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万見
- PDB-4nos: HUMAN INDUCIBLE NITRIC OXIDE SYNTHASE WITH INHIBITOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nos
タイトルHUMAN INDUCIBLE NITRIC OXIDE SYNTHASE WITH INHIBITOR
要素INDUCIBLE NITRIC OXIDE SYNTHASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / L-ARGININE MONOOXYGENASE / NITRIC OXIDE / HUMAN / ZNS4
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of leukocyte mediated cytotoxicity / Inhibition of nitric oxide production / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / prostaglandin secretion / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / tetrahydrobiopterin binding / regulation of cellular respiration / arginine binding / superoxide metabolic process ...positive regulation of leukocyte mediated cytotoxicity / Inhibition of nitric oxide production / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / prostaglandin secretion / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / tetrahydrobiopterin binding / regulation of cellular respiration / arginine binding / superoxide metabolic process / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / regulation of insulin secretion / peroxisomal matrix / cortical cytoskeleton / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase activity / L-arginine catabolic process / negative regulation of blood pressure / nitric oxide biosynthetic process / response to hormone / cell redox homeostasis / positive regulation of interleukin-8 production / innate immune response in mucosa / response to bacterium / Peroxisomal protein import / circadian rhythm / negative regulation of protein catabolic process / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to type II interferon / cellular response to xenobiotic stimulus / NADP binding / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / peroxisome / regulation of cell population proliferation / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / response to hypoxia / calmodulin binding / defense response to bacterium / inflammatory response / negative regulation of gene expression / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily ...Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / : / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature. / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H2B / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / ETHYLISOTHIOUREA / Nitric oxide synthase, inducible
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Fischmann, T.O. / Weber, P.C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structural characterization of nitric oxide synthase isoforms reveals striking active-site conservation.
著者: Fischmann, T.O. / Hruza, A. / Niu, X.D. / Fossetta, J.D. / Lunn, C.A. / Dolphin, E. / Prongay, A.J. / Reichert, P. / Lundell, D.J. / Narula, S.K. / Weber, P.C.
履歴
登録1999年2月3日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INDUCIBLE NITRIC OXIDE SYNTHASE
B: INDUCIBLE NITRIC OXIDE SYNTHASE
C: INDUCIBLE NITRIC OXIDE SYNTHASE
D: INDUCIBLE NITRIC OXIDE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,82218
ポリマ－197,8454
非ポリマー3,97614
水24,6991371
1
A: INDUCIBLE NITRIC OXIDE SYNTHASE
B: INDUCIBLE NITRIC OXIDE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,9109
ポリマ－98,9232
非ポリマー1,9877
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10030 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area32100 Å2
手法PISA, PQS
2
C: INDUCIBLE NITRIC OXIDE SYNTHASE
D: INDUCIBLE NITRIC OXIDE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,9129
ポリマ－98,9232
非ポリマー1,9897
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9930 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area32360 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)89.759, 156.672, 190.044
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9927, 0.10291, 0.06293), (0.11374, 0.62488, 0.77239), (0.04016, 0.77391, -0.63202)22.00306, 22.59963, -50.29379
2given(0.99998, 0.00358, -0.00451), (-0.00054, 0.83766, 0.5462), (0.00573, -0.54619, 0.83764)-1.40336, 52.21081, 8.07962
3given(-0.99189, 0.05568, 0.11429), (0.1191, 0.0926, 0.98855), (0.04446, 0.99415, -0.09848)28.94339, 61.45053, -15.62112

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
INDUCIBLE NITRIC OXIDE SYNTHASE / INOS / NOS2


分子量: 49461.367 Da / 分子数: 4 / 断片: OXYGENASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PINOS60-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35228, nitric-oxide synthase (NADPH)

-
非ポリマー , 6種, 1385分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-H2B / 2-AMINO-6-(1,2-DIHYDROXY-PROPYL)-7,8-DIHYDRO-6H-PTERIDIN-4-ONE / QUINONOID 7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN


分子量: 239.231 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N5O3
#5: 化合物
ChemComp-ITU / ETHYLISOTHIOUREA / S-エチルイソチオ尿素


分子量: 104.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8N2S
#6: 化合物 ChemComp-H4B / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / 6R-テトラヒドロビオプテリン


分子量: 241.247 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N5O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細HIGH-SPIN STATE ZNS4 CLUSTER LOCATED AT THE DIMER INTERFACE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.56 %
結晶化pH: 6.9 / 詳細: pH 6.90
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
130 mg/mlprotein1drop
250 mMMES1reservoir
31.6 M1reservoirMgSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.2
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: CCD / 日付: 1997年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→18.8 Å / Num. obs: 113089 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 29 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.23 / % possible all: 80.7
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.7 % / Rmerge(I) obs: 0.23

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.25→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 5550 5 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs-109101 88.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13680 0 266 1371 15317
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.63
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 490 5 %
Rwork0.3 9281 -
obs--80.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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