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- PDB-4k9g: 1.55 A Crystal Structure of Macrophage Migration Inhibitory Facto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k9g
タイトル1.55 A Crystal Structure of Macrophage Migration Inhibitory Factor bound to ISO-66 and a related compound
要素Macrophage migration inhibitory factor
キーワードISOMERASE / cytokine / secreted/endocytosed
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of arachidonate secretion / cytokine receptor binding / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of arachidonate secretion / cytokine receptor binding / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / negative regulation of mature B cell apoptotic process / carboxylic acid metabolic process / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of protein metabolic process / regulation of macrophage activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / chemoattractant activity / protein homotrimerization / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / negative regulation of cellular senescence / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of B cell proliferation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of cell migration / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / Cell surface interactions at the vascular wall / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular senescence / protease binding / vesicle / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / negative regulation of gene expression / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor, conserved site / Macrophage migration inhibitory factor family signature. / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1Q1 / Chem-1Q2 / Macrophage migration inhibitory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Crichlow, G.V. / Al-Abed, Y. / Lolis, E.J.
引用ジャーナル: INT J ONCOL. / 年: 2014
タイトル: ISO-66, a novel inhibitor of macrophage migration, shows efficacy in melanoma and colon cancer models.
著者: Ioannou, K. / Cheng, K.F. / Crichlow, G.V. / Birmpilis, A.I. / Lolis, E.J. / Tsitsilonis, O.E. / Al-Abed, Y.
履歴
登録2013年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage migration inhibitory factor
B: Macrophage migration inhibitory factor
C: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,32914
ポリマ－37,0653
非ポリマー1,26411
水5,062281
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7590 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area12850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.458, 95.458, 104.552
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21B
31A

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Macrophage migration inhibitory factor / MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / ...MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / Phenylpyruvate tautomerase


分子量: 12355.056 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLIF, MIF, MMIF / プラスミド: pET11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P14174, phenylpyruvate tautomerase, L-dopachrome isomerase

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非ポリマー , 5種, 292分子

#2: 化合物 ChemComp-1Q2 / (4R,6Z)-6-(3-fluoro-4-hydroxyphenyl)-4-hydroxy-6-iminohexan-2-one


分子量: 239.243 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H14FNO3
#3: 化合物 ChemComp-1Q1 / 1-[(5S)-3-(3-fluoro-4-hydroxyphenyl)-4,5-dihydro-1,2-oxazol-5-yl]propan-2-one


分子量: 237.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H12FNO3
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.85 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: 1.1 mM (14 mg/ml) MIF , 10 mM inhibitor in 10% DMSO, 18 mM NaCl, 18 mM tris(hydroxymethyl)aminomethane mixed 1:1 with reservoir containing 2 M ammonium sulfate, 0.1 M tris(hydroxymethyl) ...詳細: 1.1 mM (14 mg/ml) MIF , 10 mM inhibitor in 10% DMSO, 18 mM NaCl, 18 mM tris(hydroxymethyl)aminomethane mixed 1:1 with reservoir containing 2 M ammonium sulfate, 0.1 M tris(hydroxymethyl)aminomethane, 3% isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→110 Å / Num. obs: 79934 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.534 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.4.0066精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OOH

2ooh


解像度: 1.55→82.76 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: REFINEMENT WAS BEGUN WITH CNS. REFMAC WAS USED IN LATER STAGES. IN ACTIVE SITE A, TWO FORMS OF THE INHIBITOR (RING-OPENED AND RING-CLOSED) WERE OBSERVED. THE LOWER OCCUPANCY FORM (RING-CLOSED) ...詳細: REFINEMENT WAS BEGUN WITH CNS. REFMAC WAS USED IN LATER STAGES. IN ACTIVE SITE A, TWO FORMS OF THE INHIBITOR (RING-OPENED AND RING-CLOSED) WERE OBSERVED. THE LOWER OCCUPANCY FORM (RING-CLOSED) WAS OBSERVED IN MAPS OMITTING THIS INHIBITOR FORM WHEN CNS WAS USED FOR MAP CALCULATION, AND MISSING REFLECTIONS WERE NOT REPLACED BY FC. MAPS CALCULATED USING REFMAC, AS WELL AS CNS MAPS IN WHICH MISSING REFLECTIONS WERE REPLACED BY FC, DID NOT REVEAL THE LOWER OCCUPANCY INHIBITOR. TLS WAS USED IN LATER REFINEMENT STEPS. THE FINAL R-FACTORS LISTED TAKE THE TLS MODEL INTO ACCOUNT. WITHOUT TLS, R(OBS)=0.22629, R(WORK)=0.22590, R(FREE)=0.24575.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 1597 -RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.199 78325 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.75 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.067 Å0.066 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→82.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2580 0 79 281 2940
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.273
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.015
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 838 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Cloose positional0.375
2Bloose positional0.455
3Aloose positional0.495
1Cloose thermal3.8710
2Bloose thermal2.410
3Aloose thermal2.2810
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 129 -
Rwork0.289 --
obs--98.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.54560.42860.53110.5410.20270.8285-0.0598-0.0630.0636-0.0576-0.02530.07350.0042-0.07660.0851-0.0933-0.0264-0.0163-0.02540.01830.011725.814-38.85331.333
21.16410.19840.59860.35050.16020.7731-0.07720.08090.058-0.01910.092-0.0749-0.00170.1856-0.0148-0.1053-0.0077-0.02260.0236-0.00170.010245.811-36.54334.989
32.09330.03061.00950.43950.42421.39110.0944-0.4842-0.07290.1421-0.0338-0.02150.2853-0.2489-0.0606-0.079-0.0492-0.02320.0550.0587-0.006433.695-44.96749.41
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 15
2X-RAY DIFFRACTION1A17 - 35
3X-RAY DIFFRACTION1A37 - 114
4X-RAY DIFFRACTION2B1 - 15
5X-RAY DIFFRACTION2B17 - 35
6X-RAY DIFFRACTION2B37 - 114
7X-RAY DIFFRACTION3C1 - 15
8X-RAY DIFFRACTION3C17 - 35
9X-RAY DIFFRACTION3C37 - 114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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