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Yorodumi- PDB-4q2b: The crystal structure of an endo-1,4-D-glucanase from Pseudomonas... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4q2b | ||||||
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Title | The crystal structure of an endo-1,4-D-glucanase from Pseudomonas putida KT2440 | ||||||
Components | Endo-1,4-beta-D-glucanase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information Hydrolases; Glycosylases; Glycosidases, i.e. enzymes that hydrolyse O- and S-glycosyl compounds / cellulase activity / polysaccharide catabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas putida (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.12 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Joachimiak, G. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: The crystal structure of an endo-1,4-D-glucanase from Pseudomonas putida KT2440 Authors: Tan, K. / Joachimiak, G. / Endres, M. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4q2b.cif.gz | 821.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4q2b.ent.gz | 706.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4q2b.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4q2b_validation.pdf.gz | 536.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4q2b_full_validation.pdf.gz | 550 KB | Display | |
Data in XML | 4q2b_validation.xml.gz | 78.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4q2b_validation.cif.gz | 110.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/4q2b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/4q2b | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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Details | It is predicted that the chains A and B, C and D, and E and F form dimers respectively. |
-Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 38894.129 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 25-370 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas putida (bacteria) / Strain: KT2440 / Gene: PP_2637 / Plasmid: pMCSG68 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)pGrow7-K / References: UniProt: Q88JL2 |
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-Non-polymers , 7 types, 925 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-TRS / #4: Chemical | ChemComp-FMT / #5: Chemical | ChemComp-MLA / | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-IMD / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.09M malonic acid, 0.0125M ammonium citratic tribasic, 0.006M succinic acid, 0.015M DL-malic acid, 0.01M sodium acetate, 0.025M sodium formate, 0.008M ammonium tartrate, 0.1M HEPES:NaOH, ...Details: 0.09M malonic acid, 0.0125M ammonium citratic tribasic, 0.006M succinic acid, 0.015M DL-malic acid, 0.01M sodium acetate, 0.025M sodium formate, 0.008M ammonium tartrate, 0.1M HEPES:NaOH, 10% (w/v) PEG MME 5000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97938 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 9, 2013 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97938 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.12→41 Å / Num. all: 153814 / Num. obs: 153814 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / Redundancy: 6 % / Biso Wilson estimate: 35.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 29.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.12→2.16 Å / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.685 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / Num. unique all: 7594 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.12→40.78 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.33 / Phase error: 21.81 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.12→40.78 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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