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- PDB-4i1r: Human MALT1 (caspase-IG3) in complex with thioridazine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i1r
タイトルHuman MALT1 (caspase-IG3) in complex with thioridazine
要素Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / response to fungus / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / CLEC7A/inflammasome pathway / nuclear export / B cell activation ...polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / response to fungus / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / CLEC7A/inflammasome pathway / nuclear export / B cell activation / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / small molecule binding / T cell proliferation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-2 production / proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of protein ubiquitination / Activation of NF-kappaB in B cells / positive regulation of T cell cytokine production / CLEC7A (Dectin-1) signaling / fibrillar center / defense response / FCERI mediated NF-kB activation / ubiquitin-protein transferase activity / : / Downstream TCR signaling / peptidase activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell receptor signaling pathway / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protease binding / endopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cysteine-type endopeptidase activity / innate immune response / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / proteolysis / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3360 / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT1, death domain / MALT1 immunoglobulin-like domain / MALT1 Ig-like domain / Rossmann fold - #1460 / Immunoglobulin domain / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : ...Immunoglobulin-like - #3360 / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT1, death domain / MALT1 immunoglobulin-like domain / MALT1 Ig-like domain / Rossmann fold - #1460 / Immunoglobulin domain / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Immunoglobulin domain / Death-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LZU / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Schlauderer, F. / Lammens, K. / Hopfner, K.P.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013
タイトル: Structural Analysis of Phenothiazine Derivatives as Allosteric Inhibitors of the MALT1 Paracaspase.
著者: Schlauderer, F. / Lammens, K. / Nagel, D. / Vincendeau, M. / Eitelhuber, A.C. / Verhelst, S.H. / Kling, D. / Chrusciel, A. / Ruland, J. / Krappmann, D. / Hopfner, K.P.
履歴
登録2012年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5602
ポリマ－44,1901
非ポリマー3711
水46826
1
A: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
ヘテロ分子

A: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,1214
ポリマ－88,3802
非ポリマー7412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)94.838, 70.608, 57.525
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.63, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT lymphoma-associated translocation / Paracaspase


分子量: 44189.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MALT1, MLT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UDY8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-LZU / 10-{2-[(2S)-1-methylpiperidin-2-yl]ethyl}-2-(methylsulfanyl)-10H-phenothiazine / Thioridazine / 2-(メチルチオ)-10-[2-[(2S)-1-メチル-2-ピペリジニル]エチル]-10H-フェノチアジン


分子量: 370.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H26N2S2 / コメント: 抗精神病薬*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.44 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6.5
詳細: 200 M magnesium formate, 13 % PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97239
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月23日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97239 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→41.09 Å / Num. obs: 1667 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 86.51 Å2
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→41.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1020 9.82 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.205 10386 98.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 105.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.4007 Å20 Å219.8237 Å2
2---11.7734 Å20 Å2
3---5.3727 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.51 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→41.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2803 0 25 26 2854
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092884HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.233894HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1034SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes76HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes401HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2884HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.65
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.19
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion365SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3226SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.7→3.02 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3179 296 10.11 %
Rwork0.2373 2632 -
all0.2454 2928 -
obs--98.8 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.3496 Å / Origin y: -17.6955 Å / Origin z: 8.9455 Å
111213212223313233
T-0.1141 Å20.0862 Å2-0.0839 Å2-0.0145 Å2-0.061 Å2---0.133 Å2
L3.2439 °21.4195 °22.7563 °2-1.3351 °20.5081 °2--3.901 °2
S0.0573 Å °0.0417 Å °0.1411 Å °-0.0406 Å °-0.0541 Å °0.1228 Å °-0.1108 Å °0.0268 Å °-0.0032 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|338 - A|720 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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