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- PDB-4nld: Crystal structure of the hepatitis C virus NS5B RNA-dependent RNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nld
タイトルCrystal structure of the hepatitis C virus NS5B RNA-dependent RNA polymerase complex with BMS-791325 also known as (1aR,12bS)-8-cyclohexyl-n-(dimethylsulfamoyl)-11-methoxy-1a-{[(1R,5S)-3-methyl-3,8-diazabicyclo[3.2.1]oct-8-yl]carbonyl}-1,1a,2,12b-tetrahydrocyclopropa[d]indolo[2,1-a][2]benzazepine-5-carboxamide and 2-(4-fluorophenyl)-n-methyl-6-[(methylsulfonyl)amino]-5-(propan-2-yloxy)-1-benzofuran-3-carboxamide
要素RNA-directed RNA polymerase
キーワードtransferase/transferase INHIBITOR / NS5B / polymerase / HCV / hepatitis C virus / fingers / palm / thumb / polymerase/polymerase inhibitor / transferase-transferase INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive stranded viral RNA replication / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral genome replication ...positive stranded viral RNA replication / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral genome replication / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / ribonucleoprotein complex / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : ...Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / : / NS3 RNA helicase, C-terminal helical domain / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / Hepatitis C virus NS3 protease / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2N5 / Chem-2N7 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Sheriff, S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Discovery and Preclinical Characterization of the Cyclopropylindolobenzazepine BMS-791325, A Potent Allosteric Inhibitor of the Hepatitis C Virus NS5B Polymerase.
著者: Gentles, R.G. / Ding, M. / Bender, J.A. / Bergstrom, C.P. / Grant-Young, K. / Hewawasam, P. / Hudyma, T. / Martin, S. / Nickel, A. / Regueiro-Ren, A. / Tu, Y. / Yang, Z. / Yeung, K.S. / ...著者: Gentles, R.G. / Ding, M. / Bender, J.A. / Bergstrom, C.P. / Grant-Young, K. / Hewawasam, P. / Hudyma, T. / Martin, S. / Nickel, A. / Regueiro-Ren, A. / Tu, Y. / Yang, Z. / Yeung, K.S. / Zheng, X. / Chao, S. / Sun, J.H. / Beno, B.R. / Camac, D.M. / Chang, C.H. / Gao, M. / Morin, P.E. / Sheriff, S. / Tredup, J. / Wan, J. / Witmer, M.R. / Xie, D. / Hanumegowda, U. / Knipe, J. / Mosure, K. / Santone, K.S. / Parker, D.D. / Zhuo, X. / Lemm, J. / Liu, M. / Pelosi, L. / Rigat, K. / Voss, S. / Wang, Y. / Wang, Y.K. / Colonno, R.J. / Gao, M. / Roberts, S.B. / Gao, Q. / Ng, A. / Meanwell, N.A. / Kadow, J.F.
履歴
登録2013年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0119
ポリマ－63,9621
非ポリマー2,0498
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.000, 120.600, 201.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase / NS5B / p68


分子量: 63961.516 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 2420-2992 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 株: Bartenschlager / 遺伝子: NS5B / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) STAR / 参照: UniProt: Q9WMX2, RNA-directed RNA polymerase
#5: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 37分子

#2: 化合物 ChemComp-2N7 / (1aR,12bS)-8-cyclohexyl-N-(dimethylsulfamoyl)-11-methoxy-1a-{[(1R,5S)-3-methyl-3,8-diazabicyclo[3.2.1]oct-8-yl]carbonyl}-1,1a,2,12b-tetrahydrocyclopropa[d]indolo[2,1-a][2]benzazepine-5-carboxamide / BMS-791325


分子量: 659.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H45N5O5S / コメント: 抗ウイルス剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-2N5 / 2-(4-fluorophenyl)-N-methyl-6-[(methylsulfonyl)amino]-5-(propan-2-yloxy)-1-benzofuran-3-carboxamide


分子量: 420.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H21FN2O5S
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100 mM Sodium Citrate, 1.75 M (NH4)2SO4, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 22091 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 72.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.4精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000(DENZO)データ削減
HKL-2000(SCALEPACK)データスケーリング
AMoRE位相決定
BUSTER2.11.4精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NS5B/LIGAND COMPLEX

解像度: 2.75→39.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9242 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9014 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.518 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.498 / SU Rfree Blow DPI: 0.302 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.306
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2533 1030 4.73 %RANDOM
Rwork0.2129 ---
obs0.2147 21785 92.38 %-
原子変位パラメータBiso max: 148.87 Å2 / Biso mean: 61.2733 Å2 / Biso min: 20.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.8202 Å20 Å20 Å2
2---12.7696 Å20 Å2
3---7.9493 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.402 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→39.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3867 0 136 31 4034
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1431SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes76HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes658HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4158HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion536SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4708SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4158HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5716HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.89
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.81
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.88 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2637 132 4.51 %
Rwork0.2444 2796 -
all0.2453 2928 -
obs--92.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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