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万見
- PDB-4l2z: Crystal structure of S-Adenosylmethionine synthetase from Sulfolo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l2z
タイトルCrystal structure of S-Adenosylmethionine synthetase from Sulfolobus solfataricus complexed with SAE and PPi
要素S-adenosylmethionine synthase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro / S-adenosylmethionine synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, archaea / S-adenosylmethionine synthase / S-adenosylmethionine synthetase, domain 3 / S-adenosylmethionine synthetase (AdoMet synthetase) / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #10 / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Chem-S7M / S-adenosylmethionine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.494 Å
データ登録者Wang, F. / Hurley, K.A. / Helmich, K.E. / Singh, S. / Bingman, C.A. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: Understanding molecular recognition of promiscuity of thermophilic methionine adenosyltransferase sMAT from Sulfolobus solfataricus.
著者: Wang, F. / Singh, S. / Zhang, J. / Huber, T.D. / Helmich, K.E. / Sunkara, M. / Hurley, K.A. / Goff, R.D. / Bingman, C.A. / Morris, A.J. / Thorson, J.S. / Phillips, G.N.
履歴
登録2013年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Database references
改定 1.22014年10月8日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-adenosylmethionine synthase
B: S-adenosylmethionine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,3927
ポリマ－90,6612
非ポリマー7315
水10,611589
1
A: S-adenosylmethionine synthase
B: S-adenosylmethionine synthase
ヘテロ分子

A: S-adenosylmethionine synthase
B: S-adenosylmethionine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,78514
ポリマ－181,3234
非ポリマー1,46210
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area16960 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area56280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.597, 151.597, 226.125
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-618-

HOH

21B-734-

HOH

31B-756-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 S-adenosylmethionine synthase / AdoMet synthase / Methionine adenosyltransferase


分子量: 45330.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 遺伝子: mat, SSO0199 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q980S9, methionine adenosyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 594分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-S7M / [(3S)-3-amino-3-carboxypropyl]{[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl}ethyls ulfonium / S-ADENOSYL ETHIONINE


分子量: 413.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト


分子量: 173.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O7P2
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 589 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Protein Solution (9.0 mg/ml protein in 25mM Tris pH 8.0, 5mM ADP, 10mM Ethione, 10mM MgCl2, 50mM KCl and 5mM DTT) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (1.4M Sodium phosphate monobasic ...詳細: Protein Solution (9.0 mg/ml protein in 25mM Tris pH 8.0, 5mM ADP, 10mM Ethione, 10mM MgCl2, 50mM KCl and 5mM DTT) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (1.4M Sodium phosphate monobasic monohydrate / Potassium phosphate dibasic, pH 5.6) Cryoprotected with 25% DMSO, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月13日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 53118 / Num. obs: 53118 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.7 % / Rmerge(I) obs: 0.184 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.5420.40.88925950.6651100
2.54-2.59210.76926030.7081100
2.59-2.64210.68625980.7821100
2.64-2.69210.61926200.8121100
2.69-2.75210.52726310.8851100
2.75-2.82210.47626050.9551100
2.82-2.89210.41225891.031100
2.89-2.96210.36226301.1411100
2.96-3.05210.31826161.2291100
3.05-3.15210.28426251.1531100
3.15-3.2621.10.25526291.2311100
3.26-3.39210.22526391.1521100
3.39-3.55210.20726611.0871100
3.55-3.73210.19326370.971100
3.73-3.9720.90.18426691.0411100
3.97-4.2720.80.18126661.0671100
4.27-4.720.50.16926920.9061100
4.7-5.3820.40.14927090.8781100
5.38-6.7820.20.10727550.666199.9
6.78-5018.70.08429490.621199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.2_1309位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HPV

4hpv


解像度: 2.494→38.837 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.27 / FOM work R set: 0.8809 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1843 2663 5.02 %RAMDOM, ASSIGN TEST SET IN THIN RESOLUTION SHELLS
Rwork0.1595 ---
obs0.1607 53023 98.3 %-
all-53118 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 234.37 Å2 / Biso mean: 40.9258 Å2 / Biso min: 8.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.494→38.837 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6232 0 44 589 6865
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076564
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9328914
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561035
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041159
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3012496
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4945-2.53980.291890.19741803189268
2.5398-2.58870.19931980.179725822780100
2.5887-2.64150.2119280.176827522780100
2.6415-2.69890.22131700.186326182788100
2.6989-2.76170.23241980.183126052803100
2.7617-2.83070.23231980.190525682766100
2.8307-2.9072100000000.17612829100
2.9072-2.99280.21871980.177225972795100
2.9928-3.08930.20791980.171426152813100
3.0893-3.1997100000000.17572810100
3.1997-3.32770.20721980.170525982796100
3.3277-3.47910.18481980.167426372835100
3.4791-3.66240.18341980.152426212819100
3.6624-3.8916100000000.14992864100
3.8916-4.19180.16131980.139426512849100
4.1918-4.6130.14421980.122426782876100
4.613-5.2791100000000.12332884100
5.2791-6.64570.18431980.18127452943100
6.6457-38.84210.17361980.17912903310199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5771-0.01060.34590.29310.08810.23870.0472-0.0606-0.04740.0428-0.00310.00460.0348-0.0639-00.1015-0.003-0.00380.0980.02590.073135.645634.911822.3422
20.36250.13920.08850.450.10450.0053-0.01250.0631-0.0146-0.06250.0163-0.05080.01050.00300.0630.0165-0.00060.092-0.00490.040341.940239.8947-1.1716
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'A1 - 404
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'B1 - 404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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