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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lmp | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Mycobacterium tuberculosis L-alanine dehydrogenase x-ray structure in complex with N6-methyl adenosine | ||||||
要素 | Alanine dehydrogenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Susceptibility to Known Mtb Inhibitors / MTBI / Rossmann Fold / N6-methyl adenosine binding / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors | ||||||
| 機能・相同性 | NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / N-methyladenosine / : 機能・相同性情報 | ||||||
| 生物種 | ![]() | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, H.-B. / Hung, L.-W. / Goulding, C.W. / Terwilliger, T.C. / Kim, C.-Y. / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Publishedタイトル: Drug target analysis by dye-ligand affinity chromatography 著者: Kim, H.-B. / Hung, L.-W. / Goulding, C.W. / Terwilliger, T.C. / Kim, C.-Y. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 4lmp.cif.gz | 89 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb4lmp.ent.gz | 66.3 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 4lmp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/4lmp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/4lmp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 2vhyS S: 精密化の開始モデル |
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| 類似構造データ |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 |
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| 2 | ![]()
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| 3 | x 6![]()
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| 単位格子 |
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| Components on special symmetry positions |
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要素
| #1: タンパク質 | 分子量: 38753.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: H37Rv / 遺伝子: ald, RVBD_2780 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: ![]() | ||||
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| #2: 化合物 | ChemComp-6MD / | ||||
| #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.63 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 2M ammonium sulfate, 5% 2-propanol, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å |
| 検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月22日 / 詳細: Si111 |
| 放射 | モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 0.9774 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 33325 / Num. obs: 33325 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 23.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 22.84 |
| 反射 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 2.234 / Num. unique all: 1602 / % possible all: 99 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換開始モデル: PDB ENTRY 2VHY 解像度: 1.95→48.4 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.68 / 立体化学のターゲット値: ML
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso mean: 23.97 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.4 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル |
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コントローラー
万見について





X線回折
引用










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