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- PDB-4m22: Crystal Structure of small molecule acrylamide 16 covalently boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m22
タイトルCrystal Structure of small molecule acrylamide 16 covalently bound to K-Ras G12C
要素K-Ras GTPase
キーワードSIGNALING PROTEIN/INHIBITOR / GTPase / GDP bound / small molecule inhibitor / covalent binder / SIGNALING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to mineralocorticoid / GMP binding / forebrain astrocyte development / LRR domain binding / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / response to gravity / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation ...response to mineralocorticoid / GMP binding / forebrain astrocyte development / LRR domain binding / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / response to gravity / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / type I pneumocyte differentiation / Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / positive regulation of Rac protein signal transduction / myoblast proliferation / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of glial cell proliferation / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / cardiac muscle cell proliferation / Signalling to RAS / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / glial cell proliferation / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Signaling by FGFR4 in disease / Signaling by CSF3 (G-CSF) / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / p38MAPK events / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / protein-membrane adaptor activity / Tie2 Signaling / striated muscle cell differentiation / Signaling by FGFR2 in disease / GRB2 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / SHC1 events in EGFR signaling / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / EGFR Transactivation by Gastrin / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / homeostasis of number of cells within a tissue / Downstream signal transduction / Insulin receptor signalling cascade / SHC1 events in ERBB2 signaling / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / response to glucocorticoid / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / VEGFR2 mediated cell proliferation / small monomeric GTPase / FCERI mediated MAPK activation / liver development / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / female pregnancy / RAF activation / Signaling by SCF-KIT / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Constitutive Signaling by EGFRvIII / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / Signaling by ERBB2 KD Mutants / visual learning / cytoplasmic side of plasma membrane / cytokine-mediated signaling pathway / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / Regulation of RAS by GAPs / Signaling by RAF1 mutants / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / RAS processing / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / positive regulation of cellular senescence / DAP12 signaling / MAPK cascade / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-22C / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GTPase KRas
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Ostrem, J.M. / Peters, U. / Sos, M.L. / Wells, J.A. / Shokat, K.M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: K-Ras(G12C) inhibitors allosterically control GTP affinity and effector interactions.
著者: Ostrem, J.M. / Peters, U. / Sos, M.L. / Wells, J.A. / Shokat, K.M.
履歴
登録2013年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: K-Ras GTPase
B: K-Ras GTPase
C: K-Ras GTPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,15111
ポリマ－58,0583
非ポリマー2,0938
水2,774154
1
A: K-Ras GTPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8203
ポリマ－19,3531
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: K-Ras GTPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1664
ポリマ－19,3531
非ポリマー8133
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: K-Ras GTPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1664
ポリマ－19,3531
非ポリマー8133
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.906, 83.457, 86.924
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.290, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-301-

HOH

21B-348-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 K-Ras GTPase / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras / GTPase KRas / N-terminally processed


分子量: 19352.785 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1-169 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS isoform 2B, KRAS2, RASK2 / プラスミド: pJexpress411 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P01116
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-22C / 1-{4-[(2,4-dichlorophenoxy)acetyl]piperazin-1-yl}propan-1-one


分子量: 345.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H18Cl2N2O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE IN THE STRUCTURE REPRESENTS ISOFORM 2B OF GTPASE KRAS. THIS ISOFORM DIFFERS FROM THE ...THE SEQUENCE IN THE STRUCTURE REPRESENTS ISOFORM 2B OF GTPASE KRAS. THIS ISOFORM DIFFERS FROM THE CANONICAL SEQUENCE AS FOLLOW: 151-153 (RVE TO GVD) AND 165-169 (QYRLK TO KHKEK)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 31% PEG3000, 0.2M NaCl, 0.1M TRIS, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月13日
回折測定詳細: 1.00 degrees, 5.0 sec, detector distance 250.00 mm / 手法: \w scans
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.08 / 数: 106533
反射解像度: 2.09→25 Å / Num. obs: 28375 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 16.765
反射 シェル解像度: 2.09→2.13 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 5.333 / Rsym value: 0.311 / % possible all: 100
Cell measurementReflection used: 106533

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å23.67 Å
Translation2.5 Å23.67 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIXdev_1402精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
BOSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GFT

