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- PDB-4nmf: Crystal structure of proline utilization A (PutA) from Geobacter ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nmf
タイトルCrystal structure of proline utilization A (PutA) from Geobacter sulfurreducens PCA inactivated by N-propargylglycine and complexed with menadione bisulfite
要素Proline dehydrogenase and Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavoenzyme / Rossmann fold / aldehyde dehydrogenase / flavin adenine dinucleotide / nicotinamide adenine dinucleotide / proline catabolism / substrate channeling / bifunctional enzyme / mechanism-based inactivation
機能・相同性
機能・相同性情報


proline dehydrogenase activity / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / cytoplasmic side of plasma membrane / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proline utilization A, N-terminal / Proline utilization A N-terminal domain / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / Bifunctional protein PutA / Proline dehydrogenase domain / Proline dehydrogenase / : / FAD-linked oxidoreductase-like / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. ...Proline utilization A, N-terminal / Proline utilization A N-terminal domain / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / Bifunctional protein PutA / Proline dehydrogenase domain / Proline dehydrogenase / : / FAD-linked oxidoreductase-like / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2L3 / Chem-2LB / Chem-P5F / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Singh, H. / Tanner, J.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structures of the PutA peripheral membrane flavoenzyme reveal a dynamic substrate-channeling tunnel and the quinone-binding site.
著者: Singh, H. / Arentson, B.W. / Becker, D.F. / Tanner, J.J.
履歴
登録2013年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proline dehydrogenase and Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
B: Proline dehydrogenase and Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,70615
ポリマ－224,6492
非ポリマー3,05713
水18,1411007
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10360 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area66660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.594, 151.741, 176.606
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Proline dehydrogenase and Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / Proline utilization A / PutA


分子量: 112324.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
株: ATCC 51573 / DSM 12127 / PCA / 遺伝子: putA, GSU3395 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI
参照: UniProt: Q746X3, EC: 1.5.99.8, EC: 1.5.1.12, L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 1020分子

#2: 化合物 ChemComp-P5F / N-propargylglycine-modified flavin adenine dinucleotide


分子量: 898.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H40N10O17P2
#3: 化合物 ChemComp-2L3 / (2R)-2-methyl-1,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydronaphthalene-2-sulfonic acid / menadione bisulfite


分子量: 254.259 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H10O5S
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-2LB / (2S)-2-methyl-1,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydronaphthalene-2-sulfonic acid / menadione bisulfite


分子量: 254.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H10O5S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1007 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25-33% PEG550 MME, 0.05-0.2 M Bis-Tris, pH 6.4-6.5, 0.05 mM calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月10日
放射モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→47.6 Å / Num. obs: 183582 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 691229
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.8 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.95-1.980.8581.83346689050.6590.4980.99797.7
10.68-47.60.01743.3469012280.9990.010.0296.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA0.1.29データスケーリング
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4NMC

4nmc


解像度: 1.95→47.596 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / FOM work R set: 0.8654 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2026 9210 5.02 %FROM PDB ENTRY 4NME
Rwork0.1726 ---
obs0.1741 183440 98.24 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.1 Å2 / Biso mean: 21.7498 Å2 / Biso min: 6.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→47.596 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15159 0 195 1007 16361
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00715743
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06321351
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072319
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052775
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3025832
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-1.97240.28392850.24845635592097
1.9724-1.99560.26253210.229458226143100
1.9956-2.01990.28443100.220757926102100
2.0199-2.04550.27673350.22795799613499
2.0455-2.07240.27442810.22495858613999
2.0724-2.10080.25362950.21655817611299
2.1008-2.13080.26413230.20945773609699
2.1308-2.16260.24632880.20675772606098
2.1626-2.19640.24463200.20315610593096
2.1964-2.23240.22232980.19175835613399
2.2324-2.27090.28443180.2145799611799
2.2709-2.31220.2182860.182958306116100
2.3122-2.35670.22842850.174459076192100
2.3567-2.40480.21253030.171358596162100
2.4048-2.45710.22713100.177158666176100
2.4571-2.51420.22683230.17535845616899
2.5142-2.57710.19852900.17585875616599
2.5771-2.64680.20733130.1715816612999
2.6468-2.72470.21883130.17525781609498
2.7247-2.81260.22593040.18335654595896
2.8126-2.91310.25193090.18525755606498
2.9131-3.02970.20813220.18495885620799
3.0297-3.16760.20643320.18125808614099
3.1676-3.33450.19682830.18075888617199
3.3345-3.54340.17573140.16835865617998
3.5434-3.81690.18823330.15815826615998
3.8169-4.20080.15462950.1395481577692
4.2008-4.80810.14472920.12565929622198
4.8081-6.05580.15243220.14745951627398
6.0558-47.61070.16933070.15335897620494

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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