PDB-4kn4: X-ray crystal structure of the Escherichia coli RNA polymerase in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kn4

タイトル

X-ray crystal structure of the Escherichia coli RNA polymerase in complex with Benzoxazinorifamycin-2b

要素

(DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
RNA polymerase sigma factor RpoD

キーワード

TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / transcription / DNA / RNA / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility ...
類似検索 - 分子機能

Sigma-70 factor, region 1.1 / Helix Hairpins - #1670 / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 - #10 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / Annexin V; domain 1 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 ...Sigma-70 factor, region 1.1 / Helix Hairpins - #1670 / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 - #10 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / Annexin V; domain 1 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / Helix Hairpins / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Gyrase A; domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Beta Complex / Helix non-globular / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Special / DNA polymerase; domain 1
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.965 Å

データ登録者

Murakami, K.S.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: X-ray Crystal Structures of the Escherichia coli RNA Polymerase in Complex with Benzoxazinorifamycins.
著者: Molodtsov, V. / Nawarathne, I.N. / Scharf, N.T. / Kirchhoff, P.D. / Showalter, H.D. / Garcia, G.A. / Murakami, K.S.

履歴

登録	2013年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月29日	Group: Database references
改定 1.2	2013年7月3日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kn4.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kn4.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kn4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kn4_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kn4_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	4kn4_validation.xml.gz	256.2 KB	表示
CIF形式データ	4kn4_validation.cif.gz	331.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/4kn4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/4kn4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kmuC 4kn7C 4igc PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4jk2-1 4kmu-1 5uag-1 5uaj-1 6cux-1 4lk1-1 4kn7-1 5uah-1 4xsy-1 5uac-1 4yfk-1 4xsx-1 5uaq-1 5ual-1 5uag-2 6byu-1 4yg2-1 4yfk-2 4llg-1 6cux-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (13) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (27) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

X: RNA polymerase sigma factor RpoD

F: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

H: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

J: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

Y: RNA polymerase sigma factor RpoD

ヘテロ分子

922 kDa, 12 ポリマー
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1

A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

X: RNA polymerase sigma factor RpoD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
461 kDa, 6 ポリマー
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2

F: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

H: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

J: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

Y: RNA polymerase sigma factor RpoD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
461 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	184.675, 203.975, 307.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 10分子 ABFGCHDIEJ

#1: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8V2, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta' 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8T7, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A800, DNA-directed RNA polymerase

-
タンパク質 , 1種, 2分子 XY

#5: タンパク質	RNA polymerase sigma factor RpoD / Sigma-70 分子量: 70352.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00579

-
非ポリマー , 3種, 8分子

#6: 化合物	ChemComp-1RL / Benzoxazinorifamycin-2b 分子量: 900.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₉H₆₁N₃O₁₃
#7: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.98 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES-HCl, pH 7.0, 0.2 M calcium acetate, ~15% PEG400, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月12日
放射	モノクロメーター: Horizontal focusing asymmetric cut Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.965→30 Å / Num. obs: 95501 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 4.9 % / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	最高解像度: 3.965 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 76.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4IGC

4igc
PDB 未公開エントリ

解像度: 3.965→29.769 Å / SU ML: 0.73 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 35.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3149	4761	4.99 %
R_work	0.2505	-	-
obs	0.2537	95477	94.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.965→29.769 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	56075	0	136	0	56211

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	57049
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.579	77001
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.561	22063
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.022	8760
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	10076

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.9647-4.0096	0.3894	104	0.3591	1931	X-RAY DIFFRACTION	61
4.0096-4.0567	0.3768	142	0.3393	2653	X-RAY DIFFRACTION	85
4.0567-4.106	0.3729	142	0.335	2695	X-RAY DIFFRACTION	85
4.106-4.1579	0.3654	141	0.3292	2761	X-RAY DIFFRACTION	88
4.1579-4.2124	0.3778	143	0.338	2785	X-RAY DIFFRACTION	88
4.2124-4.27	0.3924	144	0.3246	2825	X-RAY DIFFRACTION	90
4.27-4.3308	0.3966	149	0.3263	2897	X-RAY DIFFRACTION	92
4.3308-4.3952	0.3603	153	0.3374	2977	X-RAY DIFFRACTION	93
4.3952-4.4637	0.347	153	0.3101	2960	X-RAY DIFFRACTION	94
4.4637-4.5366	0.3659	166	0.3	3002	X-RAY DIFFRACTION	94
4.5366-4.6146	0.3436	159	0.2933	3013	X-RAY DIFFRACTION	95
4.6146-4.6982	0.3529	161	0.2787	3039	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6982-4.7882	0.3127	161	0.2825	3087	X-RAY DIFFRACTION	97
4.7882-4.8855	0.326	160	0.2724	3100	X-RAY DIFFRACTION	97
4.8855-4.9912	0.3298	167	0.2799	3147	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9912-5.1068	0.326	162	0.2663	3081	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1068-5.2338	0.3596	165	0.2728	3111	X-RAY DIFFRACTION	98
5.2338-5.3745	0.3357	166	0.2642	3168	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3745-5.5317	0.3521	164	0.2602	3130	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5317-5.7091	0.3096	164	0.2542	3147	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7091-5.9116	0.3391	168	0.2576	3151	X-RAY DIFFRACTION	99
5.9116-6.1463	0.3508	168	0.2621	3171	X-RAY DIFFRACTION	98
6.1463-6.4234	0.3185	168	0.2465	3179	X-RAY DIFFRACTION	99
6.4234-6.7583	0.3113	167	0.2387	3175	X-RAY DIFFRACTION	99
6.7583-7.1761	0.3382	169	0.2305	3212	X-RAY DIFFRACTION	99
7.1761-7.7213	0.302	168	0.214	3210	X-RAY DIFFRACTION	99
7.7213-8.4819	0.2655	167	0.1951	3219	X-RAY DIFFRACTION	99
8.4819-9.6723	0.2696	171	0.1917	3254	X-RAY DIFFRACTION	99
9.6723-12.0501	0.2539	169	0.1955	3259	X-RAY DIFFRACTION	99
12.0501-29.7693	0.3016	180	0.2591	3377	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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ダウンロード

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検証レポート

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関連構造データ

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リンク

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集合体

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 10分子 ABFGCHDIEJ

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タンパク質 , 1種, 2分子 XY

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非ポリマー , 3種, 8分子

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)