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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4j28 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a gh29 alpha-l-fucosidase gh29 from bacteroides thetaiotaomicron in complex with a 5-membered iminocyclitol inhibitor | ||||||
![]() | Alpha-L-fucosidase | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Alpha-L-fucosidase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wright, D.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Three dimensional structure of a bacterial alpha-l-fucosidase with a 5-membered iminocyclitol inhibitor. 著者: Wright, D.W. / Moreno-Vargas, A.J. / Carmona, A.T. / Robina, I. / Davies, G.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 207.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 161.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 35 - 472 / Label seq-ID: 1 - 438
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 52080.930 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 35-484 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: VPI-5482 / プラスミド: PET28 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 743分子 ![](data/chem/img/EAT.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-IMD / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.79 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10.45% PEG 6K, 0.12M ammonium sulfate, 0.095M imidazole, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月12日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.73→29.013 Å / Num. all: 128218 / Num. obs: 128218 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 12.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4J27 解像度: 1.73→29.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / WRfactor Rfree: 0.1821 / WRfactor Rwork: 0.1593 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7446 / SU B: 3.238 / SU ML: 0.092 / SU R Cruickshank DPI: 0.0895 / SU Rfree: 0.0873 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY. THE COORDINATES FROM 4J27 WERE CONVERTED INTO THE (ALMOST) ISOMORPHOUS CELL OF 4J28 TO BUILD A STARTING MODEL ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY. THE COORDINATES FROM 4J27 WERE CONVERTED INTO THE (ALMOST) ISOMORPHOUS CELL OF 4J28 TO BUILD A STARTING MODEL DIRECTLY. THE RFREE FLAG FROM 4J27 WAS USED FOR THIS DATASET.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 106.9 Å2 / Biso mean: 34.2843 Å2 / Biso min: 20.87 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.73→29.01 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 26587 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.73→1.775 Å / Total num. of bins used: 20
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