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- PDB-4q2b: The crystal structure of an endo-1,4-D-glucanase from Pseudomonas... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4q2b | ||||||
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Title | The crystal structure of an endo-1,4-D-glucanase from Pseudomonas putida KT2440 | ||||||
![]() | Endo-1,4-beta-D-glucanase | ||||||
![]() | HYDROLASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | ![]() Hydrolases; Glycosylases; Glycosidases, i.e. enzymes that hydrolyse O- and S-glycosyl compounds / cellulase activity / cellulose catabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tan, K. / Joachimiak, G. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: The crystal structure of an endo-1,4-D-glucanase from Pseudomonas putida KT2440 Authors: Tan, K. / Joachimiak, G. / Endres, M. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 826.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 690.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Details | It is predicted that the chains A and B, C and D, and E and F form dimers respectively. |
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Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 38894.129 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 25-370 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 925 molecules 












#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-TRS / #4: Chemical | ChemComp-FMT / #5: Chemical | ChemComp-MLA / | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-IMD / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has protein modification | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.09M malonic acid, 0.0125M ammonium citratic tribasic, 0.006M succinic acid, 0.015M DL-malic acid, 0.01M sodium acetate, 0.025M sodium formate, 0.008M ammonium tartrate, 0.1M HEPES:NaOH, ...Details: 0.09M malonic acid, 0.0125M ammonium citratic tribasic, 0.006M succinic acid, 0.015M DL-malic acid, 0.01M sodium acetate, 0.025M sodium formate, 0.008M ammonium tartrate, 0.1M HEPES:NaOH, 10% (w/v) PEG MME 5000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 9, 2013 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97938 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.12→41 Å / Num. all: 153814 / Num. obs: 153814 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / Redundancy: 6 % / Biso Wilson estimate: 35.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 29.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.12→2.16 Å / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.685 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / Num. unique all: 7594 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.12→40.78 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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