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- PDB-4m3q: Crystal structure of the catalytic domain of the proto-oncogene t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m3q
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of the proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER in complex with inhibitor UNC1917
要素Tyrosine-protein kinase Mer
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TYROSINE KINASE / ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKEMIA / RATIONAL STRUCTURE-BASED DRUG DESIGN / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of leukocyte apoptotic process / negative regulation of lymphocyte activation / neutrophil clearance / natural killer cell differentiation / secretion by cell / negative regulation of cytokine production / vagina development / photoreceptor outer segment / phagocytosis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity ...negative regulation of leukocyte apoptotic process / negative regulation of lymphocyte activation / neutrophil clearance / natural killer cell differentiation / secretion by cell / negative regulation of cytokine production / vagina development / photoreceptor outer segment / phagocytosis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of phagocytosis / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / establishment of localization in cell / receptor protein-tyrosine kinase / platelet activation / cell migration / nervous system development / cell-cell signaling / retina development in camera-type eye / spermatogenesis / cell surface receptor signaling pathway / protein phosphorylation / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / extracellular space / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-24K / Tyrosine-protein kinase Mer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.718 Å
データ登録者Zhang, W. / Zhang, D. / Stashko, M.A. / DeRyckere, D. / Hunter, D. / Kireev, D.B. / Miley, M. / Cummings, C. / Lee, M. / Norris-Drouin, J. ...Zhang, W. / Zhang, D. / Stashko, M.A. / DeRyckere, D. / Hunter, D. / Kireev, D.B. / Miley, M. / Cummings, C. / Lee, M. / Norris-Drouin, J. / Stewart, W.M. / Sather, S. / Zhou, Y. / Kirkpatrick, G. / Machius, M. / Janzen, W.P. / Earp, H.S. / Graham, D.K. / Frye, S. / Wang, X.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / : 2013
タイトル: Pseudo-Cyclization through Intramolecular Hydrogen Bond Enables Discovery of Pyridine Substituted Pyrimidines as New Mer Kinase Inhibitors.
著者: Zhang, W. / Zhang, D. / Stashko, M.A. / Deryckere, D. / Hunter, D. / Kireev, D. / Miley, M.J. / Cummings, C. / Lee, M. / Norris-Drouin, J. / Stewart, W.M. / Sather, S. / Zhou, Y. / ...著者: Zhang, W. / Zhang, D. / Stashko, M.A. / Deryckere, D. / Hunter, D. / Kireev, D. / Miley, M.J. / Cummings, C. / Lee, M. / Norris-Drouin, J. / Stewart, W.M. / Sather, S. / Zhou, Y. / Kirkpatrick, G. / Machius, M. / Janzen, W.P. / Earp, H.S. / Graham, D.K. / Frye, S.V. / Wang, X.
履歴
登録2013年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase Mer
B: Tyrosine-protein kinase Mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,73412
ポリマ-71,7792
非ポリマー95510
1086
1
A: Tyrosine-protein kinase Mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3977
ポリマ-35,8891
非ポリマー5086
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tyrosine-protein kinase Mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3375
ポリマ-35,8891
非ポリマー4484
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.924, 91.120, 69.699
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase Mer / Proto-oncogene c-Mer / Receptor tyrosine kinase MerTK


分子量: 35889.434 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, UNP RESIDUES 570-864 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MER, MERTK / プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q12866, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#4: 化合物 ChemComp-24K / trans-4-{[2-(butylamino)-5-(pyridin-2-yl)pyrimidin-4-yl]amino}cyclohexanol


