+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mqt | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of active human M2 muscarinic acetylcholine receptor bound to the agonist iperoxo and allosteric modulator LY2119620 | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / G protein-coupled receptor / Muscarinic acetylcholine receptor / allosteric modulation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Muscarinic acetylcholine receptors / symmetric synapse / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / cholinergic synapse / regulation of smooth muscle contraction / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor activity / arrestin family protein binding / regulation of heart contraction ...Muscarinic acetylcholine receptors / symmetric synapse / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / cholinergic synapse / regulation of smooth muscle contraction / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor activity / arrestin family protein binding / regulation of heart contraction / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / asymmetric synapse / axon terminus / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / response to virus / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / nervous system development / presynaptic membrane / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / neuronal cell body / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Lama glama (ラマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
データ登録者 | Kruse, A.C. / Ring, A.M. / Manglik, A. / Hu, J. / Hu, K. / Eitel, K. / Huebner, H. / Pardon, E. / Valant, C. / Sexton, P.M. ...Kruse, A.C. / Ring, A.M. / Manglik, A. / Hu, J. / Hu, K. / Eitel, K. / Huebner, H. / Pardon, E. / Valant, C. / Sexton, P.M. / Christopoulos, A. / Felder, C.C. / Gmeiner, P. / Steyaert, J. / Weis, W.I. / Garcia, K.C. / Wess, J. / Kobilka, B.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2013 タイトル: Activation and allosteric modulation of a muscarinic acetylcholine receptor. 著者: Kruse, A.C. / Ring, A.M. / Manglik, A. / Hu, J. / Hu, K. / Eitel, K. / Hubner, H. / Pardon, E. / Valant, C. / Sexton, P.M. / Christopoulos, A. / Felder, C.C. / Gmeiner, P. / Steyaert, J. / ...著者: Kruse, A.C. / Ring, A.M. / Manglik, A. / Hu, J. / Hu, K. / Eitel, K. / Hubner, H. / Pardon, E. / Valant, C. / Sexton, P.M. / Christopoulos, A. / Felder, C.C. / Gmeiner, P. / Steyaert, J. / Weis, W.I. / Garcia, K.C. / Wess, J. / Kobilka, B.K. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4mqt.cif.gz | 94.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4mqt.ent.gz | 68.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4mqt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/4mqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/4mqt | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39951.734 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-232,373-466 / 変異: N0D, N1D, N4D, N7D, A373T, K374R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHRM2 / プラスミド: PVL1392 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P08172 |
---|---|
#2: 抗体 | 分子量: 13428.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pMAL3CBN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) |
#3: 化合物 | ChemComp-IXO / |
#4: 化合物 | ChemComp-2CU / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.91 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 詳細: Reconstituted in 10:1 monoolein:cholesterol mix. Precipitant solution: 0.5 mM LY2119620, 10 - 20% PEG300, 100 mM HEPES pH 7.2 - 7.9, 1.2% 1,2,3-heptanetriol, and 20 - 80 mM EDTA pH 8.0, ...詳細: Reconstituted in 10:1 monoolein:cholesterol mix. Precipitant solution: 0.5 mM LY2119620, 10 - 20% PEG300, 100 mM HEPES pH 7.2 - 7.9, 1.2% 1,2,3-heptanetriol, and 20 - 80 mM EDTA pH 8.0, Lipidic cubic phase, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月16日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.7→36 Å / Num. obs: 7871 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.195 |
反射 シェル | 解像度: 3.7→3.8 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.605 / Num. unique all: 644 / % possible all: 80.1 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 4MQS 解像度: 3.7→36 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 33.55 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.7→36 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|