3gft


解像度: 2.09→23.673 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2156 1989 7.02 %
Rwork0.179 --
obs0.1816 28329 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 144.42 Å2 / Biso mean: 41.3783 Å2 / Biso min: 8.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→23.673 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3748 0 131 154 4033
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093941
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.155350
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06608
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004676
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.261442
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.09-2.13880.2541250.20721790191595
2.1388-2.19660.2541510.20319192070100
2.1966-2.26120.23471510.18671816196799
2.2612-2.33410.21311320.185818671999100
2.3341-2.41750.26841360.190418972033100
2.4175-2.51420.22621440.186418822026100
2.5142-2.62850.2481510.189418992050100
2.6285-2.76680.21981380.204718601998100
2.7668-2.93990.24261290.202218962025100
2.9399-3.16640.24351530.197718802033100
3.1664-3.48420.22821450.180818902035100
3.4842-3.98620.2151490.172218992048100
3.9862-5.01440.15381450.145119142059100
5.0144-23.67480.19781400.16819312071100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.11672.2807-1.81967.0733-1.33052.66210.0755-0.4497-0.2801-0.3337-0.3368-0.8224-0.32660.88410.27510.2844-0.05130.01510.29770.04750.2243-5.04120.619712.8699
22.8822.85812.47473.24742.68412.3503-0.1179-0.4625-1.10210.04150.0614-1.39040.2290.93650.12610.48770.11110.10810.66040.260.81661.2897-8.134614.388
34.39543.1127-3.02082.2467-2.09752.16290.1051-0.0283-0.1822-0.7389-0.0348-0.546-0.93630.68320.95280.8252-0.11780.0930.4155-0.04290.2084-2.7837.89018.9414
40.9033-1.508-1.1999.0045.18593.1518-0.1514-0.14280.62250.31890.9177-1.35950.06390.9397-0.69460.4863-0.0796-0.02780.6065-0.17560.4518-6.67797.190423.0455
53.94552.6176-1.58455.8646-1.27453.870.0636-0.20970.05860.3378-0.08250.24840.03670.07540.05720.2062-0.00440.01150.24270.01290.1495-17.033-4.003417.811
64.75691.3892-1.7654.2462-0.27193.3779-0.35880.37290.1238-0.77470.24520.221-0.212-0.23850.05720.40670.0114-0.03620.26160.0170.1697-16.90780.63398.3097
75.75650.1159-2.63995.0882-1.19644.46010.0821-0.21840.41240.40530.01430.2029-0.1736-0.2586-0.07040.1927-0.0009-0.02320.2539-0.04380.13854.369927.996443.3205
83.9286-2.54752.03355.7402-2.33722.8542-0.4369-0.58490.80510.54570.1415-0.2458-0.7763-0.2790.28870.37870.0454-0.06680.2697-0.08260.472912.113434.803343.0888
98.4315-0.2317-2.2443.58980.84173.4111-0.0091-0.50920.13930.4559-0.14780.1204-0.0381-0.40570.09850.3327-0.0049-0.02660.3403-0.0620.17255.91221.391247.9695
103.167-0.4933-0.79914.9358-2.3555.1785-0.06990.1755-0.3997-0.1326-0.15350.03980.5482-0.27650.18910.1934-0.0628-0.00290.2707-0.05760.1674.919617.504234.6236
113.87510.99460.1374.9658-0.37063.1787-0.13560.21160.4334-0.09530.03230.4069-0.2463-0.67670.07670.16940.0615-0.03580.4541-0.00820.2816-2.359426.225232.6324
124.5303-2.5154-1.16776.99751.01336.3706-0.0511-0.5186-0.98320.28490.2769-0.42830.83730.3953-0.14070.29370.0244-0.0280.2930.03310.41122.8047-0.077119.5182
137.72475.8036-2.2652.00392.32053.50490.7057-1.3073-0.3520.6262-0.1172-0.29380.80631.0876-0.50640.714-0.0545-0.11860.62310.16090.748419.90150.011128.9626
143.57252.59821.42616.7853.49964.0387-0.04980.3342-1.15150.43340.1358-0.36410.65990.5834-0.11230.52990.08420.05930.3676-0.08630.794525.0725-7.890115.4013
157.85272.52522.83422.3428-0.66085.01440.6719-0.61461.0699-0.3218-0.0572-0.9813-0.5510.8986-0.46350.3095-0.03120.05380.5941-0.07280.948535.9175.5618.6046
165.2711-0.4975-1.10963.54220.45443.07970.30310.17080.1055-0.5265-0.0372-0.8103-0.49810.3912-0.25580.3436-0.05160.11630.3264-0.00550.35625.16112.91414.7497
177.41630.62650.42484.04160.252.74650.31580.3743-0.1696-0.4456-0.1846-0.0911-0.375-0.108-0.11410.3038-0.01390.03730.2218-0.00040.195216.605110.244314.0117
185.0058-0.8795-1.54035.98710.40346.272-0.02870.5525-0.5989-0.56550.0456-0.02720.0173-0.08920.01170.3082-0.0641-0.00810.3146-0.09350.276717.70254.24718.7601
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 25 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 37 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 38 through 57 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 58 through 76 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 77 through 126 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 127 through 168 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2 through 25 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 26 through 37 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 38 through 74 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 75 through 116 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 117 through 167 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 2 through 25 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 26 through 37 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 38 through 57 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 58 through 74 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 75 through 104 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 105 through 126 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 127 through 168 )C0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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