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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4o4g | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in complex with 4-((4-(mesitylamino)-1,3,5-triazin-2-yl)amino)benzonitrile (JLJ527), a non-nucleoside inhibitor | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Polymerase / RNase / reverse transcription / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.712 Å | ||||||
データ登録者 | Mislak, A.C. / Frey, K.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2014 タイトル: A mechanistic and structural investigation of modified derivatives of the diaryltriazine class of NNRTIs targeting HIV-1 reverse transcriptase. 著者: Mislak, A.C. / Frey, K.M. / Bollini, M. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4o4g.cif.gz | 212.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4o4g.ent.gz | 168.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4o4g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4o4g_validation.pdf.gz | 751.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4o4g_full_validation.pdf.gz | 775.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4o4g_validation.xml.gz | 36.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4o4g_validation.cif.gz | 49.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/4o4g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/4o4g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 断片: p66 subunit, UNP residues 600-1154 / 変異: C280S, K172A, K173A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Lentivirus 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: Bh10 Isolate / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pCDF-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 断片: p51 subunit, UNP residues 600-1027 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Lentivirus 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: Bh10 Isolate / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pCDF-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase |
#3: 化合物 | ChemComp-2RT / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.02 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 20.0% (w/v) PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, 5 mM spermine-HCl, and 50 mM citric acid pH 5.5 or 50 mM HEPES pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月3日 / 詳細: Monochromator | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Cryogenically cooled double crystal monochrometer with horizontal focusing sagittal bend second mono crystal with 4:1 magnification ratio and vertically focusing mirror. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.63→50 Å / Num. obs: 38084 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 70.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 29.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2ZD1 解像度: 2.712→43.239 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.36 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63.74 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.712→43.239 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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