+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kbz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of Hypoxia-Inducible Factor Prolyl Hydroxylase (PHD2) with (S)-{2-[2-(5-Cyano-3-hydroxy-pyridin-2-yl)-thiazol-4-yl]-acetylamino}-phenyl-acetic acid | ||||||
![]() | Egl nine homolog 1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / jelly-roll beta-strand core / HIF | ||||||
機能・相同性 | ![]() hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / peptidyl-proline dioxygenase activity / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / cardiac muscle tissue morphogenesis ...hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / peptidyl-proline dioxygenase activity / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / cardiac muscle tissue morphogenesis / heart trabecula formation / regulation of modification of postsynaptic structure / L-ascorbic acid binding / response to nitric oxide / ventricular septum morphogenesis / regulation of angiogenesis / ferrous iron binding / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to hypoxia / intracellular iron ion homeostasis / postsynaptic density / response to hypoxia / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, H.T. / Hong, Y.R. / Chang, H.J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 44.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2hbuS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26681.369 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic domain / 変異: V410L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9GZT9, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-1QA / ( | ||
#3: 化合物 | ChemComp-FE2 / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.28 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.1M HEPES, 35% PEG8K, 0.2M ammonium sulfate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
---|---|
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月10日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 13128 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 31.48 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 3.31 / Num. unique all: 12187 / Rsym value: 0.377 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2HBU 解像度: 2.15→34.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 155654.89 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.6774 Å2 / ksol: 0.348699 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.6 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→34.18 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|