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万見
- PDB-4oyq: (6-isothiocyanatohexyl)benzene inhibitor complexed with Macrophag... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oyq
タイトル(6-isothiocyanatohexyl)benzene inhibitor complexed with Macrophage Migration Inhibitory Factor
要素Macrophage migration inhibitory factor
キーワードISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR / Tautomerase / isomerase / Cytokine / ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of arachidonate secretion / cytokine receptor binding / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of arachidonate secretion / cytokine receptor binding / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / negative regulation of mature B cell apoptotic process / carboxylic acid metabolic process / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of protein metabolic process / regulation of macrophage activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / chemoattractant activity / protein homotrimerization / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / negative regulation of cellular senescence / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of B cell proliferation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of cell migration / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / Cell surface interactions at the vascular wall / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular senescence / protease binding / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / negative regulation of gene expression / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor, conserved site / Macrophage migration inhibitory factor family signature. / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-isothiocyanatohexylbenzene / Macrophage migration inhibitory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Spencer, E.S. / Dale, E.J. / Gommans, A.L. / Vo, C.T. / Rutledge, M.T. / Nakatani, Y. / Gamble, A.B. / Smith, R.A.J. / Wilbanks, S.M. / Hampton, M.B. / Tyndall, J.D.A.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
University of Otago ニュージーランド
引用ジャーナル: To be published
タイトル: (6-isothiocyanatohexyl)benzene inhibitor complexed with Macrophage Migration Inhibitory Factor
著者: Spencer, E.S. / Dale, E.J. / Gommans, A.L. / Vo, C.T. / Rutledge, M.T. / Nakatani, Y. / Gamble, A.B. / Smith, R.A.J. / Wilbanks, S.M. / Hampton, M.B. / Tyndall, J.D.A.
履歴
登録2014年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Data collection / Other
改定 1.22014年8月6日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_site / symmetry
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_site.details / _symmetry.Int_Tables_number
改定 2.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _citation.title / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _struct_site_gen.auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage migration inhibitory factor
B: Macrophage migration inhibitory factor
C: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,29212
ポリマ－37,0653
非ポリマー1,2269
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7460 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area13530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.690, 67.690, 88.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Macrophage migration inhibitory factor / MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / ...MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / Phenylpyruvate tautomerase


分子量: 12355.056 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MIF, GLIF, MMIF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P14174, phenylpyruvate tautomerase, phenylpyruvate tautomerase
#2: 化合物 ChemComp-1X2 / 6-isothiocyanatohexylbenzene / 6-フェニルヘキシルイソチオシアナ-ト


分子量: 219.346 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H17NS
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.9 M ammonium sulfate, 100 mM Tris pH 8.0, 200 mM NaCl, 4%(v/v) 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→37.12 Å / Num. obs: 45634 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 11.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル最高解像度: 1.79 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F2K

4f2k


解像度: 1.7→33.845 Å / FOM work R set: 0.899 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.57 / 位相誤差: 17.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1948 4355 5.02 %
Rwork0.1738 82322 -
obs0.1748 86677 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 52.43 Å2 / Biso mean: 14.16 Å2 / Biso min: 4.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→33.845 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2601 0 32 151 2784
Biso mean--35.13 21.26 -
残基数----345
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072833
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1023883
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045428
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006507
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0181065
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.7-1.71930.25011440.226327792923
1.7193-1.73960.21471600.210127942954
1.7396-1.76080.22831150.202126752790
1.7608-1.78310.20871390.186827922931
1.7831-1.80650.23021430.193427292872
1.8065-1.83130.18921310.1827712902
1.8313-1.85740.23021430.178127092852
1.8574-1.88520.19771370.170827862923
1.8852-1.91460.2761590.190227252884
1.9146-1.9460.18771650.179327102875
1.946-1.97960.18611300.175427822912
1.9796-2.01550.19511390.164827362875
2.0155-2.05430.21411450.174427102855
2.0543-2.09620.23471430.177627442887
2.0962-2.14180.20261620.163427652927
2.1418-2.19160.17651600.165927412901
2.1916-2.24640.19731330.173427382871
2.2464-2.30710.21871500.164926952845
2.3071-2.3750.15361600.169527842944
2.375-2.45170.1691190.173527282847
2.4517-2.53930.21521680.181327402908
2.5393-2.64090.18171520.180527312883
2.6409-2.7610.22661630.179327102873
2.761-2.90650.20651280.180327602888
2.9065-3.08850.21231880.183327592947
3.0885-3.32680.21161180.189827182836
3.3268-3.66120.1471280.158827702898
3.6612-4.19020.13281380.148827662904
4.1902-5.27590.17911500.146827342884
5.2759-33.85160.19751450.185927412886
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.0233 Å / Origin y: 7.3099 Å / Origin z: 12.1219 Å
111213212223313233
T0.055 Å2-0.0036 Å2-0.0024 Å2-0.0571 Å20.0095 Å2--0.0581 Å2
L0.8876 °20.0523 °20.181 °2-0.9691 °2-0.2409 °2--0.7192 °2
S0.0151 Å °0.0103 Å °-0.0438 Å °0.0042 Å °0.0374 Å °0.089 Å °0.0426 Å °-0.0402 Å °-0.0453 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 115
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 115
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 115
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 152
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 4
6X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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