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- PDB-4kzi: Crystal Structure of TR3 LBD in complex with DPDO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kzi
タイトルCrystal Structure of TR3 LBD in complex with DPDO
要素Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
キーワードTRANSCRIPTION / ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotransmitter secretion involved in regulation of skeletal muscle contraction / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / regulation of type B pancreatic cell proliferation / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / AKT phosphorylates targets in the nucleus / endothelial cell chemotaxis / nuclear glucocorticoid receptor binding / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cell migration involved in sprouting angiogenesis ...neurotransmitter secretion involved in regulation of skeletal muscle contraction / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / regulation of type B pancreatic cell proliferation / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / AKT phosphorylates targets in the nucleus / endothelial cell chemotaxis / nuclear glucocorticoid receptor binding / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cell migration involved in sprouting angiogenesis / fat cell differentiation / skeletal muscle cell differentiation / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / negative regulation of cell cycle / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / response to electrical stimulus / positive regulation of endothelial cell proliferation / response to amphetamine / lipopolysaccharide binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / presynapse / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / nuclear membrane / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / apoptotic process / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Orphan nuclear receptor, HMR type / Orphan nuclear receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Orphan nuclear receptor, HMR type / Orphan nuclear receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1-(3,5-dimethoxyphenyl)decan-1-one / Nuclear receptor subfamily 4immunitygroup A member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Li, F. / Zhang, Q. / Li, A. / Tian, X. / Cai, Q. / Wang, W. / Wang, Y. / Chen, H. / Xing, Y. / Wu, Q. / Lin, T.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Orphan nuclear receptor TR3 acts in autophagic cell death via mitochondrial signaling pathway.
著者: Wang, W.J. / Wang, Y. / Chen, H.Z. / Xing, Y.Z. / Li, F.W. / Zhang, Q. / Zhou, B. / Zhang, H.K. / Zhang, J. / Bian, X.L. / Li, L. / Liu, Y. / Zhao, B.X. / Chen, Y. / Wu, R. / Li, A.Z. / Yao, ...著者: Wang, W.J. / Wang, Y. / Chen, H.Z. / Xing, Y.Z. / Li, F.W. / Zhang, Q. / Zhou, B. / Zhang, H.K. / Zhang, J. / Bian, X.L. / Li, L. / Liu, Y. / Zhao, B.X. / Chen, Y. / Wu, R. / Li, A.Z. / Yao, L.M. / Chen, P. / Zhang, Y. / Tian, X.Y. / Beermann, F. / Wu, M. / Han, J. / Huang, P.Q. / Lin, T. / Wu, Q.
履歴
登録2013年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22019年12月25日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
A: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0596
ポリマ－57,4912
非ポリマー5694
水1,65792
1
B: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8372
ポリマ－28,7451
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2224
ポリマ－28,7451
非ポリマー4773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.723, 76.512, 128.918
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1 / Early response protein NAK1 / Nuclear hormone receptor NUR/77 / Nur77 / Orphan nuclear receptor HMR ...Early response protein NAK1 / Nuclear hormone receptor NUR/77 / Nur77 / Orphan nuclear receptor HMR / Orphan nuclear receptor TR3 / ST-59 / Testicular receptor 3


分子量: 28745.305 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding domain, UNP residues 351-598 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GFRP1, HMR, NAK1, NR4A1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22736
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ZJ0 / 1-(3,5-dimethoxyphenyl)decan-1-one


分子量: 292.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H28O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.62 % / Mosaicity: 0.391 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.2
詳細: PEG 4000, Sodium citrate, Glycerol, pH 4.2, vapor diffusion, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月27日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 29377 / Num. obs: 29201 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 1.238 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.444.90.45514160.8821100
2.44-2.494.90.40114690.8821100
2.49-2.534.90.34414460.8971100
2.53-2.594.90.33314220.8981100
2.59-2.644.90.2714400.9761100
2.64-2.74.90.24114540.9991100
2.7-2.774.90.21414531.0051100
2.77-2.854.90.18814601.1141100
2.85-2.934.90.15814531.1161100
2.93-3.024.80.14414371.177199.9
3.02-3.134.80.12814651.296199.9
3.13-3.264.80.10814501.375199.9
3.26-3.414.70.09414711.5591100
3.41-3.584.60.08414611.596199.8
3.58-3.814.50.07714771.786199.9
3.81-4.14.40.07214771.61199.8
4.1-4.524.30.06714791.63199.7
4.52-5.174.30.06314921.496199.6
5.17-6.514.30.06315091.449199.3
6.51-503.80.05914701.262190.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.41→37.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / WRfactor Rfree: 0.247 / WRfactor Rwork: 0.2059 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8142 / SU B: 7.28 / SU ML: 0.168 / SU R Cruickshank DPI: 0.2771 / SU Rfree: 0.2254 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2486 1486 5.1 %RANDOM
Rwork0.2061 ---
obs0.2083 29148 99.1 %-
all-29377 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 190.67 Å2 / Biso mean: 60.6643 Å2 / Biso min: 28.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.98 Å2-0 Å20 Å2
2--0.15 Å2-0 Å2
3----1.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→37.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3641 0 39 92 3772
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0193753
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.023720
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7872.0075075
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.21938562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9865461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.43323.182154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.98315646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0351528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2587
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214108
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02820
LS精密化 シェル解像度: 2.405→2.468 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 117 -
Rwork0.283 1948 -
all-2065 -
obs--96.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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