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- PDB-4l6q: ROCK2 in complex with benzoxaborole -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l6q
タイトルROCK2 in complex with benzoxaborole
要素Rho-associated protein kinase 2
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to acetylcholine / positive regulation of centrosome duplication / positive regulation of connective tissue growth factor production / positive regulation of amyloid precursor protein catabolic process / regulation of angiotensin-activated signaling pathway / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of protein localization to lysosome / regulation of keratinocyte differentiation / positive regulation of connective tissue replacement / positive regulation of fibroblast growth factor production ...cellular response to acetylcholine / positive regulation of centrosome duplication / positive regulation of connective tissue growth factor production / positive regulation of amyloid precursor protein catabolic process / regulation of angiotensin-activated signaling pathway / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of protein localization to lysosome / regulation of keratinocyte differentiation / positive regulation of connective tissue replacement / positive regulation of fibroblast growth factor production / response to transforming growth factor beta / : / regulation of nervous system process / regulation of cell junction assembly / negative regulation of bicellular tight junction assembly / modulation by host of viral process / positive regulation of protein localization to early endosome / regulation of cellular response to hypoxia / embryonic morphogenesis / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of biomineral tissue development / cellular response to testosterone stimulus / actomyosin structure organization / regulation of establishment of endothelial barrier / RHO GTPases Activate ROCKs / regulation of stress fiber assembly / regulation of cell motility / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / response to angiotensin / aortic valve morphogenesis / regulation of establishment of cell polarity / RHOBTB1 GTPase cycle / cortical actin cytoskeleton organization / regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of amyloid-beta formation / RHOB GTPase cycle / tau-protein kinase activity / EPHA-mediated growth cone collapse / mRNA destabilization / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / RHOC GTPase cycle / centrosome duplication / mitotic cytokinesis / Rho protein signal transduction / RHOH GTPase cycle / endopeptidase activator activity / epithelial to mesenchymal transition / smooth muscle contraction / RHOA GTPase cycle / regulation of cell adhesion / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of stress fiber assembly / EPHB-mediated forward signaling / positive regulation of endothelial cell migration / negative regulation of angiogenesis / blood vessel diameter maintenance / protein localization to plasma membrane / response to ischemia / regulation of actin cytoskeleton organization / regulation of circadian rhythm / tau protein binding / VEGFA-VEGFR2 Pathway / small GTPase binding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / rhythmic process / G alpha (12/13) signalling events / actin cytoskeleton organization / protease binding / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of MAPK cascade / cytoskeleton / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of cell migration / positive regulation of protein phosphorylation / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / positive regulation of gene expression / structural molecule activity / RNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Rho-associated protein kinase 2, HR1 domain / ROCK, Rho binding domain / Rho-associated protein kinase 1/2 / Rho Binding / Rho-binding (RhoBD) domain profile. / : / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. ...: / Rho-associated protein kinase 2, HR1 domain / ROCK, Rho binding domain / Rho-associated protein kinase 1/2 / Rho Binding / Rho-binding (RhoBD) domain profile. / : / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1WU / Rho-associated protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Rock, F. / Jarnagin, K.
引用ジャーナル: J.Pharmacol.Exp.Ther. / 年: 2013
タイトル: Linking phenotype to kinase: identification of a novel benzoxaborole hinge-binding motif for kinase inhibition and development of high-potency rho kinase inhibitors.
著者: Akama, T. / Dong, C. / Virtucio, C. / Sullivan, D. / Zhou, Y. / Zhang, Y.K. / Rock, F. / Freund, Y. / Liu, L. / Bu, W. / Wu, A. / Fan, X.Q. / Jarnagin, K.
履歴
登録2013年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22018年4月18日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho-associated protein kinase 2
B: Rho-associated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3464
ポリマ－91,8002
非ポリマー5462
水1086
1
A: Rho-associated protein kinase 2
ヘテロ分子

A: Rho-associated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3464
ポリマ－91,8002
非ポリマー5462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area3350 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area35960 Å2
手法PISA
2
B: Rho-associated protein kinase 2
ヘテロ分子

B: Rho-associated protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3464
ポリマ－91,8002
非ポリマー5462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area3420 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area36120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.465, 147.518, 91.214
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.17, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Rho-associated protein kinase 2 / Rho kinase 2 / Rho-associated / coiled-coil-containing protein kinase 2 / ROCK-II / p164 ROCK-2


分子量: 45900.125 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 19-417 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROCK2, KIAA0619
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75116, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-1WU / 6-[4-(aminomethyl)-2-fluorophenoxy]-2,1-benzoxaborol-1(3H)-ol / 6-[4-(aminomethyl)-2-fluorophenoxy]benzo[c][1,2]oxaborol-1(3H)-ol


分子量: 273.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H13BFNO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.2 M sodium citrate and 2 mM DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年7月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→89.09 Å / Num. all: 37670 / Num. obs: 36050 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.79→2.98 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 1.134 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CCP4モデル構築
Cootモデル構築
REFMAC5.5.0088精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.79→49.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 29.109 / SU ML: 0.287 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.489 / ESU R Free: 0.336 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28142 710 2 %RANDOM
Rwork0.22239 ---
all0.22356 37670 --
obs0.22356 33966 96.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 87.052 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å2-0.66 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3----0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→49.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6292 0 40 6 6338
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0216134
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1411.9458347
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82439854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2085772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.63124.088296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.79315882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8621534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2881
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217086
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.40323866
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.25421562
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.60236148
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7442268
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.90162199
LS精密化 シェル解像度: 2.79→2.862 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.533 39 -
Rwork0.52 2232 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.96312.3205-0.70012.1251-0.44892.6586-0.23780.20160.141-0.29330.1254-0.1155-0.1248-0.06170.11240.17570.0410.09360.03720.00940.250612.0670.556-38.763
26.0028-2.20431.17342.1855-0.36692.4412-0.2029-0.1632-0.38350.11770.1596-0.32250.2208-0.00380.04320.2566-0.0723-0.08550.05010.02150.443812.292-34.468-35.886
33.50660.1216-0.1442.8313-0.20254.9823-0.0002-0.39730.15580.4679-0.07580.4417-0.2859-1.04440.07590.20370.1690.19770.47880.01760.3717-10.485-1.307-15.323
43.01590.85491.39084.63030.35494.6274-0.080.2621-0.1341-0.97420.16880.2286-0.0076-0.4852-0.08890.4603-0.2204-0.20510.33390.07050.4129-10.724-32.797-59.005
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A27 - 173
2X-RAY DIFFRACTION2B27 - 173
3X-RAY DIFFRACTION3A174 - 373
4X-RAY DIFFRACTION4B174 - 373

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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