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- PDB-4oio: Crystal structure of Thermus thermophilus pre-insertion substrate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oio
タイトルCrystal structure of Thermus thermophilus pre-insertion substrate complex for de novo transcription initiation
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...ポリメラーゼ) x 4
  • 5'-D(*CP*CP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*G)-3'
  • 5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*G)-3'
  • DNA directed RNA polymerase sigma factor A
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSFERASE (転移酵素) / de novo transcription initiation / substrate complex / transcription initiation (転写 (生物学)) / i site / i+1 site / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / DNA/RNA/NTP binding / polymerization of ribonucleotides / nucleoid (核様体)
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1810 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / : / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1810 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / : / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Gyrase A; domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Beta Complex / RNA polymerase Rpb6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Βバレル / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2TM / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhang, Y. / Ebright, R.H. / Arnold, E.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: GE23077 binds to the RNA polymerase 'i' and 'i+1' sites and prevents the binding of initiating nucleotides.
著者: Zhang, Y. / Degen, D. / Ho, M.X. / Sineva, E. / Ebright, K.Y. / Ebright, Y.W. / Mekler, V. / Vahedian-Movahed, H. / Feng, Y. / Yin, R. / Tuske, S. / Irschik, H. / Jansen, R. / Maffioli, S. / ...著者: Zhang, Y. / Degen, D. / Ho, M.X. / Sineva, E. / Ebright, K.Y. / Ebright, Y.W. / Mekler, V. / Vahedian-Movahed, H. / Feng, Y. / Yin, R. / Tuske, S. / Irschik, H. / Jansen, R. / Maffioli, S. / Donadio, S. / Arnold, E. / Ebright, R.H.
履歴
登録2014年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: DNA directed RNA polymerase sigma factor A
G: 5'-D(*CP*CP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*G)-3'
H: 5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)444,91814
ポリマ－443,7518
非ポリマー1,1686
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area53040 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area142850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.110, 103.780, 296.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.86, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / ポリメラーゼ / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 35056.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHR6, ポリメラーゼ
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / ポリメラーゼ / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 125436.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q8RQE9, ポリメラーゼ
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / ポリメラーゼ / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 170997.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q8RQE8, ポリメラーゼ
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / ポリメラーゼ / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 11533.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q8RQE7, ポリメラーゼ

-
タンパク質 , 1種, 1分子 F

#5: タンパク質 DNA directed RNA polymerase sigma factor A / RNA polymerase sigma factor


分子量: 50769.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: rpoD, TTHA0532 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SKW1

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 GH

#6: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*GP*GP*G)-3'


分子量: 6480.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: promoter DNA template strand
#7: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*AP*GP*G)-3'


分子量: 8421.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: promoter DNA nontemplate strand

-
非ポリマー , 5種, 221分子

#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物 ChemComp-2TM / 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine / CMPcPP / 5′-シチジルオキシホスホニルメチルホスホニルオキシホスホン酸


分子量: 481.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18N3O13P3
#12: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.94 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 100 mM Tris-HCl, pH 8.4, 200 mM potassium chloride, 50 mM magnesium chloride, 9.5% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月4日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 100364 / Num. obs: 100364 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 59.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rsym value: 0.146 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 4976 / Rsym value: 1 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4G7H

4g7h


解像度: 3.1→48.919 Å / SU ML: 0.46 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC TEMPERATURE FACTORS / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2555 2109 2.22 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.2061 95176 96.1 %-
all-100364 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.919 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27535 826 64 215 28640
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00429046
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82739449
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.58211283
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064433
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045021
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.17240.3201620.27172742X-RAY DIFFRACTION42
3.1724-3.25170.33191210.29835175X-RAY DIFFRACTION80
3.2517-3.33960.35031340.29546528X-RAY DIFFRACTION99
3.3396-3.43780.38471500.27496465X-RAY DIFFRACTION100
3.4378-3.54880.36161460.26036556X-RAY DIFFRACTION100
3.5488-3.67560.28981470.23896479X-RAY DIFFRACTION100
3.6756-3.82270.28591490.2256510X-RAY DIFFRACTION100
3.8227-3.99660.28811520.21156542X-RAY DIFFRACTION100
3.9966-4.20720.25881470.19276545X-RAY DIFFRACTION100
4.2072-4.47060.23181490.17726505X-RAY DIFFRACTION100
4.4706-4.81550.22161480.17046564X-RAY DIFFRACTION100
4.8155-5.29960.22621520.17296556X-RAY DIFFRACTION100
5.2996-6.06520.24851510.18596546X-RAY DIFFRACTION100
6.0652-7.63690.20941460.19226622X-RAY DIFFRACTION100
7.6369-48.9250.18471550.16716732X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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