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- PDB-4idt: Crystal Structure of NIK with 11-bromo-5,6,7,8-tetrahydropyrimido... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4idt
タイトルCrystal Structure of NIK with 11-bromo-5,6,7,8-tetrahydropyrimido[4',5':3,4]cyclohepta[1,2-b]indol-2-amine (T28)
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / NIK / Nuclear factor (NF)-kB / p100 processing / 2-aminopyrimidine / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / non-canonical NF-kappaB signal transduction / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / MAP kinase kinase kinase activity / canonical NF-kappaB signal transduction / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / fibrillar center ...TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / non-canonical NF-kappaB signal transduction / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / MAP kinase kinase kinase activity / canonical NF-kappaB signal transduction / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / fibrillar center / cellular response to mechanical stimulus / defense response to virus / protein kinase activity / immune response / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase 14 / M3K14, catalytic domain / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase 14 / M3K14, catalytic domain / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-T28 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Liu, J. / Sudom, A. / Wang, Z.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Inhibiting NF-KB-inducing kinase (NIK): Discovery, structure-based design, synthesis, structure activity relationship, and co-crystal structures
著者: Li, K. / McGee, L.R. / Fisher, B. / Sudom, A. / Liu, J. / Rubenstein, S.M. / Anwer, M.K. / Cushing, T.D. / Shin, Y. / Ayres, M. / Lee, F. / Eksterowicz, J. / Faulder, P. / Waszkowycz, B. / ...著者: Li, K. / McGee, L.R. / Fisher, B. / Sudom, A. / Liu, J. / Rubenstein, S.M. / Anwer, M.K. / Cushing, T.D. / Shin, Y. / Ayres, M. / Lee, F. / Eksterowicz, J. / Faulder, P. / Waszkowycz, B. / Plotnikova, O. / Farrelly, E. / Xiao, S.H. / Chen, G. / Wang, Z.
履歴
登録2012年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,0064
ポリマ－78,3472
非ポリマー6582
水5,711317
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area27720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.530, 84.530, 117.947
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14 / NF-kappa-beta-inducing kinase / HsNIK / Serine/threonine-protein kinase NIK


分子量: 39173.715 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 330-680 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K14, NIK
参照: UniProt: Q99558, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-T28 / 11-bromo-5,6,7,8-tetrahydropyrimido[4',5':3,4]cyclohepta[1,2-b]indol-2-amine


分子量: 329.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H13BrN4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.26 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.4→84.535 Å / Num. obs: 32431 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.4-2.533.70.3971.81758746960.397100
2.53-2.683.70.2872.61676544800.287100
2.68-2.873.70.23.71566341890.2100
2.87-3.13.70.1415.21466139290.141100
3.1-3.393.70.0927.71337235950.092100
3.39-3.793.70.06510.51210432620.065100
3.79-4.383.70.05611.41055928850.056100
4.38-5.373.60.05111.6875824370.05199.9
5.37-7.593.40.03916651418940.03999.7
7.59-84.5353.80.03513.8400910640.03599.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.1.20データスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→59.772 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.44 / FOM work R set: 0.8476 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1 / 位相誤差: 22.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2276 1639 5.06 %
Rwork0.1911 --
obs0.1929 32431 98.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 143.67 Å2 / Biso mean: 36.2532 Å2 / Biso min: 8.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→59.772 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5191 0 40 317 5548
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075375
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1187283
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052772
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005952
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8822013
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.43590.32421450.2712572271798
2.4359-2.47390.27591340.25612613274798
2.4739-2.51450.2971370.24482573271099
2.5145-2.55780.27941710.23342582275399
2.5578-2.60430.29221230.24712583270698
2.6043-2.65440.28631190.23352659277898
2.6544-2.70860.29551580.22522557271598
2.7086-2.76750.24741110.21812580269199
2.7675-2.83190.22921400.2152631277199
2.8319-2.90270.26121720.20852606277899
2.9027-2.98120.25721320.21062559269199
2.9812-3.06890.24181340.20652595272999
3.0689-3.1680.28071360.20322626276299
3.168-3.28120.27891230.19232612273599
3.2812-3.41250.2071480.18782589273799
3.4125-3.56780.22491600.18252629278999
3.5678-3.75590.23221270.17712572269999
3.7559-3.99120.16531390.16422642278199
3.9912-4.29930.18491390.15042590272999
4.2993-4.73180.18761300.15082595272599
4.7318-5.41610.19481480.17472589273798
5.4161-6.82210.23031320.19742562269498
6.8221-59.7720.18591260.17472641276799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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