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万見
- PDB-4o1l: Human Adenosine Kinase in complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o1l
タイトルHuman Adenosine Kinase in complex with inhibitor
要素Adenosine kinase
キーワードTransferase/Transferase inhibitor / Adenosine Kinase / Transferase-Transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dATP biosynthetic process / adenosine kinase / adenosine kinase activity / ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / dAMP salvage / deoxyadenosine kinase activity / Ribavirin ADME / Purine salvage / GMP salvage / AMP salvage ...dATP biosynthetic process / adenosine kinase / adenosine kinase activity / ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / dAMP salvage / deoxyadenosine kinase activity / Ribavirin ADME / Purine salvage / GMP salvage / AMP salvage / purine ribonucleoside salvage / purine nucleobase metabolic process / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenosine kinase, small domain - #10 / Adenosine kinase / Adenosine kinase, small domain / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase ...Adenosine kinase, small domain - #10 / Adenosine kinase / Adenosine kinase, small domain / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HO4 / Adenosine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Brynda, J. / Dostal, J. / Pichova, I. / Hodcek, M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Inhibition of Mycobacterial and Human Adenosine Kinase by 7-Substituted 7-(Het)aryl-7-deazaadenine Ribonucleosides
著者: Snasel, J. / Naus, P. / Dostal, J. / Hnizda, A. / Fanfrlik, J. / Brynda, J. / Bourderioux, A. / Dusek, M. / Dvorakova, H. / Stolarikova, J. / Zabranska, H. / Pohl, R. / Konecny, P. / Dzubak, ...著者: Snasel, J. / Naus, P. / Dostal, J. / Hnizda, A. / Fanfrlik, J. / Brynda, J. / Bourderioux, A. / Dusek, M. / Dvorakova, H. / Stolarikova, J. / Zabranska, H. / Pohl, R. / Konecny, P. / Dzubak, P. / Votruba, I. / Hajduch, M. / Rezacova, P. / Veverka, V. / Hocek, M. / Pichova, I.
履歴
登録2013年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine kinase
B: Adenosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,6039
ポリマ－77,6352
非ポリマー9687
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Adenosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4465
ポリマ－38,8171
非ポリマー6294
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Adenosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1564
ポリマ－38,8171
非ポリマー3393
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.310, 156.590, 58.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 330 / Label seq-ID: 5 - 331

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Adenosine kinase / AK / Adenosine 5'-phosphotransferase


分子量: 38817.270 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 17-362 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55263, adenosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-HO4 / 5-ethynyl-7-(beta-D-ribofuranosyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine / 7-エチニル-7-デアザアデノシン


分子量: 290.275 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H14N4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.74 % / Mosaicity: 0.72 °

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91502 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91502 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→156.59 Å / Num. all: 22043 / Num. obs: 22043 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.644.50.2622.91413131430.1540.2624.5100
2.64-2.84.70.2063.61414930210.120.2065.6100
2.8-2.994.80.1415.31340928030.0810.1417.6100
2.99-3.234.80.0977.71265026400.0560.0979.9100
3.23-3.544.80.06910.31170224350.0390.06913.2100
3.54-3.954.80.05612.61054122180.0310.05615.4100
3.95-4.564.70.05511.7928619650.030.05516.9100
4.56-5.594.60.0678.6786616990.0360.06716.5100
5.59-7.914.50.05410.6601513290.0310.0541599.8
7.91-52.1974.20.04710.232877900.0270.04718.498.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å51.04 Å
Translation3.5 Å51.04 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→156.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU B: 11.615 / SU ML: 0.272 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.339 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2628 1128 5.1 %RANDOM
Rwork0.19611 ---
obs0.19962 20803 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.362 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.46 Å20 Å20 Å2
2---0.87 Å20 Å2
3----0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→156.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5214 0 67 41 5322
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.025384
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.023630
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6581.9667270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3033.0048884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0855661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.45125246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.04415948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8741521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2811
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025939
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021067
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11549 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.14 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 74 -
Rwork0.217 1366 -
obs--99.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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