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- PDB-4mre: Crystal structure of the murine CD44 hyaluronan binding domain co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mre
タイトルCrystal structure of the murine CD44 hyaluronan binding domain complex with a small molecule
要素CD44 antigen
キーワードCell adhesion/inhibitor / Link module / Cell receptor / Hyaluronan binding / Cell surface / Cell adhesion-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Hyaluronan uptake and degradation / macrophage fusion / hyaluronic acid binding / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / negative regulation of regulatory T cell differentiation / Degradation of the extracellular matrix / regulation of lamellipodium morphogenesis / Integrin cell surface interactions / Cell surface interactions at the vascular wall / hyaluronan catabolic process ...Hyaluronan uptake and degradation / macrophage fusion / hyaluronic acid binding / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / negative regulation of regulatory T cell differentiation / Degradation of the extracellular matrix / regulation of lamellipodium morphogenesis / Integrin cell surface interactions / Cell surface interactions at the vascular wall / hyaluronan catabolic process / wound healing involved in inflammatory response / positive regulation of adaptive immune response / positive regulation of neutrophil apoptotic process / branching involved in prostate gland morphogenesis / type II transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of mature B cell apoptotic process / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / cargo receptor activity / wound healing, spreading of cells / branching involved in ureteric bud morphogenesis / epidermal growth factor receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / channel regulator activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / microvillus / lamellipodium membrane / Neutrophil degranulation / receptor-mediated endocytosis / cell projection / regulation of cell growth / phosphoprotein binding / negative regulation of inflammatory response / transmembrane signaling receptor activity / Wnt signaling pathway / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / neuron projection development / cell migration / basolateral plasma membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / apical plasma membrane / inflammatory response / membrane raft / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / cell surface / protein-containing complex / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD44 antigen / CD44 antigen-like / Link domain signature. / Link domain / Extracellular link domain / Link domain profile. / Link (Hyaluronan-binding) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
3-methylbenzene-1,2-diamine / CD44 antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Liu, L.K. / Finzel, B.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Fragment-Based Identification of an Inducible Binding Site on Cell Surface Receptor CD44 for the Design of Protein-Carbohydrate Interaction Inhibitors.
著者: Liu, L.K. / Finzel, B.C.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structures of the Cd44-hyaluronan complex provide insight into a fundamental carbohydrate-protein interaction.
著者: Banerji, S. / Wright, A.J. / Noble, M. / Mahoney, D.J. / Campbell, I.D. / Day, A.J. / Jackson, D.G.
履歴
登録2013年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD44 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9253
ポリマ－16,7251
非ポリマー2002
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.863, 82.242, 32.074
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.660, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 CD44 antigen / Extracellular matrix receptor III / ECMR-III / GP90 lymphocyte homing/adhesion receptor / HUTCH-I / ...Extracellular matrix receptor III / ECMR-III / GP90 lymphocyte homing/adhesion receptor / HUTCH-I / Hermes antigen / Hyaluronate receptor / Lymphocyte antigen 24 / Ly-24 / Phagocytic glycoprotein 1 / PGP-1 / Phagocytic glycoprotein I / PGP-I


分子量: 16724.604 Da / 分子数: 1 / 断片: HYALURONAN BINDING DOMAIN, RESIDUES 23-171 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd44, Cd44 Ly-24, Ly-24 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15379
#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-2C9 / 3-methylbenzene-1,2-diamine / 3-メチルベンゼン-1,2-ジアミン


分子量: 122.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG MME 5000, 100 mM MES, 200 mM (NH4)2SO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月21日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→41.12 Å / Num. all: 19012 / Num. obs: 18681 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.58-1.673.10.2012.8814926350.20193.6
1.67-1.773.50.1523.7905126030.15297.5
1.77-1.893.30.1095.3813724390.10997.4
1.89-2.043.40.0777.9788923000.07797.7
2.04-2.233.30.06310687221010.06398.2
2.23-2.53.30.05511.3635619150.05597.6
2.5-2.883.30.04912.7545416710.04997.7
2.88-3.533.30.04413.5454013870.04494.5
3.53-53.10.04512321910480.04592.9
5-41.1213.10.0431318135820.04390.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 32.3 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å41.12 Å
Translation2.5 Å41.12 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
JDirectorデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2JCP

2jcp


解像度: 1.58→41.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / WRfactor Rfree: 0.2433 / WRfactor Rwork: 0.1999 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8802 / SU B: 1.41 / SU ML: 0.053 / SU R Cruickshank DPI: 0.0946 / SU Rfree: 0.0973 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2234 945 5.1 %RANDOM
Rwork0.1834 ---
obs0.1855 17623 96.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 34.08 Å2 / Biso mean: 9.7479 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å2-0 Å2-0.06 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→41.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1171 0 13 56 1240
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0211235
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.531.9431686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8655155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.73124.16760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.00215191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.875158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9661.5766
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.80521252
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0193469
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.824.5434
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.621 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.195 54 -
Rwork0.163 1136 -
all-1190 -
obs-1136 90.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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