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万見
- PDB-4kt0: Crystal structure of a virus like photosystem I from the cyanobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kt0
タイトルCrystal structure of a virus like photosystem I from the cyanobacterium Synechocystis PCC 6803
要素
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 4
  • (Photosystem I subunit ...) x 2
  • Photosystem I iron-sulfur center
キーワードELECTRON TRANSPORT / photosynthetic reaction center / membrane complex / plastocyanin / cytochrome C6 / Ferredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid membrane / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / membrane => GO:0016020 / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...thylakoid membrane / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / membrane => GO:0016020 / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha-t-alpha / Photosystem I PsaK, reaction centre / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Single helix bin / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK ...Alpha-t-alpha / Photosystem I PsaK, reaction centre / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Single helix bin / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / SH3 type barrels. - #50 / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Alpha-Beta Plaits - #20 / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I subunit II / Photosystem I reaction center subunit ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I subunit II / Photosystem I reaction center subunit / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I subunit III / Photosystem I subunit X / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I subunit VII / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 / Photosystem I reaction center subunit IX
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Mazor, Y. / Nataf, D. / Toporik, H. / Nelson, N.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of virus-like photosystem I complexes from the mesophilic cyanobacterium Synechocystis PCC 6803.
著者: Mazor, Y. / Nataf, D. / Toporik, H. / Nelson, N.
履歴
登録2013年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 2.02023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Photosystem I subunit III
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit PsaK
M: Photosystem I reaction center subunit XII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)334,998131
ポリマ－236,9789
非ポリマー98,020122
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.179, 173.308, 179.136
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細AUTHOR STATED THAT THERE IS NO QUATERNARY STRUCTURE FOR THIS ENTRY. PISA FAILED TO GENERATE ASSEMBLY. THEREFORE THE ASU IS INDICATED AS ASSEMBLY TEMPORARILY.

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要素

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Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PsaA


分子量: 83036.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 10HIS tag was added to the C terminus of PsaL. The mutated chain is lost during purification.
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: Synechocystis sp. PCC 6803 / 遺伝子: BEST7613_2234, MYO_18690, psaA
参照: UniProt: L8AHT3, UniProt: P29254*PLUS, photosystem I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PsaB


分子量: 81369.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
遺伝子: psaB, BEST7613_2235, MYO_18700 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: L8AIC0, UniProt: P29255*PLUS, photosystem I

-
Photosystem I subunit ... , 2種, 2分子 DF

#4: タンパク質 Photosystem I subunit II


分子量: 15663.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
遺伝子: psaD, BEST7613_1459, MYO_11100 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: L8AFM8, UniProt: P19569*PLUS, photosystem I
#6: タンパク質 Photosystem I subunit III


分子量: 18267.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
遺伝子: psaF, BEST7613_2928 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: L8AII8, UniProt: P29256*PLUS, photosystem I

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Photosystem I reaction center subunit ... , 4種, 4分子 EJKM

#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV


分子量: 8154.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
遺伝子: psaE, BEST7613_5968, MYO_118260 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: L8ASH8, UniProt: P12975*PLUS, photosystem I
#7: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX


分子量: 4535.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
遺伝子: psaJ, BEST7613_2927, MYO_115450 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: L8AGL9, UniProt: Q55329*PLUS, photosystem I
#8: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I subunit X


分子量: 13732.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
遺伝子: psaK, BEST7613_4536, MYO_129960 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: L8APJ0, UniProt: P74564*PLUS, photosystem I
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M


分子量: 3382.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
遺伝子: psbM, psaM, BEST7613_1787, MYO_14340 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: L8ADF9, UniProt: P72986*PLUS, photosystem I

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 C

#16: 糖 ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8837.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
遺伝子: psaC, BEST7613_5694, MYO_120930 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: L8AST2, UniProt: P32422*PLUS, photosystem I

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非ポリマー , 9種, 149分子

#10: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#11: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#12: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#13: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#14: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#15: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#17: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#18: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#19: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.75 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 4.5% PEG3350, 30mM Tricine-NaOH pH8, 55mM NaCl, 50mM Glycine, 0.005% Nonyl- beta -D-Maltoside., pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 92450 / Num. obs: 91895 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 61.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 2.382 / Mean I/σ(I) obs: 1.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1JB0 with truncated side chains and chlorophyll tails

1jb0


解像度: 2.8→29.977 Å / SU ML: 0.4 / Isotropic thermal model: single parameter per residue. / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2446 4558 5 %
Rwork0.1977 --
obs0.2 91218 98.61 %
all-92518 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 94.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.977 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15758 0 6264 29 22051
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00423288
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.73433063
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.2499045
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0462902
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0123907
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.83180.38171400.35042428X-RAY DIFFRACTION85
2.8318-2.86510.35951490.32962743X-RAY DIFFRACTION95
2.8651-2.90.35061560.31332826X-RAY DIFFRACTION98
2.9-2.93670.34541460.30722912X-RAY DIFFRACTION99
2.9367-2.97530.38311430.29312842X-RAY DIFFRACTION99
2.9753-3.0160.3661560.28942894X-RAY DIFFRACTION99
3.016-3.05910.35521450.27412881X-RAY DIFFRACTION100
3.0591-3.10470.34281530.26992888X-RAY DIFFRACTION100
3.1047-3.15310.36171560.27062896X-RAY DIFFRACTION100
3.1531-3.20480.32021560.2572895X-RAY DIFFRACTION100
3.2048-3.260.30711610.23852888X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.31920.27591440.2382907X-RAY DIFFRACTION100
3.3192-3.38290.29411530.23412871X-RAY DIFFRACTION100
3.3829-3.45190.30451450.22922862X-RAY DIFFRACTION98
3.4519-3.52680.28431600.21352877X-RAY DIFFRACTION99
3.5268-3.60870.27211670.19942883X-RAY DIFFRACTION100
3.6087-3.69880.24161760.19112851X-RAY DIFFRACTION100
3.6988-3.79860.27971460.18312933X-RAY DIFFRACTION100
3.7986-3.91020.20651620.17942901X-RAY DIFFRACTION100
3.9102-4.03610.20411390.16562918X-RAY DIFFRACTION99
4.0361-4.180.19131450.16012906X-RAY DIFFRACTION100
4.18-4.34690.2041570.16252941X-RAY DIFFRACTION100
4.3469-4.54410.20981530.16112898X-RAY DIFFRACTION99
4.5441-4.78270.20451610.15672914X-RAY DIFFRACTION99
4.7827-5.0810.20421300.15932969X-RAY DIFFRACTION100
5.081-5.47120.23131370.16532961X-RAY DIFFRACTION100
5.4712-6.01770.22941590.18182985X-RAY DIFFRACTION100
6.0177-6.87930.21571350.18312929X-RAY DIFFRACTION98
6.8793-8.63280.22161840.17582977X-RAY DIFFRACTION99
8.6328-29.97880.21911440.22213084X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.005 Å / Origin y: -7.8261 Å / Origin z: 21.7491 Å
111213212223313233
T0.6394 Å20.1236 Å2-0.1111 Å2-0.5398 Å2-0.0396 Å2--0.6407 Å2
L1.0077 °20.0284 °20.0181 °2-0.6814 °20.1622 °2--1.5999 °2
S0.0244 Å °-0.0161 Å °-0.0826 Å °0.1128 Å °0.0938 Å °-0.1135 Å °0.2188 Å °0.2096 Å °0.0099 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A or chain B or chain C or chain D or chain E or chain F or chain J or chain K or chain M

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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