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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lde | ||||||
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タイトル | Structure of beta2 adrenoceptor bound to BI167107 and an engineered nanobody | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN/HYDROLASE / G protein coupled receptor / MEMBRANE PROTEIN-HYDROLASE complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta2-adrenergic receptor activity / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / positive regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / positive regulation of AMPA receptor activity / norepinephrine binding / positive regulation of autophagosome maturation / Adrenoceptors / heat generation / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity ...beta2-adrenergic receptor activity / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / positive regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / positive regulation of AMPA receptor activity / norepinephrine binding / positive regulation of autophagosome maturation / Adrenoceptors / heat generation / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / negative regulation of smooth muscle contraction / positive regulation of lipophagy / response to psychosocial stress / negative regulation of multicellular organism growth / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / endosome to lysosome transport / adrenergic receptor signaling pathway / diet induced thermogenesis / neuronal dense core vesicle / positive regulation of protein kinase A signaling / adenylate cyclase binding / smooth muscle contraction / potassium channel regulator activity / bone resorption / positive regulation of bone mineralization / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / brown fat cell differentiation / regulation of sodium ion transport / viral release from host cell by cytolysis / response to cold / peptidoglycan catabolic process / receptor-mediated endocytosis / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to amyloid-beta / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / cell wall macromolecule catabolic process / Clathrin-mediated endocytosis / lysozyme / lysozyme activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / amyloid-beta binding / G alpha (s) signalling events / receptor complex / host cell cytoplasm / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of MAPK cascade / endosome / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / early endosome / lysosome / Ub-specific processing proteases / defense response to bacterium / apical plasma membrane / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) Homo sapiens (ヒト) Lama glama (ラマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å | ||||||
データ登録者 | Ring, A.M. / Manglik, A. / Kruse, A.C. / Enos, M.D. / Weis, W.I. / Garcia, K.C. / Kobilka, B.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2013 タイトル: Adrenaline-activated structure of beta 2-adrenoceptor stabilized by an engineered nanobody. 著者: Ring, A.M. / Manglik, A. / Kruse, A.C. / Enos, M.D. / Weis, W.I. / Garcia, K.C. / Kobilka, B.K. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4lde.cif.gz | 247.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4lde.ent.gz | 197.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4lde.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/4lde ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/4lde | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 53471.039 Da / 分子数: 1 断片: UNP residues 29-348 with a deletion of residues 235-263 変異: C918T, C962A, M1096T, M1098T, N1157E, C1265A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: ADRB2, E, ADRB2R, B2AR / プラスミド: pVL1392 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P00720, UniProt: P07550, lysozyme |
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#2: 抗体 | 分子量: 12949.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Engineered fragment / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) |
-非ポリマー , 4種, 87分子
#3: 化合物 | ChemComp-P0G / |
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#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 化合物 | ChemComp-1WV / ( |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 7 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.35 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM MES pH 6.2-6.7, 40-100 mM ammonium phosphate dibasic, 18-24% PEG400, LIPIDIC CUBIC PHASE, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 78 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月13日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.79→38.4 Å / Num. obs: 25028 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Net I/σ(I): 4.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1953 / % possible all: 81.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3P0G 解像度: 2.79→38.4 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 28.16 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.79→38.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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