #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2 / 詳細: 2.1 M AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS, PH 7.2 / PH範囲: 7.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97648 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97648 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→19.94 Å / Num. obs: 66890 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 43.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 17.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.41 Å / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1UK0, 3L3M 解像度: 2.35→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 13.11 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.324 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.823 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.35→19.94 Å
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拘束条件 |
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