分子量: 341.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C19H27N5O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.68 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein: 32.5 mg/mL in 20 mM Tris pH 8.0, 500 mM sodium chloride, 2 mM beta-mercaptoethanol, incubated with inhibitor (2.5 mM final concentration) overnight, Mixed 1:1 with crystallization ...詳細: Protein: 32.5 mg/mL in 20 mM Tris pH 8.0, 500 mM sodium chloride, 2 mM beta-mercaptoethanol, incubated with inhibitor (2.5 mM final concentration) overnight, Mixed 1:1 with crystallization solution (27-33% (v/v) Peg400, 200 mM magnesium chloride, 100 mM Tris pH 8.5), vapor diffusion, sitting drop, temperature 288K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月13日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→34.74 Å / Num. all: 16507 / Num. obs: 16507 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 32.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.71→2.73 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 422 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1439)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3TCP
解像度: 2.718→34.74 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2958 1420 10 %Random
Rwork0.243 ---
obs0.2483 14204 83.57 %-
all-16507 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.718→34.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3860 0 58 6 3924
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033993
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6535387
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.0471497
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026608
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003663
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.718-2.8150.2763880.2276786X-RAY DIFFRACTION51
2.815-2.92770.33361030.239938X-RAY DIFFRACTION62
2.9277-3.06080.29251200.24831075X-RAY DIFFRACTION71
3.0608-3.22210.32621400.26571257X-RAY DIFFRACTION83
3.2221-3.42380.32661600.28211444X-RAY DIFFRACTION93
3.4238-3.68790.37281600.29791437X-RAY DIFFRACTION95
3.6879-4.05850.31491330.28111217X-RAY DIFFRACTION80
4.0585-4.64460.22831720.18631549X-RAY DIFFRACTION100
4.6446-5.84720.26431690.20941520X-RAY DIFFRACTION100
5.8472-34.740.28081750.22831561X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3889-0.8195-1.00241.8514-0.1662.01730.1243-0.19580.35260.10280.0097-0.171-0.24750.3163-0.05250.2375-0.05210.00130.29220.01280.1246-9.159751.4036-13.9479
21.6338-0.6809-0.77280.8565-0.21730.8736-0.1205-0.01370.0690.22590.02820.357-0.22420.3114-0.26830.4705-0.19290.01340.2752-0.00750.2989-13.400248.3077-28.6872
32.26840.35871.25180.37370.34750.7613-0.3524-0.13160.19080.18030.0202-0.2172-0.41340.21230.190.2503-0.0417-0.09530.47130.07640.2149-0.713350.3123-15.2412
42.73840.7760.78273.7195-1.39910.97440.1996-0.30630.46330.74070.21160.5869-0.1583-0.453-0.14410.6154-0.09070.11070.29020.02030.3024-26.782534.3208-15.5801
52.96250.21740.3621.9569-0.06012.6640.39850.43230.5017-0.2956-0.22640.1509-0.40030.1615-0.06910.50160.0383-0.01010.22350.05790.313-19.416938.9283-29.3181
61.0377-0.31830.79693.5469-1.15852.93180.27990.0427-0.1757-0.1793-0.3143-0.46770.04220.55830.03140.42330.0090.04910.2791-0.00540.3612-14.135423.1613-30.9924
73.1523-0.5349-0.3213.9867-0.50611.9178-0.06240.4079-0.0874-0.10980.07720.30620.1488-0.421-0.08160.3769-0.0574-0.06040.2625-0.00030.2284-25.132526.6313-37.7821
81.526-0.3621-1.35682.4418-0.18781.31660.2923-0.2744-0.43680.09570.1176-0.00280.13110.40010.46320.52410.1229-0.19260.50570.09910.4625-6.0246-9.2718-13.754
95.44412.92951.75593.48062.88315.8397-0.51910.27510.0632-0.83760.9362-0.1318-0.05970.7562-0.28380.6613-0.0172-0.00020.2721-0.06290.3035-10.4151-5.3149-17.5564
102.6519-0.1154-0.71391.88860.19692.1597-0.0490.1653-0.3122-0.10320.0831-0.07210.06730.2171-0.0350.2413-0.0636-0.04450.1845-0.0090.2772-21.53062.4894-10.083
111.75770.2064-0.5562.56150.10212.10090.1131-0.0560.03920.2493-0.0559-0.2406-0.03530.1801-0.02550.1926-0.0293-0.02110.19870.0380.1609-23.754915.6301-1.739
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 578 through 619 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 620 through 651 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 652 through 672 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 673 through 696 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 697 through 763 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 764 through 814 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 815 through 861 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 577 through 594 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 600 through 620 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 621 through 716 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 717 through 861 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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