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- PDB-4ke8: Crystal structure of Monoglyceride lipase from Bacillus sp. H257 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ke8
タイトルCrystal structure of Monoglyceride lipase from Bacillus sp. H257 in complex with monopalmitoyl glycerol analogue
要素Thermostable monoacylglycerol lipase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase / monoglyceride lipase
機能・相同性
機能・相同性情報


acylglycerol lipase / monoacylglycerol lipase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Esterase/lipase / Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1QY / Thermostable monoacylglycerol lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Rengachari, S. / Aschauer, P. / Gruber, K. / Dreveny, I. / Oberer, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Conformational plasticity and ligand binding of bacterial monoacylglycerol lipase.
著者: Rengachari, S. / Aschauer, P. / Schittmayer, M. / Mayer, N. / Gruber, K. / Breinbauer, R. / Birner-Gruenberger, R. / Dreveny, I. / Oberer, M.
履歴
登録2013年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22013年11月20日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermostable monoacylglycerol lipase
B: Thermostable monoacylglycerol lipase
C: Thermostable monoacylglycerol lipase
D: Thermostable monoacylglycerol lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,6888
ポリマ－118,2424
非ポリマー1,4464
水16,250902
1
A: Thermostable monoacylglycerol lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9222
ポリマ－29,5611
非ポリマー3611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thermostable monoacylglycerol lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9222
ポリマ－29,5611
非ポリマー3611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Thermostable monoacylglycerol lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9222
ポリマ－29,5611
非ポリマー3611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Thermostable monoacylglycerol lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9222
ポリマ－29,5611
非ポリマー3611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.015, 81.125, 85.611
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Thermostable monoacylglycerol lipase / MGLP


分子量: 29560.611 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. (バクテリア) / 株: H-257 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P82597, acylglycerol lipase
#2: 化合物
ChemComp-1QY / tetradecyl hydrogen (R)-(3-azidopropyl)phosphonate


分子量: 361.460 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H36N3O3P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 902 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.2
詳細: 0.1 M citric acid pH 5.2 and 18% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→43.737 Å / Num. all: 88070 / Num. obs: 88070 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
1.85-1.953.30.3022.50.302199.6
1.95-2.073.20.174.40.17199.8
2.07-2.213.50.1246.10.124199.9
2.21-2.393.50.09380.093199.5
2.39-2.623.40.061120.061199.8
2.62-2.933.20.04316.70.043199.7
2.93-3.383.50.02922.20.029199.4
3.38-4.143.40.02326.90.023198.7
4.14-5.853.10.01831.70.018199
5.85-43.7373.50.01528.60.015198.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.2_1309精密化
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XSCALEデータスケーリング
BALBES位相決定
SCALA3.3.16データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→43.737 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 26.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2203 1999 2.45 %
Rwork0.1799 --
obs0.1809 81489 92.03 %
all-81492 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.4392 Å20 Å20.4305 Å2
2--17.2794 Å2-0 Å2
3----7.8403 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→43.737 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7651 0 92 902 8645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077951
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04310811
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4022855
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651202
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051391
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.89630.30561200.24384769X-RAY DIFFRACTION77
1.8963-1.94750.27241280.27045092X-RAY DIFFRACTION83
1.9475-2.00480.29751330.22595269X-RAY DIFFRACTION86
2.0048-2.06960.25561390.20955532X-RAY DIFFRACTION90
2.0696-2.14350.2351430.20395715X-RAY DIFFRACTION93
2.1435-2.22930.26561360.19245363X-RAY DIFFRACTION87
2.2293-2.33080.27381380.20345517X-RAY DIFFRACTION90
2.3308-2.45370.1971500.18265909X-RAY DIFFRACTION96
2.4537-2.60740.22841480.18335924X-RAY DIFFRACTION96
2.6074-2.80870.23841510.18726014X-RAY DIFFRACTION98
2.8087-3.09120.23141530.1936042X-RAY DIFFRACTION98
3.0912-3.53840.23591520.17926104X-RAY DIFFRACTION98
3.5384-4.45730.17731530.14886061X-RAY DIFFRACTION98
4.4573-43.74880.16041550.13976179X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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