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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4phv | ||||||
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タイトル | X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE HIV PROTEASE COMPLEX WITH L-700,417, AN INHIBITOR WITH PSEUDO C2 SYMMETRY | ||||||
![]() | HIV-1 PROTEASE | ||||||
![]() | HYDROLASE(ASPARTIC PROTEINASE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Bone, R. | ||||||
![]() | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1991 タイトル: X-Ray Crystal Structure of the HIV Protease Complex with L-700,417, an Inhibitor with Pseudo C2 Symmetry 著者: Bone, R. / Vacca, J.P. / Anderson, P.S. / Holloway, M.K. #1: ![]() タイトル: Design, Activity, and 2.8 Angstroms Crystal Structure of a C2 Symmetric Inhibitor Complexed to HIV-1 Protease 著者: Erickson, J. / Neidhart, D.J. / Van Drie, J. / Kempf, D.J. / Wang, X.C. / Norbeck, D.W. / Plattner, J.J. / Rittenhouse, J.W. / Turon, M. / Wideburg, N. / Kohlbrenner, W.E. / Simmer, R. / ...著者: Erickson, J. / Neidhart, D.J. / Van Drie, J. / Kempf, D.J. / Wang, X.C. / Norbeck, D.W. / Plattner, J.J. / Rittenhouse, J.W. / Turon, M. / Wideburg, N. / Kohlbrenner, W.E. / Simmer, R. / Helfrich, R. / Paul, D.A. / Knigge, M. #2: ![]() タイトル: Crystallographic Analysis of a Complex between Human Immunodeficiency Virus Type 1 Protease and Acetyl-Pepstatin at 2.0 Angstroms Resolution 著者: Fitzgerald, P.M.D. / Mckeever, B.M. / Van Middlesworth, J.F. / Springer, J.P. / Heimbach, J.C. / Leu, C.-T. / Herber, W.K. / Dixon, R.A.F. / Darke, P.L. #3: ![]() タイトル: X-Ray Crystallographic Structure of a Complex between a Synthetic Protease of Human Immunodeficiency Virus 1 and a Substrate-Based Hydroxyethylamine Inhibitor 著者: Swain, A.L. / Miller, M.M. / Green, J. / Rich, D.H. / Schneider, J. / Kent, S.B.H. / Wlodawer, A. #4: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of Aspartyl Protease from Human Immunodeficiency Virus HIV-1 著者: Navia, M.A. / Fitzgerald, P.M.D. / Mckeever, B.M. / Leu, C.-T. / Heimbach, J.C. / Herber, W.K. / Sigal, I.S. / Darke, P.L. / Springer, J.P. #5: ![]() タイトル: Conserved Folding in Retroviral Proteases: Crystal Structure of a Synthetic HIV-1 Protease 著者: Wlodawer, A. / Miller, M. / Jaskolski, M. / Sathyanarayana, B.K. / Baldwin, E. / Weber, I.T. / Selk, L. / Clawson, L. / Schneider, J. / Kent, S.B.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 535.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 544.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10830.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.41 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5.4 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: macro-seeding | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.07 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.1→8 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection all: 12981 / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |