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- PDB-4mc3: Hedycaryol synthase in complex with Nerolidol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mc3
タイトルHedycaryol synthase in complex with Nerolidol
要素Putative sesquiterpene cyclase
キーワードLYASE / cyclase / terpenoid / Terpene alpha domain class I / helix break / helix dipol / surrogate
機能・相同性
機能・相同性情報


(2Z,6E)-hedycaryol synthase / terpene synthase activity / terpenoid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene cyclase-like 2 / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(3R,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-1,6,10-trien-3-ol / (2Z,6E)-hedycaryol synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Kitasatospora setae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Baer, P. / Rabe, P. / Cirton, C. / Oliveira Mann, C. / Kaufmann, N. / Groll, M. / Dickschat, J.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2014
タイトル: Hedycaryol synthase in complex with nerolidol reveals terpene cyclase mechanism.
著者: Baer, P. / Rabe, P. / Citron, C.A. / de Oliveira Mann, C.C. / Kaufmann, N. / Groll, M. / Dickschat, J.S.
履歴
登録2013年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative sesquiterpene cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9242
ポリマ－38,7011
非ポリマー2221
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.440, 59.440, 182.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-512-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative sesquiterpene cyclase


分子量: 38701.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kitasatospora setae (バクテリア)
株: ATCC 33774 / DSM 43861 / JCM 3304 / KCC A-0304 / NBRC 14216 / KM-6054
遺伝子: KSE_00200t, KSE_76540t / プラスミド: pET28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: E4MYY0, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離
#2: 化合物 ChemComp-28U / (3R,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-1,6,10-trien-3-ol / trans-Nerolidol / (3R,6E)-3,7,11-トリメチル-1,6,10-ドデカトリエン-3-オ-ル


分子量: 222.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H26O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 4M Sodium formiate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月20日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit. Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→44.855 Å / Num. all: 62111 / Num. obs: 61118 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Hedycaryol Synthase experimentally phased with HgCl2

解像度: 1.5→44.855 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 2.456 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18922 3006 5 %RANDOM
Rwork0.14324 ---
obs0.14549 57110 98.35 %-
all-60116 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.987 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å20.43 Å20 Å2
2--0.43 Å20 Å2
3----1.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→44.855 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2267 0 16 278 2561
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192337
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022229
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6131.9533177
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08735081
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3845283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.46422.895114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.91915363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1211524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2354
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02564
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.53534566
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free31.898589
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.88154701
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.538 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 208 -
Rwork0.252 3959 -
obs--95.62 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.8158 Å / Origin y: 39.9741 Å / Origin z: 13.5961 Å
111213212223313233
T0.0119 Å2-0.0005 Å2-0.0116 Å2-0.0131 Å2-0.0005 Å2--0.0214 Å2
L0.2031 °2-0.2306 °20.2073 °2-0.3765 °20.0373 °2--0.8816 °2
S0.0128 Å °-0.0024 Å °0.0214 Å °-0.004 Å °0.0176 Å °-0.0544 Å °0.0032 Å °0.0153 Å °-0.0304 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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