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万見
- PDB-4lip: PSEUDOMONAS LIPASE COMPLEXED WITH RC-(RP, SP)-DIBUTYLCARBAMOYLGLY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lip
タイトルPSEUDOMONAS LIPASE COMPLEXED WITH RC-(RP, SP)-DIBUTYLCARBAMOYLGLYCERO-3-O-BUTYLPHOSPHONATE
要素TRIACYL-GLYCEROL-HYDROLASE
キーワードLIPASE / HYDROLASE / PSEUDOMONADACEAE / COVALENT INTERMEDIATE / TRIGLYCERIDE ANALOGUE / ENANTIOSELECTIVITY
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipases, serine active site. / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BUTYLPHOSPHONATE / Triacylglycerol lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Lang, D.A. / Dijkstra, B.W.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998
タイトル: Structural basis of the chiral selectivity of Pseudomonas cepacia lipase
著者: Lang, D.A. / Mannesse, M.L.M. / De Haas, G. / Verheij, H.M. / Dijkstra, B.W.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The Open Conformation of a Pseudomonas Lipase
著者: Schrag, J.D. / Li, Y. / Cygler, M. / Lang, D. / Burgdorf, T. / Hecht, H.J. / Schmid, R. / Schomburg, D. / Rydel, T.J. / Oliver, J.D. / Strickland, L.C. / Dunaway, C.M. / Larson, S.B. / Day, J. / McPherson, A.
#2: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1991
タイトル: Extracellular Lipase of Pseudomonas Sp. Strain Atcc 21808: Purification, Characterization, Crystallization, and Preliminary X-Ray Diffraction Data
著者: Kordel, M. / Hofmann, B. / Schomburg, D. / Schmid, R.D.
履歴
登録1997年8月18日処理サイト: BNL
改定 1.01998年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: TRIACYL-GLYCEROL-HYDROLASE
E: TRIACYL-GLYCEROL-HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6586
ポリマ－66,3022
非ポリマー3564
水10,142563
1
D: TRIACYL-GLYCEROL-HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3293
ポリマ－33,1511
非ポリマー1782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: TRIACYL-GLYCEROL-HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3293
ポリマ－33,1511
非ポリマー1782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.040, 46.360, 85.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9998, 0.0208, 0.001), (0.0208, 0.9996, -0.0187), (-0.0014, -0.0187, -0.9998)
ベクター: 22.931, 0.441, 38.111)

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要素

#1: タンパク質 TRIACYL-GLYCEROL-HYDROLASE / LIPASE


分子量: 33150.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cepacia (バクテリア)
細胞内の位置: EXTRACELLULAR / プラスミド: PHES12 / 発現宿主: Pseudomonas sp. (バクテリア) / 株 (発現宿主): 21808 / 参照: UniProt: P22088, triacylglycerol lipase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CCP / BUTYLPHOSPHONATE / ブチルホスホン酸


分子量: 138.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H11O3P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 563 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE STARTING MATERIAL FOR THE INHIBITOR WAS RC-(RP,SP)-1,2-DIBUTYLCARBAMOYL-GLYCERO-3-O-P- ...THE STARTING MATERIAL FOR THE INHIBITOR WAS RC-(RP,SP)-1,2-DIBUTYLCARBAMOYL-GLYCERO-3-O-P-NITROPHENYL BUTYLPHOSPHONATE. BY THE REACTION DESCRIBED IN THE JRNL REFERENCE ABOVE, THIS WAS TURNED INTO RC-SP-1,2-DIBUTYLCARBAMOYL-GLYCERO-3-O-BUTYLPHOSPHONATE. THE INHIBITOR IS COVALENTLY BOUND TO THE PROTEIN, BUT ONLY THE BUTYL PHOSPHONATE (SN-3 MOIETY) IS VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY. THIS IS NOT CAUSED BY FLEXIBILITY OR DISORDER, BUT THE PHOSPHONATE ESTER HAS BEEN CLEAVED BY AN AGING REACTION (BENCSURA ET AL. (1995), BIOCHEM. 34, 8989).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 20 % MPD, 100 MM CACL2, 0.1 M TRIS/HCL, PH 8.5
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 12 ℃ / pH: 9 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 mg/mlprotein1drop
220 mMglycine1drop
320 %MPD1reservoir
4100 mM1reservoirCaCl2
5100 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 56937 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.46 % / Rsym value: 0.031 / Net I/σ(I): 45.8
反射 シェル解像度: 1.75→1.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 26.2 / Rsym value: 0.059 / % possible all: 93.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 140279 / Rmerge(I) obs: 0.031
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.059

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.843精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LIP

3lip


解像度: 1.75→20 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 0
詳細: THE STRUCTURE WAS INITIALLY REFINED WITH STRICT NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY, AND THEN WITH TIGHTLY RESTRAINED NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY FOR ALL PARTS OF THE MOLECULE EXCEPT RESIDUES 16 - ...詳細: THE STRUCTURE WAS INITIALLY REFINED WITH STRICT NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY, AND THEN WITH TIGHTLY RESTRAINED NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY FOR ALL PARTS OF THE MOLECULE EXCEPT RESIDUES 16 - 28, 127 - 159, AND 218 - 224. THE CHAINS ARE NAMED D AND E, WITH MOLECULE D AS THE REFERENCE FOR SECONDARY STRUCTURE DEFINITION. DEVIATIONS FROM NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY CORRESPOND TO THOSE PARTS OF THE PROTEIN EXCLUDED FROM THE NCS-RESTRAINT.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 -3 %
Rwork0.178 --
obs0.178 56677 95.3 %
原子変位パラメータBiso mean: 8.35 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4658 0 16 563 5237
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: PARTIAL RESTRAINT
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.83 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数
Rfree0.232 -
Rwork0.22 6644
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2CCP.PROCCP.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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